北京大学****北京大学预科二、三年级学生在校内遍贴告白，反对《大学规程》中关于预科学生毕业应行入学考试方可升入本科的规定，并反对校长何孀时所发举行入学试验之布告。27日午后，学生复就考试问题向何提出质问，何竞恶言诟骂。学生愤极，迫其写悔过书并辞北大校长职。何佯允，学生始散。30日，教育部向何发出指令，查明为首之人，立即辞退。何于上午将学生八人通告斥退，并通知军警入校弹压。午后，预科学生200余人齐至教育部，要求面见总长董鸿讳进行申诉。董借口学生未举代表，拒不接见。学生遂露宿部中廊下，至31日午后始行返校。6月2日，袁世凯下令对滋事学生严切查办，毋稍宽假。6月6日，教育部再令北京大学校长将现时在校之预科学生解散。俟暑假开学后，除已斥退之八人外，其他学生仍准回校。北京大学校长何烯时在学生、社会舆论反对下，被迫向袁世凯请辞。6月17日，袁世凯批复不准。但预科****因学生被解散离校而平息。
5月29日进步党成立国会选举国民党领先，共和、民主、统一三党感到不合并，将难与国民党对垒。同时，袁世凯也对“健全之大党”的需要也更为迫切了。他意识到不赶紧组织一为已所用的大党，就不能有效控制国会。为此，他要求政见本属相同的共和、民主、统一三党以国事为重，速求合并成功，以扩大影响力。因此，3月中旬梁启超组党活动出人意外地获得大进步。三党合并后的新党拟举袁世凯为总理，黎元洪、梁启超分任协理，梁决定于3月19日入京，然后正式发表。但就在这时发生了宋教仁被刺事件，全国舆论集矢袁世凯，梁启超也备受责难。三党部分党员为避免为国民党之忌，又多不欲举袁世凯为总理。三党内部对合并后的组织形式与干部配置仍纷争不已，共和党主张总理制，由黎元洪任总理，梁启超任协理，汤化龙和孙武分任政务部长和党务部长，而民主党为提高汤化龙地位起见则仍主理事制，由黎任理事长，梁、汤、孙并列为理事。这样使刚有定议的三党合并计划重又搁浅。但是，随着由宋案而起的反袁世凯事态的扩大，袁世凯对三党“相倚之心”也更加急切。兼以正式国会即将开幕，三党在议院的多数并未形成。所以三党合并的步伐反较前加快了。4月2日，梁启超为“合党事”在袁世凯所派马队、宪兵、探访队的严密保护下赶往北京。经过各方反复磋商，决议于16日举行三党党员联谊会。届时，梁启超、孙武、汤化龙、王赓等要人皆到会演说，一致强调为取得议院多数，三党务必彼此容忍与牺牲“各方面之小意见小问题”，速求“合并成功”。经此次大会后，三党意见渐趋统一，于25日正式签订合组进步党的协议书。5月3日，三党本部联电各党交通处，报告各党本部审时度势，已决议合并，一旦筹备完成，即开成立大会，希各支分部先行接洽合并。15日，三党议员职员举行特别会，讨论党章及成立大会有关事宜。28日，选出新党本部职员。29日，举行三党全体在京党员大会，宣布进步党正式成立。
进步党选举黎元洪为理事长，梁启超、张謇、伍廷芳、孙武、那彦图、汤化龙、王赓、蒲殿俊、王印川等九人为理事。另由理事长、理事共同推举各地重要党员阿穆尔灵圭、张绍曾、冯国璋、周自齐、熊希龄、阎锡山、胡景伊、尹昌衡、蔡锷、朱瑞、庸继尧、陆荣廷、张镇芳、杨增新、张凤翔、程德全、陈国样、徐勤、庄蕴宽、汪大燮、陈昭常、齐耀琳、陈炯明等人为理事。其本部下设政务、党务二部，分别由林长民、丁世峄任部长。该党遵循梁启超制定、袁世凯批准的组织原则，以“旧立宪党”和“旧革命党”中的变节分子为中坚，同时也不拒绝“善趋风气随声附和者”入党。它的支分部遍布全国各省区，大多数相应由共和、民主、统一三党支分部改组而成，也有少数是本部特派员在各省区地方当局支持下建立的。鉴于国会大选时华侨“全败”的教训，它还专门派出特派员前往南洋群岛各华侨集中地发展组织，以争取海外华侨政治、经济上的支持。以上事实表明，进步党是在袁世凯直接操纵下成立的，它的成立标志着袁世凯与进步党人联盟关系的正式确立。进步党成立后，即宣布其党纲是：（一）取国家主义，建设强善政府；（二）尊人民公意，拥护法赋自由；（三）应世界大势，增进平和实利。这个党纲虽也笼统提出了“法赋自由”、“平和实利”等纲领，但最根本的是第一条。进步党所要建设的“强善政府”不过是袁世凯政府的代名词而已。因此，进步党极力为袁世凯一手制造的宋教仁血案辩护，主张“法律解决”。至于袁世凯违法签订的“善后借款合同”，因袁已允诺以部分回扣“作该党费用”，自然更为它所竭诚拥护。它还积极支持袁世凯发动镇压二次革命的战争，在国会中与国民党作对。
前清陕甘总督升允自库伦分别致函新疆都督杨增新及阿尔泰办事长官帕勒塔，胁迫二人背叛民国，投靠俄、库。其后于6月至9月间，复先后致函甘肃都督赵惟熙、宁夏护军使马福祥、旅京蒙古王公那彦图、博迪苏、蒙藏事务局总裁贡桑诺尔布、署热河都统姜桂题、甘肃陇东护