真正称得上是张廷玉大事业的，是他规划建立军机处制度和完善奏折制度，“军机处初设，职制皆廷玉所定”，军机处成为清朝的中枢机构并深深影响清代中后期的历史，这确实是张廷玉的大功业，另外，确立并完善奏折制度，使它成为清朝的主要官方文书，同样是清朝官僚政治上的重大变化，并对清朝中后期的政治产生了十分巨大而深远的影响，
军机处始设于雍正七年（1729），因与准葛尔部作战，军报往返频繁，而内阁又距内廷过远，且办事效率不高，为了紧急处理西北军务，“始设军需房于隆宗门内”，军需房是军机处的最早叫法，以后又改为军机房、军机处，直到宣统三年（1911）改设责任内阁，执政一百八十多年的军机处才最终废止，
军机处设有军机大臣，雍正帝从大学士、尚书、侍郎以及亲贵中指定充任，还有军机章京，由内阁、翰林院、六部、理藩院等衙门官员中选充，所有这些人都是兼职，他们的升转仍在原衙门进行，军机处沒有正式衙署，只有值班房，在隆宗门内，靠近雍正帝寝宫养心殿，以便于军机大臣被召见议事，军机大臣对皇帝负责，他的下属军机章京因系其他部门的官员兼任，他们之间沒有隶属关系，很难结成同党，军机处不过是皇帝的秘书班子，它只能忠实执行皇帝的命令，不可能形成危害皇权的势力，
拟缮谕旨是军机处的主要工作，雍正帝每天召见军机大臣，有时一天召见数次，召见时，雍正帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决，军机大臣面聆皇帝旨意，草拟文书，上谕形成后，不经过内阁，由军机处直接发给有关官员，
在清代，皇帝的诏令有数种，雍正以后，由内阁传抄发送的诏令，叫做“明发上谕”；由军机处撰拟、抄写、密封发出的诏令，叫做“寄信上谕”，“寄信上谕”因是由朝廷直接寄出，故又称“廷寄”，所寄对象为高级官员，用“军机大臣字寄”的形式寄送；其余则用“军机大臣传谕”的形式寄送，字寄、传谕封函的表面都注明“某处某官开拆”，封口处盖有军机处印信，保密程度非常高，很显然，军机处承办的“寄信上谕”最重要，内阁所办理的“明发上谕”只是一般性事务文书，
归军机处办的事情，不问大小，“悉以本日完结”，绝不积压，这样的办事作风，效率自然较高，寄信方法也是快捷的，张廷玉制定的廷寄办法，最后形成一套制度，是军机处将上谕函封后交兵部，由驿站递相传送，军机处根据函件内容，决定递送速度，写于函面，凡标“马上飞递”字样的，日行三百里，紧急事，另写日行里数，或四、五百里，或六百里，并有六百里加快的，这就和内阁发出的“明发上谕”不同了，内阁的“明发上谕”，或由六科抄发，或由有关部门行文，多一个衙门周转，就费时日，保密也不容易，往往被地方官员探到消息，雇人先行投递，在正式公文到來之前，他们已悉内情，作了准备，加以应付，所以，经张廷玉规划，创廷寄之法，既保证了中央政令的严格贯彻，速度又较前加快，从而提高了清朝政府的行政效率，
奏折是一种臣民上奏文书，它始出现于康熙年间，但在作者范围、传递方法、疏奏内容及朱批等方面，都还沒有制度化，《清史稿·张廷玉传》载：“廷玉定规制：诸臣陈奏，常事用疏，自通政司上，下内阁拟旨；要事用折，自奏事处上，下军机处拟旨，亲御朱笔批发，自是内阁权移于军机处，大学士必充军机大臣，始得预政事，日必召入对，承旨，平章政事，参与机密”，自此以后，作为一种官文书制度的奏折制度才被确立下來，不要小看这种文书制度，它的影响之大甚至远远超过中枢机构的兴衰替废，它不仅牵涉朝廷政令的推行，而且关乎君臣间权力的分配，它的确立和军机处的设立一样，都是清朝官僚政治上的重大变化，对清朝中后期的政治产生了十分巨大而深远的影响，
清朝入关之初，沿袭前明旧制，官员有事报告皇帝，公事用題本，私事用奏本，題本盖印，奏本不盖印，題奏本都由通政使司进呈，在皇帝阅批之前，内阁大学士已经“票拟”过，因此，这两种文书都是公开的，不利于下情上达，其次，題本办文程序太繁，运转速度十分迟缓，而且由于经办人员过多，容易造成泄密，使皇帝实施政务受到很大限制，自张廷玉把奏折制度化以后，稍微重要一点的事务，地方官员都先撰拟奏折，经过皇帝朱批，认可了，才写題本作正式报告，但奏折中的朱批内容，不得写入題本，作为奏事的依据，这样題本就成了官样文章，价值大大降低，奏折代替了原來題本的作用，使它成为主要官方文书，这一制度坚持到清末，
奏折刚产生时，有资格使用奏折的官员不太多，雍正践祚之后，内苦于宗室诸王的讪谤排挤，外困于满汉大臣的朋党倾轧，急于求言，故放宽了臣民专折具奏的范围和权限，到后來，有权上奏折者多达1000以上，
由于奏折所涉事情多系国家机密，所以奏折的保密性是非常突出的，不能保密，就不要上奏折，保密是书写奏折的前提条件，为了保证奏折的内容