院开第四次联席会议讨论缓举总统及摄行总统职权问题。议决第三次宣言，自10月10日起，委托军政府代行国务院职权，摄行大总统职权，至此次大总统选出就任为止。9日，军政府政务会议议决，承受参众两院第四次联合会议决议，自10月10日起代行国务院职权及摄行大总统职务。14日，广州国会议决由政务总裁组织国务会议，以总统名义颁布命令，由政务总裁副署。15日，广州国会议员259人以第三次宣言决议不足法定人数为由，联合声明反对军政府摄行大总统职务。20日，军政府政务会议以军政府已受国会委托代理国务院职权，并代摄大总统职权，通电宣布嗣后西南各省文武官吏，悉由军政府任免。
10月9日。段祺瑞通电辞国务总理职。段祺瑞向徐世昌递交辞呈，并发表退职通电，表示以后专任参战督办，对于国内战争无权过问。10日，徐世昌令准开去段祺瑞国务总理职缺，着内务总长钱能训兼代，段祺瑞仍保留将军府督办参战事务。
新国会副总统选举难产。3日，安福俱乐部开茶话会讨论副总统选举问题，众议长王揖唐宣读段祺瑞向国会推荐曹锟函，称曹锟若能当选为副总统，必能翊赞元首，尊重法律，裨益国家。5日，新国会参众两院开选举副总统预备会，决定10月9日为正式选举日期。6日，安福俱乐部举行干事会议，段祺瑞命徐树铮出席，说明推荐曹锟为副总统理由，未为议员接受。经王揖唐斡旋，决定由政府付还曹锟军费150万元，移作副总统运动费，规定每张选票2000元，当晚签发支票。康有为电劝新国会将副总统职让予南方。8日，新国会研究系议员开会，决定选冯国璋为副总统，反对选曹锟，并准备以不出席抵制。江苏督军李纯、湖北督军王占元、江西督军陈光远联衔致电北京政府强烈反对推举曹锟为副总统，称若必欲强行推举曹氏，则长江督军当联袂而不承认副座。是日，新国会开副总统选举会，研究系、旧交通系议员多不出席，因不足法定人数散会，议定16日再行选举。12日，新国会参议院议长梁士诒召集有关人员商议以副总统一缺留与南方，徐树铮表示反对。14日，为抵制选举曹锟为副总统，周自齐邀一批议员去天津，陆续到达者约140余人。旋开谈话会，计划联名提出促进南北和平及推迟副总统之选举两项建议。16日，新国会参众两院继续召开第三次副总统选举会，梁士诒到会主持，坚持将该缺留给南方，因到会人数仍不足，遂又延会。徐世昌亦支持梁士诒意见，副总统一职未能选出。
北京政府于督办参战事务处之下暂设“西北边防筹备处”，以筹办西北边防事宜。15日，西北边防筹备处成立，徐树铮为处长。
交通部与英商马可尼无线电报公司签订无线电垫款合同。规定由英商垫借20万镑工程建设费，在新疆喀什噶尔、迪化和甘肃兰州建25千瓦电力无线电台各一座，在西安建小电台一处，以补助新疆至北京间通信。在各局建造300英尺高的钢铁塔一座。建筑材料于合同签订半年后由英国陆续运来，技师全用英国人，工人则用中国人。工程竣工后，各地无线电皆可联络，其长度可为世界第—。
湖南省《公言报》为湘督张敬尧查封，该报发行人及一工人被捕。《正义报》前亦以刊载《常德不稳》消息，被饬令查封，该报馆经理判处徒刑。
10月10日。徐世昌就任中华民国第二任大总统。就职仪式在北京中南海怀仁堂举行，冯国璋代总统、新国会两院议长议员、国务员及文武各官出席。上午9时，冯国璋向徐世昌行交代礼。10时，徐宣誓就职，宣读《大总统莅任宣言书》，表示“愿以诚心谋统一之进行，以毅力达和平之主旨”。10时半，各国公使入怀仁堂致贺，英驻华公使朱尔典代表外交使团致贺词。11时，清室代表入贺。
军政府通电指出徐世昌就任大总统破坏国宪。盼及早觉悟，勿摇国本而自陷于危，并宣布：“本军政府代行国务院职权，依法摄大总统职务。”
交通部与日本青岛守备军民政部签订《胶州湾租借地及胶济铁路间邮电事务处理办法细则》。由交通部顾问权量与日本青岛守备军民政部通信部长古贺传吉签字。规定日本邮政主管厅以在青岛所设中国邮局一所，中国邮政主管厅以在潍县及济南所设日本邮便局各一所为交换局，交换各该地及海运、胶济铁路经各地的邮件、包裹。并对胶济铁路运送中国邮件，以及中国各电报局与胶济铁路电报联接作了规定。定于11月1日实行。