8月13日广东讨袁军失败广东宣布独立之后，都督陈炯明将第一、二师及独立旅各编成一支队，一再敦促部队出师北伐。但帅旅长们阳奉阴违，北伐之师始终未出羊城一步。陈炯明不得不强行规定8月1日出师。但这时，龙济光已经率部自梧州进逼。7月30日，驻肇庆警卫军管带李耀汉叛变，投降龙氏。要隘失守，陈炯明不得不先行对付龙济光，命第三旅旅长叶举向三水一线布防。广东援赣之师被迫停止出发。龙氏进逼，叶举外调，使那些在广州密谋叛变的军官们大肆活动起来。当时，广东反对派人物，如黄士龙、李准、梁士诒都或明或暗地派出联络人员进行策反活动。正当广州局势紧张之际，岑春煊偕云南籍国会议员李根源一起到达广州。他们立即着手争取锤鼎基、苏慎初、张我权，希望他们积极反袁，但没有成效。岑春煊又派人拿了自己的亲笔信去劝龙济光反袁，但龙不念旧恩，对来人十分冷淡。李根源为了挽救危局，就同自京回粤的国会议员邹鲁一起去见陈炯明，替陈出谋划策，建议杀掉态度摇摆的军官一二人，以振军心。但陈炯明害怕因此引起兵变，不敢采取果断措施，仅逮捕密谋叛乱的第一师参谋陈锤英等三人。结果打草惊蛇，锺鼎基、张我权得到消息后于8月3日逃往香港。8月4日下午1时，冯德辉受黄士龙唆使，赴燕塘策动炮兵团和辎重营叛变，自称粤军界临时总司令，炮击都督府。陈炯明匆匆忙忙枪杀了陈锺英等人，然后逃往香港。广州商会等团体遂推举苏慎初为代理都督，宣布取消独立，维持地方秩序，广东独立运动宣告失败。8月5日，广州军界又起内讧，独立第五师逼迫苏慎初下野，拥张我权为都督。黄士龙也返广州活动，企图捞上一把。但袁世凯早已于8月3日任命龙济光为广东都督。自然不承认广东方面的拥立。龙济光更野心勃勃，继续率部向广州挺进。8月10日晚，原驻三水陆军第二团一部返省，驻扎观音山原来的营房。11日，龙济光的济军抵达广州，蛮横地逼迫陆军迁出观音山，引起了陆军的愤怒。济、陆两军遂发生武装冲突。续后，济军陆续到达，到处逼迫陆军让营。一些革命党人乘机策动陆军士兵杀掉官长后抵抗济军。济、陆两军的冲突越来越大，在广州城内断断续续激战三日。由于陆军的反抗没有组织，遂全部溃散，龙济光终于全面控制了广州。那些拥袁的军官们也被迫离开广州。后来，邹鲁曾企图重新举事，被龙济光发觉，广州警察局长陈景华因此被杀。广东的讨袁独立运动遂完全失败。
福建取消独立福建的独立运动缺少活力，死气沉沉。福建讨袁军总司令许崇智所部都是新兵，力量不足，又受到孙道仁的牵制，竟致无所作为。孙道仁虽附和独立，实际上，他在旅长孙宝镕支持下，密谋调回散在省城外的部队，以便扼杀革命。许崇智看到孙道仁心怀叵测，企图把孙推倒。但孙道仁有其旧部支持，许崇智不敢贸然发动。当沪、宁失利，南京取消独立的消息传来，许崇智看到形势不利，无能为力，遂于7月31日逃往香港。8月1日孙道仁看到福建革命党人解体，即密电在京的前福建第十四师师长杜持，说明福建假独立的真相，并要杜持向袁世凯政府秘密说明，待广东、江西独立失败后，福建即宣告取消脱离中央。8月13日，孙正式通电各界，陈明“苦衷”，宣布取消脱离袁政府。
湖南取消独立湖南独立以后，革命党人积极准备起兵。但都督谭延和黎元洪密商之后，以讨袁为名，将省城拥护革命的军队由第一军司令程子楷、副司令赵恒惕率领，调赴岳州，以蒋翊武为鄂豫招讨使驻岳州部署对湖北军事。谭延又派唐蟒率新兵援赣。但援赣军行动迟缓，湘军抵达蒲乡时，江西战事已经失利，李烈钧被迫退出南昌了。谭延将省城革命党人控制的军队调走一空，遂以省城空虚为借口，将政治上保守的守备队调入长沙，任命亲信余道南为省防守备队司令，童锡梁等为新募五营管带，从而控制了长沙。谭延于布置完毕以后，即于8月11日密电袁世凯，表示要尽力维持湘省局势。8月13日谭延看到大局已定，公开出示布告，宣布取消独立。在取消独立时，有人主张杀掉一二个著名的革命人物以表取消独立，拥护中央。但谭延并不打算与革命党人完全断绝瓜葛，他要为自己的政治生命留下后路。因此，他不仅眼开眼闭地让湘、赣两省革命党人脱离袁世凯的追捕，还亲自接待了兵败退至湘境的李烈钧。他在一封电报中说：“湖南宣布独立，水到渠成，延不任其咎；湖南取消独立瓜熟蒂落，延不居其功。”这两句滑头话，典型地反映了他的政治性格。湖南一批激进的革命党人对谭延取消独立十分不满，他们于9月9日再次发动独立，进攻都督府。谭延事先获得谍报，作了严密戒备，残酷地镇压了起义的革命党人。暴动领导人刘松衡等遇害。
吴淞炮台失陷吴淞原由姜国梁率广军驻守，段祺瑞派到上海的前第九师师长郑为成及蔡春华等人对广军进行了策反活动，广军动摇，偷走炮闩，图谋叛变，姜国梁出走。陈其美派白逾桓、居正率镇军平叛，扼守炮台。7月26日，海军进攻吴淞，白、居指挥台兵反击，联鲸舰受伤投降。刘冠雄抵达吴淞口后，一再指挥海军