本着纠正以前种种错误，改变不服从领袖的心理；应把以前散漫的组织，重新严密起来，团结起来；把党内一切不革命的、不纯粹的分子排除出去的原则进行。当时，孙中山住在赤坂区灵南坂头山满住宅，朝夕相处的人有宫崎寅藏、犬养毅、寺尾亨、头山满等。陈其美、田桐、胡汉民、范光启等对此次组党给予了积极的协助。是月6日，孙中山在《民国》杂志社召集陈其美、田桐、胡汉民等人讨论中华革命党干部人选，初步商定总理及各部部长名单。21日，又在《民国》杂志社召开筹备成立中华革命党的党员大会，陈其美就党章问题作了逐条说明，并介绍各部长人选情况。是日，中华革命党在东京召开总理选举大会，出席会议的八省代表，一致推选孙中山为总理。依党章第15条除公举总理一人外，还要公举协理一人，当时在日同志中有担任协理资格者，首推黄兴，党人也多属意于黄，只是黄兴不愿居任何名义，因此本日选举总理，协理一席则虚席以待。其后，黄兴决意赴美。孙中山推荐凡曾为都督者，皆可当选为协理，而在日本的同志中具有此资格的人有胡汉民、陈其美、李烈钧、柏文蔚四人，但李、柏不久要去南洋，胡、陈则始终谦让，所以协理一席终缺。
6月24日。张家口驻兵哗变。是日，驻张家口军队士兵聚众赌博，巡警问讯前往干涉。士兵遂结队捣毁警署，纵火焚烧。随后有炮兵两连及其他士兵参与，100多家店铺被抢劫烧毁。都统何宗莲派兵弹压，25日至27日先后击毙变兵百余人。7月1日，又将其他参与兵变者，全部驱入火车中，诡称缴械遣送回籍，当车载赴山谷地区时，何宗莲预先布置伏兵，将变兵营、连长及约两连之众变兵，全部击毙。
6月28日。李国柱在湖南各地举兵讨袁。1913年8月，李国柱在东京加入中华革命党。次年初受孙中山之命，回湘起兵讨袁。抵湘后，李召集党人，重组力量，在宜章、临武、彬县、零陵等处暗设机关，并以联络策反各县驻防军、团防军、警备队为策略。是日，李国柱等组成讨袁军，旗书“********民主孙”，布告远近，宣布武装讨袁，占领县城。随后，起义军兵分两路，一路由邬云陛率领，挥戈北进，连克永兴、耒阳两县；另一路由陈广章率领，迅速占领宜章。7月1日，革命党雷瀛等人率警备队响应于桂阳，并南下袭击衡阳。7月26日，陈经校、陈应品等率团防警备队在临武县起兵讨袁，攻克嘉禾，攻打蓝山。自彬县起事，不足一月，讨袁军占7县。袁世凯急令湖南都督汤芗铭、广东都督龙济光、广西都督陆荣廷、江西李纯会剿。讨袁军始则败退于永兴、耒阳之间，继溃于临武、蓝山、嘉禾、郴州之处。义军举事两月，陈经校等死难者逾2000人。
教育部呈准筹办历史博物馆。
6月30日。袁世凯裁撤都督改设将军。为了改变都督掌握一省军政大权的局面，是日，袁世凯下令裁撤各省都督，改设将军。7月18日，袁世凯又公布将军府编制令和将军行署编制令，并于北京特设将军府，安置闲散将军。另外，有督理一省军务的将军，都在该省设行署及参谋机构，并受陆军部和参谋部监察。凡在一省作过都督而被解职来京者，都任命为将军，冠以“威”字，以区别于各省有督理军务之权的“武”字将军，如蔡锷为昭威将军。将军府设上将军和将军，上将军承大总统之命，会议军务，校阅陆海军；或派驻各省，组织将军行署，督理军务。将军府事务由大总统特任上将军一人管理，称为“管理将军府事务”。任上将军职的有“宣武上将军”冯国璋、“镇安上将军”张锡銮、“定武上将军”张勋、“建威上将军”段礼节瑞、“彰武上将军”段芝贵、“振武上将军”龙济光、“昭武上将军”姜桂题等。
本月。桂、粤、赣、湘发生特大洪水。6月10日，广西西江流域连降大雨，漓江、右江、左江水势暴涨，致西江水位高于平时数丈。梧州、浔江、柳州、平乐等道所属38县被淹，为害之重为1844年以来仅见。又本月24日至27日，广东连降大雨，西江水位暴涨，高要、高明、南海、顺德、新会、三水、鹤山、四会等县共邱围，先后溃决。另罗定、西宁、东安三县也同时告灾，灾民达200万，为害之重也是数十年之罕见。同时，江西自五月以来霪雨连旬，南赣诸河与鄱阳湖洪水泛滥，圩堤溃决，南昌、新建、建昌等县被淹。湖南进入6月以来，连日阴雨，湘、资、沅、澧各水暴涨，长沙、宝庆、新化、湘潭、衡山、益阳、道县、江华、祁阳、常宁、平江、攸县、武岗、蓝水、永顺、沅江、湘阴、澧凌等县都被水淹。6月底，北京政府财政部分别赈济粤、桂各五万元，湘、赣各三万元。
白朗由甘肃返回河南。月初，白朗决定率部返回河南故地。4日，白朗军6000余人破秦安、克清水，继而连破袁军宝鸡防线，8日进入陕西。袁世凯闻讯震怒，16日，电责陆建章、张敬尧率万余人在数十里内尚不能截剿残匪，令将失职人员从严参办，白朗军所过商县、豳县、武功等各余县知事被褫职。赵倜率部在山阳竹林关、紫荆关设防，24日白朗军宋老年部在富水关突围，与