政界领袖会议上，陆宗舆遵照朱尔典的请求将他的意见转告袁世凯及与会的各政界要人。朱尔典的意见对袁世凯最终接受日本最后通牒产生了一定的影响。同一天，美国公使芮恩施也劝告袁世凯政府“应该避免与日本发生正面磨擦”。这是英美出卖中国、绥靖日本的具体表现，也是袁世凯“以夷制夷”外交策略的又一次重大失败。
袁世凯开会决定接受日本最后通牒。上午与下午，袁世凯在总统府两次召集各政界领袖会议，讨论日本的最后通牒。副总统黎元洪、国务卿徐世昌、政事堂左右丞杨士琦、钱能训、各部部长、各院院长、参政院议长、参政、外交次长府院秘书长等出席会议。陆征祥向与会各要人报告了他刚刚与英国公使朱尔典会晤的情况，与会者大都迎合袁世凯的旨意，认为只有接受日本要求一途，惟有陆军总长段祺瑞主张动员军队对日示以强硬。袁世凯说：我国国力未充，目前尚难以兵戎相见，决定忍辱接受日本通牒。会上，袁世凯发表了一篇声泪俱下的演说，说为权衡利害而至不得已接受日本通牒之要求，是何等痛心！何等耻辱！无敌国外患者国恒亡。经此大难以后，大家务必认此次接受日本要求为奇耻大辱，本卧薪尝胆之精神，做奋发有为之事业，举凡军事、政治、外交、财政力求刷新，预定计划，定年限，下决心，群策群力，期达目的，则朱使（按：指英国驻华公使朱尔典）所谓埋头十年与日本抬头相见，或可尚有希望。若事过境迁，因循忘耻，则不特今日之屈服奇耻无报复之时，恐十年以后，中国之危险更甚于今日，亡国之痛，即在目前。我负国民付托之重，决不为亡国之民。但国之兴，诸君与有责，国之亡，诸君亦与有责也。据参加会议的税务处督办梁士诒后来说：袁总统悲愤陈词，衣沾涕泪。与会者或怨愤填胸，或神情惨沮。
5月9日袁世凯政府接受日本最后通牒。下午1时，外交总长陆征祥、次长曹汝霖奉命前往日本驻华公使馆递交中国接受通牒。的复文。复文共255字，全文如下：“本月七日下午三点钟，中国政府准日本公使面递日本政府最后通牒一件，附交解释七条。该通牒末称，期望中国政府至五月九日午后六时为满足之答复，如到期不收到满足之答复，则日本政府将执认为必要之手段，合并声明等语。中国政府为维持东亚和平起见，对日本国政府四月二十六日提出之修正案，除第五号中五项容日后协商外，其第一号、第二号、第三号、第四号之各项，及第五号中关于福建问题以公文互换之件，照四月二十六日提出之修正案所记载者，并照日本政府所交最后通牒附加七款之解释，即行应诺。以冀中、日所有悬案，就此解决，俾两国亲善益加巩固。即请日本公使定期惠临外交部，修正文字，从速签字，为荷。”
上海召开国民大会反对日本最后通牒国民对日同志会、中华国民请愿会、外交后援会、女子救国储金会四团体，四五万人在上海法租界内召开国民大会，反对日本提出最后通牒，大会决定致电袁世凯：誓死反对接受日本帝国主义灭亡中国的“二十一条”，“恳政府，本国民之决心背城一战，民等愿毁家捐躯后援政府”。全国各地出现抵制日货高氵朝。
全国教育联合会规定各学校以每年5月9日为“国耻纪念日”。
5月10日日中两国政府为“二十一条”交涉和平解决互致“睦谊”。日本外相加藤高明致电北京政府外交部，表示中日两国亲善之谊。并派日置益公使前往外交部，申明答谢。同日，外交总长陆征祥复电加藤外相，表示谢意，称：“本日，准日置公使面交贵大臣恳挚之电，至为铭感。此次交涉，赖贵大臣尽力，得以圆满解决，俾两国邦交保存亲善，洵为两国前途之幸。本总长盼望此后彼此睦意益加巩固，兹特专电，表明本总长切实希望感谢之意。”同日，加藤对中国驻日公使陆宗舆表示，中日两国交涉得以和平解决，至为可庆可贺，“交涉时双方虽有误解，既由政府解决，后自易图亲睦之方。”但他同时又对日本之所以采取最后通牒方式作了辩解，称：“惟以个人事后评论言，一因交还青岛，日本视为极大好意，希望中政府或有道谢，乃竟有要求赔偿之答案。二则陆总长初一日答复有最后决答之言，日本再四思维，已无交涉方法，不得已乃行国际间重大手段，实中政府告有最后之言。”
袁世凯为接受日本最后通牒，密谕各级官吏。为了掩饰接受通牒的卖国行径，防范继之而起的抗议风潮，袁世凯向各级文武官吏发布密谕，内称：“予以保全国家为责任，对外则力持定见，始终不移；对内则抚辑人民，勿令自扰，将及四月，持之益坚，彼逐以最后通牒迫我承认。然卒将最烈四端，或全行消灭，或脱离此案，其他较重之损失，亦因再三讨论，得以减免，而统计已经损失权利颇多！疾首痛心，愤惭交集。往者已矣，来日方长。日本既有极大政略，谋取定已久，此后但本进行，断无中止。兼弱攻昧，古有明训，我岂可以弱昧自居，甘为亡韩之续？处此竞争世界，公理强权，势相对峙，人有强权之可逞，我无公理之可言，长此终古，何以为国？……京外各官，当规劝僚屑，申做人民，忍辱负重，求其在己，切勿