令部》一周年的日子又接着来临。
为了纪念这个日子，1967年8月5日，《人民日报》公开发表了毛泽东的《炮打司令部》全文，同时配发社论《炮打资产阶级司令部》。社论说：“党中央号召全国无产阶级革命派动员起来，集中火力，集中目标，进一步深入地、广泛地从政治上、思想上、理论上，对党内最大的一小撮走资本主义道路当权派，开展革命大批判。”
上百万人拥向天安门广场，在那里举行声势浩大的“批斗刘邓陶誓师大会”。据刘少奇的子女回忆：“在长达两个多小时的斗争会上，爸爸不断遭到野蛮的谩骂和扭打。爸爸的每次答辩，都被口号声打断，随之被人用小红书劈头打来，无法讲下去。我们看到爸爸在尽力反抗，不肯低下那倔强的头。”
刘少奇在结束批斗后，回到办公室，他拿出《中华人民共和国宪法》要秘书转达自己的抗议：“我是中华人民共和国主席，你们怎样对待我个人，这无关紧要，但我要捍卫国家主席的尊严。谁罢免了我的国家主席？要审判，也要通过人民代表大会。你们这样做，是在侮辱我们的国家……”
那样的岁月里，宪法已被视为一张废纸。刘少奇的抗议无济于事。
8月8日，刘少奇致信毛泽东并中共中央，抗议给他扣上“反党”、“反社会主义”、“反毛主席”、“反毛泽东思想”、“要在中国复辟资本主义”、“要阴谋篡党篡国”等帽子，他说：“我是不能接受的，因为我从来没有这样想过，而我想的都是同这些相反的。我没有在党内组织任何派别，没有在党内进行任何非法的组织活动。”他再次郑重提出辞职：“我请求毛主席、党中央免除我党内党外的一切职务。”
然而，随着林彪、江青、康生一伙地位的上升，他们逐渐垄断了处理刘少奇问题的大权。刘少奇一次次申诉、抗议的信件都如石沉大海。
9月13日，刘少奇的孩子们被赶出中南海，王光美也被捕入狱。刘少奇孤身一人，精神受到了极大打击，身体状况也急转直下。
这时，“中央文革”在江青、康生等人指示下，对刘少奇的迫害不断升级。他们知道，仅用“资产阶级反动路线”、“走资本主义道路当权派”这些罪名，难以做成铁案。如果从历史的根子上去找敌我矛盾的“证据”，才能将刘彻底打倒，永世不得翻身。
专案组一开始曾希望能找到“自首书”一类的物证。一面发动全国各地揭发，一面组织大批人员从敌伪档案和陈年报刊中清查。仅为查找所谓“1929年在沈阳被捕叛变”的证据，就在沈阳组织了四百人的“彻查队伍”查阅档案材料，结果一无所获。当搜索物证的各路人马空手而归后，专案组便不择手段地用逼供和诱供等卑劣手段制造伪证。经江青、康生等人批准，专案组先后拘押了一批无辜人员，其中有高级干部、高级知识分子、民主人士，也有普通的居民、炊事员、保姆。仅由专案组直接关押的就有六十多人。
他们把这些人抓来后，采取长期隔离、轮番批斗、软硬兼施等手段，逼取假口供，拼凑栽赃刘少奇的伪证。1929年在沈阳同刘少奇一起被捕的孟用潜，在逼供下被迫写下了刘少奇“叛变”假证词，但受良心谴责，很快就又推翻供词，并先后写了二十多次材料要求改正，但这些要求改正的材料都被扣压或撕毁，不被人所知，更没有向上报送。
当中共中央决定召开八届十二中全会，并在年内召开中国共产党第九次全国代表大会之际，为了赶在“九大”前完成对刘少奇的组织处理，江青、康生一再催逼，专案组日夜奋战，最终于1968年9月整理出三份所谓“罪证材料”。这些材料，足以将刘少奇牢牢地钉在历史的耻辱柱上。
江青9月16日在“罪证材料”上批示：“我愤怒！我憎恨！一定要把无产阶级文化大革命进行到底！刘少奇是大叛徒、大内奸、大工贼、大特务、大反革命，可说是五毒俱全的最阴险、最凶狠、最狡猾、最歹毒的阶级敌人。隐藏如此深、如此久，如果没有这次无产阶级文化大革命，怎能暴露和揪出来？”
随后，林彪、康生、陈伯达等人也做了意思相同的批示。
林彪还赞扬道：“挖出刘少奇这个隐藏四十多年的特大坏蛋，清除这一最大隐患，更加证明文化大革命的意义无比深远。”“专案工作卓有成效。向出色地指导专案工作并取得巨大成就的江青同志致敬！”
这些罪状材料上报到了毛泽东手里。一份份按有鲜红手印的揭发检举，一张张留有“忏悔”泪痕的交代材料，看上去每一个罪证都无懈可击，都是铁证如山。
至此，毛泽东彻底改变了对刘少奇的看法。
这次全会在江青、康生、林彪等人操纵下通过了《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，做出了把刘少奇“永远开除出党、撤销党内外一切职务”的错误决定，造成中国共产党历史上最大的一桩冤案。根据中华人民共和国最高人民法院1980年9月的统计，因刘少奇一案受株连而造成的冤假错案达两万两千多起，有两万八千多人被判刑