。还在宋教仁离京南下前，袁世凯就预感将对他不利，曾企图用50万元加以拉拢，但遭到宋的拒绝。随后，他便指令亲信爪牙，密切监视宋的一举一动，加紧进行暗杀宋教仁的活动。3月20日晚，宋教仁在上海由黄兴等人陪同，自《民立报》社赴沪宁车站，准备北上。22时40分，他们走到检票处，突然三颗子弹从背后向宋教仁射来。宋当即被送往附近铁路医院。由于伤及要害，抢救无效，于22日晨4时40分逝世，享年仅31岁。临死前，他在遗嘱中还期望袁世凯“开诚心，布公道，竭力保障民权”。仍对袁抱有幻想。
3月21日黄兴致电袁世凯及国务院、参议院，告以宋教仁在沪遇刺及延医剖治经过。末称：“现神思昏炫，状甚危险。据医者云：若不炎热，方有希望。当此人心摇惑之际，而有如此凶徒不顾大局，戕贼人道，殊深浩叹。当场凶手窜逸，未及捕获。”当黄兴电到总统府时，袁世凯正与章士钊在一起吃饭。饭罢，两人谈论宋教仁事，袁世凯对章士钊说，黄、宋两人在黄兴寓所议事时，两人争做总理，大起冲突，刺宋一事很可能是黄兴所为。章士钊愤怒而去。
袁世凯电令江苏地方当局缉拿刺宋凶手袁世凯电报说：“南京程都督、应民政长、上海陈交涉使、县知事、沪宁铁路钟总办：接宋钝初君电称，即日乘沪宁夜车赴京。10时45分，在车站突被奸人自背后施枪弹，由右腰上部入腹下部等处。车站为众目昭彰之地，竟有凶徒敢行暗杀。该管巡警所司何事。人心险恶，法纪何存。瞻往前途，何胜忧愤，仰该都督，民政长，交涉使，县知事暨铁路总办，立悬重赏，限期破获，按法重惩。一面由该交涉使、县知事，亲莅医院慰问宋君。切劝静心调治，以期速愈，”
3月22日黄兴悬赏缉拿刺杀宋教仁的凶手黄兴致电袁世凯及国务院、参议院，告以宋教仁“痛于今晨4时47分绝命”。黄兴、陈其美联名致函上海公共租界总巡捕房卜罗斯和上海闸北警察局，请协缉刺宋凶手。致卜罗斯函云：“此案发生虽在内地，难保该凶手不藏匿租界，应请执事严饬得力探捕，加意侦缉。如能拿获正凶，澈清全案，准备赏银1万元，以为酬劳。”致闸北警察局函云：“当时凶手在逃，已向公共租界总巡捕卜罗斯先生申明赏银一万元，如能拿获，澈清全案，即刻给银，决不食官。兹犯案之地，系贵局管辖。请为一体协拿，得正凶领赏。”租界巡捕房和闸北警察局为此立即发出悬赏缉拿凶手布告。
康有为在上海创办《不忍》杂志该杂志为月刊，由陈逊宜、麦鼎华合编，上海广智书局印行。本年共出8期。1917年潘其璇续编第9、第10两期合刊一册，共9册。内容分政论、教说、瀛谈、艺林、诗文等栏。康有为在《不忍杂志序》中提出了10个“不能忍”：“睹民生之多艰，吾不能忍也；哀国土之沦丧，吾不能忍也；痛人心之堕落，吾不能忍也；嗟纪纲之亡绝，吾不能忍也；视政治之窳败，吾不能忍也；伤教化之陵夷，吾不能忍也；见法律之蹂躏，吾不能忍也；睹政党之争乱，吾不能忍也；慨国粹之丧失，吾不能忍也；惧国命之分亡，吾不能忍也。”康有为亲自为该刊撰写文章，攻击辛亥革命，反对民主共和，主张定孔教为国教，坚持君主立宪。《大同书》的一部分及《孔子改制考》、《孟子微》等著作也在该刊连载。1914年上海书局出版《不忍杂志汇编》初集。
袁世凯得知宋教仁死讯后，命令江苏都督、民政长：“迅缉凶犯，穷究主名，务得确情，按法严办，以维国纪而慰英魂。”
3月23日刺宋凶手被缉拿归案由于一个名叫王阿发的古董商向捕房提供重要线索，本日即将要犯应夔丞缉捕归案，次日又抓获凶手武士英，并于应家搜出五响手枪一支以及应与洪述祖、赵秉钧往来密电本和函电多件，使案情很快有了重大突破，谋杀宋教仁之凶犯乃全部暴露。
洪述祖字荫之，人称“洪杀胚”，时为内务部秘书，实际上是袁世凯直接指挥的密探头目，专门负责监视和对付革命党人。应夔丞原为上海流氓、帮会头子，辛亥革命时攀附同盟会，得充沪军都督府谍报科长、南京临时政府总统府庶务科长兼管孙中山侍卫队等职，但不久就被孙中山撤职。回到上海后，他重操旧业，改组青红帮为“国民共进会”，自任会长，于长江沿岸一带鼓吹所谓“二次革命”，被黎元洪通缉。袁世凯知此人历史，以为可以利用，遂派洪述祖到上海，借商谈解散共进会为名，秘密加以收买，并由洪引见程德全，委以江苏驻沪巡查长，以掩护他的真实身份。袁随后致电黎元洪取消通缉令，又亲自电召他入京，借解散共进会名义，批给五万元活动经费。从此，应夔丞投靠袁世凯，成了袁在上海对付国民党人的一只恶犬。武土英原名吴福铭，山西人，系一毫无政治头脑、唯知金钱的亡命徒，流窜上海不久，即被应夔丞诱骗收买，拉入共进会。
国民党上海交通部举行宋教仁殡仪由医院扶灵柩暂殡于湖南会馆，伍廷芳等数千人送殡，党员1500人执绋，沿途10余里，道旁观者男女老幼，万头攒动。黄兴、陈其美在会馆前迎候，行礼者络绎不绝。