日驻俄大使本野一郎与俄外交大臣沙查诺夫在圣彼得堡签订第三次协定和第四次密约。协定共两条：（一）两国相互保证将不加入对抗俄国（或日本国）之任何措置或政治联合；（二）缔约国一方在远东的领土权利或特殊利益，如另一缔约国所承认者，若发生危害时，两国将协商办法，相互协作或合作，以保卫彼此的权利与利益。双方签订密约六条，认为“意义更为重要”，主要内容为：两国相互承认双方重要利益须中国不落在任何第三国之政治势力之下，如遇第三国危及两国任何一方在中国之“重要利益”时，双方须开诚交换意见，并协定办法，以阻止此种情势之发生；缔约国之一须与上条所指之第三国宣战时，则另一缔约国一经请求，即须援助，且不得单独媾和。密约自签字之日起发生效力，直至1921年7月14日。与前三项日俄密约相比，此项密约将双方重要利益范围，由东三省及内外蒙古扩展到整个中国。
居正、吴大洲各派代表至济南与张怀芝议决停战
（7月4日）
山东将军张怀芝奉袁世凯之命督理山东军务后.率军进攻革命军。黎元洪继任大总统后，山东战事未息，张怀芝屡违停战令。6月12日，中华革命军东北军总司令居正电责张怀芝违令作战，称张部“进袭临朐，复窥安丘，显与黎大总统静待大局解决之电不符”，要求其“退驻原防，毋启战端”。15日，居正电又请黎元洪严电约束张怀芝部，称张“违命作乱，掠我临朐，继陷安丘，屠戮二百余人”。17日，居正再电济南张怀芝，请归还临朐、安丘，以维大局。21日，张怀芝部炮袭诸城，居正再电责张置停战令于不顾。27日，居正致电张怀芝，诘责所部劫掠昌乐，请“严行查办”。7月3日，居正电责张怀芝所部在临朐肆行抢劫，杀戮无辜。经北京政府电令，孙中山电劝息兵，山东士绅居间调停，是日，双方议决停战条件：（一）双方军队确守会议前原驻地点，不相侵越；（二）护国军急需军饷，先由张商同绅商学各界担任，每月补助银元三万元；（三）会议后假冒名义妨害治安者，双方均认为是土匪，尽力剿捕。居正再电张怀芝，请“复地移师，以去争端”。同时，居正下令将原临时部队整编训练，使成劲旅，以为国用，将第一支队及第五、六支队合编为东北军第一师，5日又令第三支队改编为东北军第二师，11日任命吕子人为第二师师长，13日任命朱霁青为第一师师长。10日，居正电请黎元洪饬张怀芝“返地退师”，并将奉令停止军事行动后，各地迭遭张部侵袭，以及地方糜烂情况电达孙中山、黄兴、唐绍仪，以俟公论。称“中央之法令不行，国宪议会难免危险”，“欲以武力保证和平”。居正屡电中央，要求约束张怀芝部，未获结果，而张反以国务院电令明示居正，内有“居、吴等迭次反复，立予剿除”等语。14日，居正再电黎元洪，表明心志。31日，居正自潍县赴北京商洽善后事宜，赴京后总司令由许崇智代理，并以蒋介石为参谋长。8月4日，孙中山再电居正收缩军事，并告戒“偕日人赴京有碍，切勿偕行”。5日，居正、吴大洲至济南与张怀芝代表商定，中华革命军东北军与山东护国军接受政府改编。9日，国务院委任陆军中将曲同丰赴山东办理军事善后。26日，周村民军步兵两团因解散造成军中不稳，吴大洲将两团长杀毙，试图用武力强迫解散引起哗变，双方在周村发生激战，被解散之军队战败，携械遁逃。31日，孙中山致函中华革命军东北军陈中孚、朱霁青等人，指示鲁军应当遵照通告，和平解决，尤应服从居正主张，急办收束，不得固执己见。9月1日，山东督军、省长派遣代表与居正、吴大洲等人，及省议会正副议长、当地士绅在济南商埠会商善后，达成结束山东军事协议，东北军、民军改编，由会办军务曲同丰协同督军、省长等赴潍县、周村点验，点验完毕之日照陆军定章起饷。山东讨袁战事至此结束。中华革命军东北军在山东潍县、高密、昌乐等县部队，先后编遣就绪。12月14日，居正通告取消东北军名义。但吴大洲为张怀芝所忌，怂恿段祺瑞借总统电召诱吴人京，旋以被人告发，1917年1月28日将吴逮捕，5月26日判处无期徒刑。2月16日，山东潍县民军王贯忱团被张怀芝缴械，王被捕，所部2000余人于19日遣散回籍。
汤芗铭离开长沙。在陆荣廷桂军和湘军程潜部的夹击下，是日晚，湖南都督汤芗铭退出长沙，转至岳州。经省议会决定，由湖南第一军总司令曾继梧代理都督。6日，程潜率军进入长沙，因程、曾互争都督，7日又改举与湘桂军均有关系的地方绅士刘人熙代理都督。16日，黎元洪特任刘人熙代理湖南督军。
京师警察厅停止检查邮件
（7月5日）
京师警察厅总监吴炳湘详报内务部，称自1914年12月办理检查邮局信件，曾派员驻北京一等邮局，逐日检查。现在已无检查之必要，故自停止检查，撤回检查员。
7月6日黎元洪下令废止一批袁记法令及划一各省军民长官职称
命令以《颁爵条例》、《惩办****条例》、《