1日北洋军克复南京，张军入城时击毙日本侨民3名。本日，日本公使承其本国政府训令，向外交部提出如下要求：（一）兖州事件。甲，直接负责者斥革，监督免官。乙，该队指挥官前往日本司令部陈谢。丙，中国政府行文日使陈谢。（二）汉口事件。甲，严罚在场指挥将校兵卒，由日本军官观刑。乙，革斥队长，申饬其监督上官。丙，该师团司令官赴领事馆陈谢。丁，由中国政府向日政府表明抱歉。（三）南京事件。甲，犯事兵卒及直接指挥官处以死刑及严罚。乙，南京都督及直接亲属长官严加戒饬。丙，都督赴领事馆陈谢。丁，死伤损害如数赔偿。戊，犯事联队至领事馆门前捧枪。己，中国政府向日本政府表明陈谢。北京政府于9月15日答应照办。
直隶昌黎日兵枪杀华警本日晚，昌黎县京奉车站铁路防兵因买物与小贩争执。巡警杨秋桐调解，复生冲突。日兵回营，邀集兵队数十至警署指责秋桐。警官出而劝解，又被日兵开枪轰击，击毙巡警三名，伤两名，不久死去。而日本方面则谓华警殴打日兵，日军官带队至警署责问，华警欲开枪轰击，不得已才开枪相应。北京政府以日人所述与直省报告不符，因与日使商议，双方派员前往该地调查，以凭核办。经调查，10月21日外交部向驻京日使提出要求条件。内容大致如下：（一）日本政府对于昌黎受伤巡警与已故巡警家属，应施以抚恤。（二）日本政府应将昌黎肇事之日兵严行惩办。（三）所有现在驻扎昌黎之兵应一律调换。（四）日本政府应确实保证将来不再发生此等惨剧。（五）日本驻京公使应向中国政府道歉。（六）日本驻昌黎之军队，应向该处巡警局道歉。磋商再四，日方始允抚恤、道歉，但拒不惩凶。此项交涉不久停顿，拖至1914年4月14日以日方赔偿方式了结。
9月12日袁世凯就9月1日张勋军攻陷南京时，乱兵杀害日侨三名；并抢掠日商店铺，下令“江苏都督张勋迅速查明戕掠凶犯，按军法从严治罪，其约束不严各该管官一并查明，分别参惩。所有被戕掠之日本商民，着李盛铎查明损害情形，按数赔偿并妥为慰问。”
袁世凯任命马福祥为甘肃、宁夏护军使兼署宁夏将军。
四川讨袁军失败早在重庆宣布独立以前，四川讨袁军就以龙光为第一支队长，进驻永川，准备进攻泸州。独立宣布后，即分兵两支，一支由吕超率领，向隆昌进攻；主力自王坪向立石站、寒坡场进击。讨袁军又以余际唐率部进攻合江一线，配合进攻泸州。对重庆北面，则以防御为主。成都方面，胡景伊部将、四川第一师师长周骏驻守泸州。胡于重庆宣布独立后，令王陵基将所部模范团及四川第二、三师编组一支队沿江东下。8月12日，袁世凯命令鄂督黎元洪、陕督张凤翔、滇督蔡锷、黔督唐继尧“酌拨劲旅，会合兜剿”，四督遵令拨队援川。战斗开始后，两军在隆昌、立石站一寒坡场相持不下，互有进退，讨袁军难以进展。8月14日，川军周骏所部左纵队即第一师第一团的营长梁渡、贺重熙、吴行光在隆昌前线击毙团长吴成礼，响应讨袁。28日，梁渡率部配合吕超夜袭泸州，直逼龙透关。周骏率部死守，岌岌可危。血战两昼夜，讨袁军屡攻不克。9月7日，讨袁军又四面攻泸。周骏在五峰顶督战，两军在泸州前方数里之草店子、牛壁关、黄角村一带鏖战一日，讨袁军伤亡严重，攻势顿挫。这时，川军第四师于9月8日进占资中，9月10日占领渝北门户合川。南路援川黔军由旅长黄毓成率领占领綦江，兵逼重庆。滇军由刘云峰率一旅之众入川，进至宜宾。陕军由张钫率一师之众兵临夔州。于是，余际唐、吕超率部还救重庆。但熊克武已于9月11日离渝出走。12日，黔军占领重庆。讨袁军残部陆续溃散。四川讨袁军失败，整个二次革命完全沉寂。
9月15日袁世凯令拿办川边泸城统领张煦。
9月16日袁世凯令四川民政长张培爵辞职。
9月17日袁世凯通令嘉奖入据重庆的贵州援川第一混成旅旅长黄毓成，特授勋五位，并任黄为重庆镇守使。
教育部致电各省都督，定旧历八月二十七日孔子生日为圣节，令各学校放假一日，并在该校行礼。
9月19日袁世凯任命韦绍皋为广西民政长，张广建为陕甘筹边使。
9月20日宪法起草委员会推定第一~第九章各章起草人，委员会开始起草宪法草案工作。23日又加推张耀曾、汪荣宝、黄云鹏、孙钟、李庆芳5人为宪法条文起草委员。
9月23日蒙古经棚失守内蒙古东境前经多伦镇守使王怀庆督率淮军进剿叠获胜利，毙匪多名。嗣以兵队不敷分驻。驻经棚军开拔他往，而填驻之米振标军未到，蒙匪乘虚而入，遂为所占。