他又与应德闳联名通电声称：“17日抵沪后，即密召苏属旧部水陆军警，筹商恢复。”并宣布在苏州行署办事，从而在政治上给南京独立以沉重的打击。驻苏州江苏第二师师长章驾时于南京独立后即弃职赴沪，旅长朱熙代理师长职务，这时接受程德全指挥。翌日，镇江也接受程德全的命令宣布取消独立，沪宁铁路当局也奉北京交通部的命令停止通车，宁、沪间的联系被截断，二次革命的中枢南京陷入了腹背受敌的严重局面。黄兴坐镇南京，一筹莫展。程德全于7月26日致电黄兴，要黄“取消讨袁名义，投戈释甲，痛自引咎，以谢天下”。28日，南京军界接到了程德全取消独立的密电，南京卫队营长张鹏翥更接到了程德全捉拿黄兴的电令。张把程的电令报告了黄兴。黄兴看到败局已定，悲愤万分，企图自杀，经部下一再规劝，遂于29日夜乘日轮静冈丸离宁。他本拟赴沪，因无法上岸，遂随轮前往日本。临行之际，他嘱陈之骥维持南京秩序，免遭乱兵蹂躏。黄兴走后，讨袁军重要将领章梓、洪承点也相继离去。于是，南京陷入了“三军无主”的局面。黄兴出走的同一天，岑春煊也离沪赴粤。7月29日，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥、代江苏第一师师长周应时等当即宣布取消南京独立，并立即发电与袁世凯联系，要求程德全、应德闳回到南京处理善后事宜。南京独立运动黯然瓦解。
7月30日原驻徐州江苏第三师讨袁军通电参、陆两部，声明取消独立，恳请北军停止前进。两部不久电复三师，指责该师轻听乱党指挥，突攻韩庄，属叛逆行为，应向冯国璋缴械，听候安置。8月1日，参陆两部电冯国璋转达袁世凯令，将该师立即缴械，士兵发给月饷遣散。
7月31日讨袁军进攻上海制造局失败上海讨袁军因幻想和平接管制造局，因而迟迟没有开战。这样就使北军于抵沪之后，赢得了半个多月的准备时间。临战之前，郑汝成放弃了龙华分局以收紧兵力，集中力量坚守总局。他又迫使原驻局内的六十一团、三十七团撤往局外，防止发生内应事变。北军日夜兴工，加强防御工事，决心坚守待援。海军倒向北军一边。7月16日吴淞要塞司令姜国梁宣布独立时，海军总司令李鼎新曾派舰队会同步队一营往攻吴淞。上海开战后，海军协助郑汝成攻击讨袁军。陈其美鉴于沪上各军力量不足，不得不向南京请援。南京方面看到上海行动不力，影响大局，只好从镇江赵念伯的三十二旅拨出一团支援上海，于7月19日到达。又把南京的福字营调回上海，于22日到达。福字营为刘福彪统带，辛亥革命时由上海游民分子组成，1912年间由程德全将该军调赴南京，有炮一营，步三营，但实力不足。刘部到沪后，陈其美将福宇营改编为特别敢死队。至此，上海讨袁军的兵力部署大体完成。
23日凌晨2点55分，战幕揭开，上海讨袁军向北军驻守的制造局发动进攻。六十一团、三十七团攻击制造局西栅，福字营助攻，松军、镇军攻击望道桥制造局正门。北军死战，海军发巨炮压制讨袁军火力，沪军炮兵营被摧毁，讨袁军的进攻遭到挫折。北军凭借既设阵地，发挥训练有素的技战术优势和火力优势，成功地以微小代价击退了讨袁军的进攻。讨袁军由于军官缺乏战术素养，士兵缺乏战斗训练，队形密集，射击不准，攻击乏力，自清晨3时一直战斗到上午11时，攻击无效，伤亡累累，不得不暂时停止进攻。23日夜，讨袁军因白天攻击不利，发起夜战，但依然未能奏效。郑汝成看到讨袁军攻击受挫，士气不振，顿时猖狂起来。他函致南市商团威胁说，如果陈其美不取消司令部，他就要进攻南市。陈其美为避免南市商场遭到战火破坏，遂将司令部迁往闸北南海会馆。24、25日双方继续战斗。26日，驻沪领事团与工部局西董会议，不准在租界及其附近地区进行战斗，”日晨，租界工部局借口闸北中国商人请求保护生命财产，派遣总巡捕卜罗斯率马队侵人中国地界，开往闸北南海会馆和湖州会馆，驱逐讨袁军。蒋介石所率原六十一团一部约200余名讨袁军为英军缴械。于是，闸北一度为英美军队控制。28日晚，讨袁军对制造局北军象征性地发起最后一次进攻，很快就脱离了战线。这一天，海军总长刘冠雄率领舰队护送北洋第四师李厚基旅南下，三天后陆续到达制造局。讨袁军遂由龙华向七宝一线退却，制造局解围。7月31日，浙江都督朱瑞派遣浙军开赴上海支援北军。松军被迫辗转撤往吴淞一带。进攻制造局之役至此完全失败，上海讨袁军被迫守江湾一吴淞一隅。