录》、《明通纪辑略》、《明通纪辑要》、《明通纪捷要》、《明通纪统宗》、《明通纪摘录》、《明通纪直解》、《明通纪纂》、《明通鉴编年》、《明通纂要》、《明琬琰录》、《明文案》、《明文百家粹》、《明文宝符》、《明文初学读本》、《明文大家二编》、《明文大小题商》、《明文得》、《明文得珠》、《明文发》、《明文分类传针》、《明文录》、《明文赏奇》、《明文选》、《明文翼运》、《明文英华》、《明献帝宝训》、《明相业军功考》、《明续记》、《明宣宗宝训》、《明一统志》、《（皇）明杂录（尹直）》、《明杂录（佚名）》、《明诏制》、《明政统宗》、《明职方地图》、《（皇）明制书》、《明制稿》、《明注略》、《明状元策》、《明宗孝义》、《明奏疏（施元征）》、《明奏疏（陆澄源）》、《明奏疏（佚名）》、《明奏议》，“皇明”字头：此类字头书籍，全部销毁《嘉靖、隆庆、万历、天启四朝注略》，这本书乾隆年间被军机处奏准列入全毁书目，《嘉靖以来首辅传》乾隆四十四年十一月十八日奏准禁毁，“甲申”字头此类字头，全部禁毁，《朝鲜征倭纪略》禁毁满清查禁。
但“漏网之鱼”的几种史料：《江变记略》；叙述满清八旗在江西杀戮奸淫的暴行，尤其是其中叙述八旗匪徒，对妇女通宵达旦的实施**；《扬州十日记》：亲历者叙述满清在扬州十天的大屠杀。
《四库全书》的编修可以说是全国图书都要进献检查，不仅不利于满清的文献被禁毁，连前人涉及契丹、女真、蒙古、辽金元的文字都要进行篡改。查缴禁书竟达三千多种，十五万多部，总共焚毁的图书超过七十万部，禁毁书籍与四库所收书籍一样多。“初下诏时，切齿于明季野史。其后，四库馆议，维宋人言辽金元，明人言元，其议论偏谬尤甚者，一切拟毁，……隆庆以后，至于晚明，将相献臣所著，靡有孑遗矣”。明清之际，黄道周、张煌言、袁继咸、钱肃乐、顾炎武、黄宗羲、孙奇逢诸人的著作，均于例禁。后来稍稍放宽，有些人的著作，只要“改易违碍字句，无庸销毁”。但对钱谦益、吕留良、屈大均、金堡以及戴名世、王锡侯、尹嘉铨诸人的作品，查禁特别严厉。乾隆时被销毁的书籍“将近三千余种，六、七万卷以上，种数几与四库现收书相埒”。吴晗说过“清人纂修《四库全书》而古书亡矣！”文字狱如此之彻底，一篇吴三桂的“反满檄文”，一本《扬州十日记》，一本《嘉定屠城记略》，竟在中华本土湮灭二百多年，二百多年后才从日本找出来！
《四库全书》所收古籍许多经过篡改是尽人皆知的事实。与清代统治者利益相关的明朝人的文学和历史作品遭到大力剿灭，而且殃及北宋南宋。《四库全书》的编纂者对于反映民族矛盾、民族压迫和民族战斗精神的作品尽量摒弃和抽毁，对于不能不收录的名家名作则大肆篡改。如岳飞《满江红》名句“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”。“胡虏”、“匈奴”在清代是犯忌的。于是《四库全书》馆臣把它改为“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”。张孝祥名作《六州歌头·长淮望断》描写北方孔子家乡被金人占领：“洙泗上，弦歌地，亦膻腥。”“膻腥”犯忌，改作“凋零”。陈亮的《水调歌头·不见南师久》词云：“尧之都，舜之壤，禹之封。于中应有，一个半个耻臣戎。”“耻臣戎”犯忌，改作“挽雕弓”。还有更荒谬的，辛弃疾的《永遇乐·千古江山》中的“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”是南朝宋开国皇帝刘裕的小名，“宋主”可以说是他的尊称。这两句的格律也应作“仄平”，两个字的音也都是“仄平”，改为“宋主”并不涉及音律问题；“寄奴”二字也与清朝犯忌的“胡”、“戎”、“夷”、“虏”等了无关涉。那么为什么还要改呢？原因只有一个，那就是用小名称呼帝王，做惯了奴才的《四库全书》馆臣看到就感到别扭，因此即使没有“违碍”之处也要改。
另外，根据一些近代学者，发现的宋代刻本看，很多描绘金元屠杀的史料，在满清《四库全书》中，全部遭到了删除和篡改。最令人发指的是，满清还通过篡改文献，达到对汉民族进行诬蔑的目的。如满清宣称，张献忠立有碑文，曰：[天生万物，以养人人无一善以报天，杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀]。但根据近年四川考古工作者，找到的张献忠碑文看，实际却是：[天生万物，与人人无一物与天鬼神明明，自思自量]根本没有七个杀字。这些杀字，显然是满清走狗文胡编出来的。
鲁迅先生在他的文章里举了一个例子。现摘录如下：
“现在不说别的，单看雍正乾隆两朝的对于中国人著作的手段，就足够令人惊心动魄。全毁，抽毁，剜去之类也且不说，最阴险的是删改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章；不但藏之内廷，还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人。”
嘉庆道光以来，珍重宋元版本的风