经济、力谋教育普及、完成国内交通、增厚边防军备、经营拓殖事业、维持国际平和为会纲。后又与孙毓筠所发起的另一小政团民宪党实行合并，仍名政友会，于1913年6月19日举行正式成立大会，选举景耀月、孙毓筠为理事。后增选袁乃宽、程克二名理事。其宗旨为“巩固共和，发展国力，实行世界的国家主义”。该会成员以国民党籍居多，其余属进步党籍，占2／5。其活动经费主要来源于袁世凯，据说所给达50万之多，这是它政治上脱离国民党转向袁世凯的根本原因。
6月21日袁世凯通令“裁兵节饷”，并裁减行政经费。
袁世凯发布命令，告诫军人“服从命令，勿得逾越范围，其非分之事，慎勿干涉，致淆政体，并愿提倡改革之先觉，爱惜名誉，告诫同侪，毋使依附之徒托名暴动，倾覆邦家。”
6月22日袁世凯发布尊孔杞孔令命令论述孔学在中国历史之作用，论述孔子三世说、大同共和之义，实为今日民主之始。命令要求，俟各省关于尊孔祀孔意见一律到齐后，“即查照民国体制，根据古义，将祀孔典礼折衷至当，详细规定，以表尊崇而垂久远”。
梁启超写信向袁世凯请款梁启超为进步党理事，在党中起着重要的领导作用。他不仅撰写文章攻击二次革命，还亲自帮助袁世凯策划镇压广东地区国民党人的反抗斗争。1913年6月，进步党香港交通部长伍庄策反国民党籍都督胡汉民、陈炯明部下黄士龙等军队，意欲驱除国民党在广东势力。6月22日，梁启超给袁世凯写信，请汇巨款给伍庄作运动经费。袁世凯在信上亲批“速兑香港黄士龙军费10万元”梁启超还亲自动员前清两广总督张鸣岐赴广东帮助龙济光、陆荣廷等策划进攻广东。在梁的帮助下，袁世凯很快将广东地区革命镇压下去。
6月23日教育部批准京师学务局呈核之《教会设学立案办法》及《解散私塾善后办法》。
6月24日袁世凯任命戴戡为贵州民政长。
袁世凯批财政总长周学熙呈请免职文，令再给假一月，安心调理，所请免官之处仍毋庸议。
6月25日众议院质问政府奥国借款众议院开秘密会，对北京政府未经国会通过，于4月10日私借奥款事提出质问，财政总长梁士诒出席作答。政府特派员、财政部公债司司长陈威当众撒谎说，奥国借款系六厘公债作抵，可以不交院议。议员们当场查阅合同原稿，谎盲立即拆穿。议员异常激愤，以政府所签合同为非法，相约提出弹劾内阁。
宋案要犯洪述祖经外交部多次与德使交涉引渡，均拒不引渡。本日，德使照会外交部，说中德没有引渡条约，只可将洪的口供送达。27日，胶澳审判厅将5月31日审讯洪所录之德文供词，经外交部译送总统府秘书厅。
黎元洪镇压湖北革命党人起事袁世凯罢免赣粤两督之后，革命党内武力讨袁的舆论逐渐占了上风。黄兴为大势所逼，开始着手规划倒袁的实际部署。他把行动的方向，首先定在湖北。湖北革命党人自辛亥革命后，备受袁、黎的压迫和摧残，他们一批一批地觉醒起来，相继走上反抗袁、黎压迫，举行武装暴动的道路。但是，由于他们觉悟有迟早，被黎元洪各个击破，革命军队也被黎遣散殆尽，而北军已经重兵入鄂，革命党人不再像辛亥年那样有力量了。然而，他们在策动黎元洪中立失败之后，还想在湖北首先发动，扫除湘、赣出师的障碍。湖北著名革命党人詹大悲、王宪章、季雨霖、王华国、熊秉坤等在黄兴的支持下，纷纷回鄂运动，前军务司长蔡济民也密谋内应。黄兴又续派宁调元、熊樾山前往联络，敦促起义。正当湖北革命党人广泛联络，准备起兵之际，先前发动上海制造局之役的柳人环、文仲达、卢汉生在李烈钧离赣后被解赴湖北，并于6月23日乘京汉火车转解北京。途中，文仲达变节招供：“机关在上海麦根路三十二号。其派来湖北运动军队，并行暗杀之人为刘敦榘，年二十三岁，湖南人，机关在汉口《民国日报》馆。”黎的探访人员中途回鄂作了紧急报告。24日，黎元洪饬令军警会同法租界巡捕房查封《民国日报》馆搜获文电布告多件，逮捕曾毅等四名报馆编辑。负责起义全局的詹大悲，看到机关被破，心急如火，命令起义部队于25日夜于南湖集合暴动。但是，由于各处机关陆续被破坏，联络指挥人员被捕，没有发动就流产了。翌日，宁调元、熊樾山因疏于防范，在汉口德租界日本人所开宝贵馆被黎的军警会同德租界巡捕逮捕。是日晚，詹大悲再次鲁莽发动，到处派人纵火，但依然一事无成。仅驻扎天门、潜江一带的原季雨霖旧部章裕昆一营于25日夜如期起义。旋因孤立无援而溃散了。事后，黎元洪大肆搜捕、屠杀。詹大悲等在武汉立脚不住，在日本人掩护下，乘日轮岳阳丸逃往下游。经这次失败，湖北革命党人被摧残殆尽。
6月26日宋教仁葬于上海送葬者达数万人，谭人凤、王宠惠、居正、胡瑛、章太炎等均参加葬礼。
6月30日袁世凯任命柏文蔚为陕甘筹边使，任命孙多森为安徽民政长兼署都督。
参众两院开宪法会议，共