认真弹压，有敢作乱者，格杀勿论。
上海发生地震。夜里10点半，发生地震，历时10秒至11秒之久。室内所挂之灯大为摇动，离开中心约一尺，摇动约二分钟始已。地动使人眩晕。震时黄雾满天，月色朦胧。震后云开雾散，星月灿烂。室内的人们纷纷外出站立数分钟之久。这次地震没有造成伤亡。
6月16日。广东铁路公司股东反对铁路国有。清政府关于铁路国有的上谕发出后，广东民情激愤。是日，广东铁路公司召开股东大会，到会股东千余人，一致坚持商办，反对清政府的卖路政策，特别是爱国侨胞表现更为坚决。大家纷纷表示誓死不接受“铁路国有”政策，有谁敢劫夺商路，格杀勿论。
6月17日。清政府宣布收回川汉、粤汉铁路的详细办法。度支部、邮传部会奏川汉、粤汉干路收回的详细办法，要点是：（一）广东铁路全系商股，现每股优先发还六成，其余亏耗的四成，发给国家无利股票。路成获利时，在该路余利项下，分15年摊给。（二）湘路商股照本发还，其余米捐租股等，发给国家无利股票。（三）鄂路商股一律照本发还，动用赈济捐款，按湖南省湘路米捐租股的方法办理。（四）川路现存700余万，如股东愿入股，全数更换为国家保利股票，五年后分15年还本；并可随时抵押，分得余利。除倒账外，宜昌已用款400多万两，发给国家保利股票。又宜昌开办费33万两及成渝各局费用若干，发给国家无利股票，与粤路一律，悉归本省兴办实业之用。
四川保路同志会成立。川汉铁路总公司在成都召开临时股东大会，经过讨论决定：川路是光绪皇帝批准川民自办，不能收归国有。借款条件太苛刻，尤其不能接受。恳请署四川总督王人文迅速电奏清廷，求其收回成命。他们表示，如果请求得不到批准，四川人民将力争到底。当时到会的共有2000多人，在讨论到合同对于国家和铁路存亡的关系时，一时间哭声震天。与会人员当场决定成立四川保路同志会，由省谘议局局长蒲殿俊任会长，罗纶任副会长。接着，各府州县纷纷响应，成立了分会，参加群众达数十万。重庆以及县、镇、街道都纷纷成立分会。学界和妇女界分会也迅速成立。
6月18日。孙中山抵旧金山筹款。孙中山从纽约抵达旧金山，将同盟会与致公堂联合，并成立洪门筹饷局（中华革命军筹饷局），对外又称国民救济局。此前，美国华侨大部分多为洪门会门徒（致公堂），致公堂总部对同盟会所倡导的革命心存疑虑，筹饷之事迟迟不见进展。至本年4月27日，同盟会在广州举行黄花岗起义的消息传到旧金山，致公堂总部大受震动，态度迅速转变。
6月19日。王人文奏，川汉、粤汉铁路借款合同丧权辱国，请将盛宣怀治罪，然后提出修改，以救危亡。
6月20日。清政府任命张謇为中央教育会会长，张元济、傅增湘为副会长。
6月22日。江西抚州（今临川）乡民四五千人，捣毁积谷绅富家及米店。建昌（今南城县）乡民七八千反对绅富囤积米谷，捣毁县署。
6月23日。清廷颁布内阁属官官制及内阁法制院官制，任命官员，裁撤宪政编查馆、吏部、中书科、稽察钦奉上谕事件处、批本处等衙门，新内阁的建制宣告完成。
6月26日。清政府命令改订资政院院章。资政院建立的法律依据是资政院院章，清政府制订的资政院院章先后于1908年（光绪三十四年）与1909年（宣统元年）分两次公布。本年5月8日颁布内阁官制，撤销了有180余年历史的中央辅政机关军机处，成立了以原首席军机大臣奕为首的皇族内阁。由于这—大的变动，资政院院章中原有的与军机大臣、部院衙门有关的条款必须作相应的修改。
6月27日。署理四川总督王人文将罗纶等2400余人签名批驳铁路借款合同的原件及公呈人全体姓名上奏，并附相片自请处分。
6月28日。湖北宜昌川汉铁路股东联合农民两千余人，捣毁该地铁路公司机器房，宜昌城内罢市。
7月
7月3日。清政府颁布资政院改订章程。该章程凡65条，与原章程相比，资政院权力大为缩小。如：原章程规定资政院临时会由总裁、副总裁或半数议员陈请，候特旨召开。现章程改为“由特旨召集”，资政院失去了奏请权。原章程规定，资政院在处理省谘议局与督抚的争议时，可据实陈奏，现改为咨送内阁核办，或咨国务大臣具奏请旨裁夺。资政院改变议事日程，也要取得行政衙门同意。又将原章程中的法定有效人数由2／3降为“过半数”，到会过半数即可通过议案，以此防止议员抵制会议。这样的资政院根本不具备议会性质，只是政府的御用工具。
7月5日。谘议局联合会要求重组内阁。皇族内阁成立后，立宪派人士备感失望，于是有各省谘议局议长、副议长及议员上书，力陈皇族内阁不合君主立宪国公例，仍请另选大员组织内阁。呈文本日由都察院代递，当天即遭清廷严厉斥责：黜陟百司，系君上大权，载在先朝钦定宪法大纲，并注明议员