针对康有为等的尊孔谬论，以及国会中儒教人宪争论和各省督军尊孔主张，陈独秀于是日出版的《新青年》上发表《驳康有为致总统总理书》，指出历史上孔教为“历代民贼所利用”，而于现实“孔教与帝制，有不可离散之因缘”。以为康有为缺乏近世文明史政治史知识，“君权与教权，以连带之关系，同时削夺，为西洋近代文明史上大书特书之事。信教自由，已为近代政治之定则”，定孔教为国教，不但违反思想自由之原则，而且违反宗教信仰自由之原则。并强调“吾国非宗教国，吾国人非印度犹太人，宗教信仰心，由来薄弱”，故以孑L教救治风俗人心乃力不从心，需要“社会之中枢”“端正其心，廉洁其行”，作为民众的模范。又于11月1日出版的《新青年》上发表《宪法与孔教》，驳斥宪法草案中关于“国民教育，以孔子之道为修身大本”之规定，指出“以何者为教育大本，万国宪法，无此武断专横之规定”，主张“共和国民之教育，其应发挥人权平等之精神”，首先需要输入西洋式社会国家的新信仰，“对于与此新社会新国家新信仰不可相容之孔教，不可不有彻底之觉悟，猛勇之决心；否则不塞不流，不止不行”。再于12月1日出版的《新青年）上发表《孔子之道与现代生活》，从社会进化论的角度，论证任何伦理道德学说，必然随社会生活状态的变迁而变化，孔子所关注的“范围不越少数君主贵族之权利与名誉，于多数国民之幸福无与焉”，“立国于今日民政民权发张之世界”，必须抛弃封建时代之旧道德旧礼教。
陕西省设立讲武堂及模范营。陕西省为加强军事训练及军事教育，于8月19日在西安成立模范营，是日，成立讲武堂。陕西督军陈树藩兼任模范营营长，选派熟军事人员担任讲武堂堂长及模范营营副，并委任各旅旅长兼任名誉营副。
众议院否决外交总长同意案
（10月3日）
唐绍仪辞职后，黎元洪拟任陆征祥为外交总长，咨请众议院同意。是日，众议院以无记名方式举行投票，出席议员388人，以198票反对予以否决。其后，黎元洪提拟任汪大燮为外交总长，17日，再度遭众议院多数票否决。众议院一再行使否决权，与张勋、倪嗣冲诋毁唐绍仪令其知难辞职有关。国会恢复不久即表现出对军人越权干政的不满。
教育部通知各省区广求志书。称京师图书馆之设，为保存典册，必广搜罗，方志之书同重于中外，但该馆所藏各省县图志，寥寥无几，且系百余年前修辑之本。咨请各地方征取最新修刊之志书，未经新修者，取最后修成之本，邮送教育部。
各省督军省长通电定孔教为国教
（10月4日）
张勋、倪嗣冲、姜桂题、王占元、李纯、曹锐、朱家宝、张作霖、孟恩远、毕桂芳、许兰洲、赵倜、田文烈、张怀芝、张树元、张广建、田中玉、潘矩楹、杨善德等13省区督军省长致电黎元洪，请提议于国会，“照旧定孔教为国教，保存郡县学宫及其学田祭田，设奉祭生，行跪拜礼，编入宪法，永不得再议”。
10月5日。俄国政府拨款补助俄皇家地理学会组织蒙古探险队，是日，该队由彼得堡出发。
黎元洪通令改良赋税
（10月7日）
令称：军兴以来，农辍于野，商困于市，流离板荡，惨不忍闻，而担负重于邱山，捐输析于毛发，著财政部商同地方官吏，对地方苛细杂捐，分别查明，呈请减免。并督饬经征官吏，切实改良征收方式，严杜中饱。
10月8日。上海地方自治研究会成立，以李右之为会长。
法国在沪招募华工600名，是日乘法公司巴尔勒加邮船离沪。
黎元洪于国庆日前授勋
（10月9日）
特授孙中山大勋位；授蔡锷、唐继尧、陆荣廷、梁启超、黄兴、岑春煊勋二位；授段祺瑞、王士珍、冯国璋一等大绶宝光嘉禾章；授唐绍仪、马安良、曹锟、朱家宝、张作霖、阎锡山、陆荣廷、唐继尧、杨增新、姜桂题、蒋雁行、札噶尔那逊阿尔古呼一等大绶嘉禾章。并授德国公使辛慈、俄国公使库达摄福、日本公使林权助一等大绶嘉禾章。同时，黎元洪令抚恤民国五年以来死难将士，称“兹值国庆，宜慰忠魂”。并令优恤海珠会议受难诸人。10日，又特授世续勋一位。1917年1月16日，孙中山在上海寓所接受大勋位，由黎元洪代表陆军中将高佐国前往主持大勋位授予式，观礼者有居正、杨树堪、廖仲恺、朱执信、邓铿等10余人。孙中山临时感言：“文素不自伐其功叙，此次总统叙勋，乃予以大勋位，文不敢遽辞，亦不敢遽受，何则？共和政府，孰先创之？袁氏帝制，孰先讨之？世所指为有功者而文则始终赖华侨有志之士，毁家倾产，以为之助。若曰无功，是以一人之谦让而没之也。”
司法部通令整饬司法风气。称“司法官审判民刑诉讼，为人民生命财产之所托”本应精心听断，但却“往往酒食徵逐，宾主献酬，甚或荡检逾闲，不顾风纪。社交之途既广，审判之弊随之”。为保司法官威严起