一部由清凉山撤出城外，一部退守雨花台。下关及狮子山炮台也相继失守。9月2日晨，何海鸣率卫队及第一师第三团、第八师二十九团残部，在雨花台进行了最后一战，伤亡殆尽，队伍溃散。何海鸣与少数亲随躲于草丛中，后潜至武定桥下乘小船逃走。
北京南苑航空学校正式开学，秦国镛任校长。
9月3日袁世凯令嘉奖攻占南京的军事将领张勋晋授勋一位，冯国璋给予一等文虎章，刘冠雄授以勋二位。雷震春授以勋三位，施从滨授勋三位。
孔教会呈请教育部批准，在国子监举行“仲秋丁祭祀孔”，由众议院议长汤化龙主祭。袁世凯特派梁士诒为代表前往献香。陈焕章及日本顾问有贺长雄都参加了祭祀活动。
袁世凯令免江苏都督程德全职，以张勋继任。任朱熙署江苏陆军第二师师长。
参议院选王家襄为议长王家襄，字幼山，浙江会稽（今绍兴）人，1872年10月27日（清同治11年9月26日）生。其父王官亮，举人出身，曾署河南怀庆知府。1904年，王家襄东渡日本学警政，毕业于东京警视厅特设警察专科。1906年回国，任浙江全省巡警参议，旋调任绍兴府巡警总理。后转任浙江高等巡警学堂提调，兼法制教习。1909年9月，浙江谘议局成立，王当选议员，参与君主立宪活动甚力。1911年，王家襄应友人之招，赴吉林任巡警道。民国成立后南归任浙江杭县知事。1912年4月，当选第一届参议院议员，赴京就职。民国初年，政党纷起。王先为民国公会会员，后继为共和党员，后又为进步党员，任党务部长。1913年初，袁世凯下令进行国会议员选举，王家襄被选为参议院议员。“二次革命”起，张继辞参议院议长，本日，经参议院选举，王当选议长。
9月4日袁世凯准外交总长陆征祥，财政总长周学熙，司法总长许世英，农林总长陈振先，交通总长朱启钤辞职，各部部务以次长代理。
9月5日众议院议决先选总统后定宪法众议院议决先定总统选举法及其权限，于选举总统后再定宪法。6日，将此议案咨达参议院。8日，参议院议决通过。
9月6日袁世凯令免江苏民政长应德闳职，由韩国钧继任。
参议员周廷励、朱兆莘在北京发起组织集益社，本日成立。该社以广东省籍议员占多数。
9月7日公民党成立铁路协会（负责人梁士诒）、潜社（由国民党分出，负责人马小进）、集益社（负责人朱兆莘）、超然社（负责人郭人漳）、国会同志会（负责人李庆芳）等在北京组成袁世凯御用之公民党，该党以梁士诒为党首，通电宣布政见，鼓吹从速选举正式总统。
9月10日袁世凯任命屈映光署浙江民政长。
9月11日熊希龄内阁组成袁世凯特任孙宝琦为外交总长，朱启钤为内务总长，梁启超为司法总长，汪大燮为教育总长，张謇为工商总长，周自齐为交通总长，张謇暂兼农林总长，熊希龄兼财政总长。至此，熊希龄内阁组成。宋案发生后，在全国舆论的压力下，赵秉钧自5月间就被迫“请假”，国务总理一职一直由段祺瑞代理。各部总长也七零八落。7月底至8月初，对南方用兵节节胜利，使调整政府机构成为不可避免的事。为了取得进步党人的支持，7月31日，袁世凯正式任命熊希龄为国务总理。熊希龄内阁在组阁过程中遇到来自袁世凯的阻力。熊希龄在7月初得到组阁的消息后感到非常意外，7月18日上辞呈说：“自揣能力，与现在之暴烈分子、腐败官僚两派绝不相容”，所以总理一职“万难从命”。袁复电不允，并命他速来北京“计议大局”，7月20日能希龄入京，与袁面谈，并与进步党领导人筹商进退。进步党领袖梁启超认为组阁是扩张党势的大好时机，并极力怂恿熊希龄就任，而且表示自己愿意入阁担任财政总长，给予实际支持。熊希龄一到北京，袁就把一张总长的名单交给他：外交孙宝琦，财政周自齐，交通杨士琦，内务朱启钤，陆军段祺瑞，海军刘冠雄，重要的部都由北洋派占据，剩下农商、司法和教育三个部让熊希龄物色人选。以袁看来，代价已经相当高了。所以，他对熊希龄以梁启超为财政总长的要求始终不肯答应。8月26日熊就职，28日赴参众两院发表施政演说，但内阁人选仍未完全确定。一直拖到9月初，袁才同意采取折中的办法，由熊希龄自兼财政总长，而将周自齐调交通总长。9月11日，各国务员经国会通过，并由袁世凯任命。至此，民国以来的第三届内阁才正式组成。阁员9人中，进步党4人，其余5人都是北洋派。熊内阁是北洋派和进步党的联合内阁。由于梁启超、汪大燮和熊希龄都是社会名流，张謇是全国闻名的实业家兼教育家，于是这个内阁就被称为“第一流人才内阁”。
驻京日本公使以兖州、汉口、南京三处交涉案向外交部提出要求本年8月5日，日本大尉川崎在兖州戒严区域微服旅行，武卫前军误为间谍，袭留营中，旋即释放。8月11日汉口日本军官西村中尉行近刘家庙北军司令部门首，意图入内，军士劝阻不服，致被拘留，旋亦释放。本月