段祺瑞召开军事会议，议决设“讨逆军总司令部”，自任总司令，分东西两路讨逆，以段芝贵、曹锟分任两路司令，并以梁启超、汤化龙、徐树铮、李长泰为讨逆军总部参赞，靳云鹏为总参议，傅良佐、曲同丰为参议，张志潭为秘书长，陶云鹤为副官长，曾毓隽为军需处长，刘崇杰为交涉处长，叶恭绰为交通处长，丁士源为军法处长，王克敏、吴鼎昌、吴调元等为顾问。通电全国讨逆，又称“曾受恩于前朝”，“不忍”听其“陷于自灭”，故在讨伐张勋布告中表示对清室优待条件“世世不渝”。并以黎元洪失其自由，不能执行职务，电请冯国璋代理大总统职务。4日，冯国璋、段祺瑞联名通电，列举张勋破坏民国、辜负先朝、目无故主、挟制清室、卖友妄为、捏造黎冯奏折、糜烂京师、招致友邦愤怒等八条罪状，宣布率师讨逆，并通告宣布军令六条。段祺瑞致电张敬尧，望“克日拔队北上”；又电田中玉，称张勋“拟劫清帝西走内蒙”，务请会同第七师驻张家口骑兵“朝夕严防，毋令该逆幸脱”。
国会非常会议、海军及西南将领迎请黎元洪南下。国会议员以非常会议议决，电请黎元洪南下护法。4日，护国第二军第三师师长张开儒通电主张迁都广州，遥戴黎元洪，维护共和政体。程璧光电告冯国璋，海军仍直隶于黎大总统，“已派兵舰奉迎”。6日，程璧光派军舰赴秦皇岛迎黎元洪南下，黎执意辞职，不肯南下。
孙中山决定南下护法。孙中山、章太炎、唐绍仪、程璧光就复辟事集议上海孙寓，程称奉黎元洪之命，“国家危急，嘱孙先生维持国事”，议决以军舰护送孙中山南下广东护法。4日，孙中山与唐绍仪、孙洪伊、程璧光、萨镇冰、章太炎等商迎黎元洪来沪设立民国政府，发表讨逆宣言，指出“此次讨伐之战，匪特为民国争生存，且为全民族反抗武力之奋斗”。并致电两院议员盼南下护法，通电西南六省各界盼速商建临时政府。6日，孙中山偕朱执信、廖仲恺、何香凝、章太炎、陈炯明等由沪乘海琛舰南下赴粤护法。10日，孙中山率应瑞、海琛军舰抵汕头。12日，孙中山在汕头各界欢迎大会上演说，认为共和“非一蹴可致”，究其变乱原因，“在于新旧潮流冲突”，“新人物有新思想、新希望”，凡事“步步往前”，旧人物则“步步退后”，复辟发生，乃由“旧潮流造成”，断定张勋复辟不会长久，并谓倪嗣冲、段芝贵等实属“旧流人物”，“今日反对复辟是假”，“争后来之势力是真”。号召国民为除尽假共和，实现真共和尽力。
陆荣廷、倪嗣冲、张作霖等辩白参与复辟事。陆荣廷通电黎元洪、冯国璋及各省，声明日前入都述职，私谒故主，不过摅恋旧之蓄念，并无别意存乎其间，与张勋合词奏请复辟事，纯属捏造，并谓荣廷素以拥护共和为职志。5日，倪嗣冲通电表白复辟之举事前既毫未商用，事后岂甘心承认，今后一切当随冯国璋、段祺瑞一致进行。张作霖致电曹锟等，声称早具反对复辟决心，因奉省处特别地位，故未能发难为天下先。7日，张作霖又通电否认参与复辟阴谋，并谓此次复辟罪在张勋，清帝冲龄，毫无关系，优待条件，当誓共遵守。
蔡元培请辞北京大学校长职。蔡元培于2日离京赴津。是日，致书总统府，称“日来北京空气之恶达于极点，元培决不能回北京，谨辞北京大学校长之职”。20日，北京大学教职员公呈教育部挽留蔡校长，并函请蔡元培回校。23日，蔡元培由天津回到北京。