杜钦辞官以后，发生了日蚀、地震等灾变现象，有诏察举贤良方正能够直言之士。合阳侯梁放荐举了杜钦，杜钦就上疏论事，把灾异与后官联系起来，希望引起汉成帝的警戒，可惜该书上奏，就没了下文，这年夏天，汉成帝又召集直言之士到白虎殿对策，杜钦又广征博引，发表了比较严密的论证，但此事仍然不了了之。最后，杜钦还因为以前兄长之子的过失，被赐帛免职。后来虽担任议郎，但又因病去官。
后来，杜钦被征至大将军王凤的幕府，有关国家的大政谋划，王凤经常与他一起计议。杜钦还数次称扬、举荐名士，如王骏、韦安世、王延世等人，解救冯野王、王尊、胡常等人的罪过，以及继续功臣将要断绝的祭祀，安抚四夷，可以说当时的很多善政，大多出于杜钦的意见。杜钦看到王凤专政过重，就引用周公、穰侯以及武安侯田蚧之事，委婉地加以警戒。他说周公有圣人的品德，又是成王的亲叔父，而成王乃是有道明君，不信谗言，但是当管叔、蔡叔中伤他时，他都十分恐惧；穰侯魏冉是秦昭王的舅舅，权倾朝野、威震邻国，却被出身平民的范睢击败，回到封地；田蚴想要扩大自己的宅园，汉武帝一怒把他斥退。不久，又出现日蚀，京兆尹王章上封事求见，果然进言王凤专权蔽主的罪过，认为应该废除他的官职，以应上天的灾变。于是汉成帝感悟，召见王章，与他一起商议，意欲罢黜王凤。王凤甚感忧虑、畏惧，杜钦就让王风上疏谢罪，请求辞官，疏中表达的感情非常悲伤。太后看到，为之涕泣，不吃饭。当时汉成帝年少，亲近依靠王凤，亦不忍废黜他，就叫他放心任职。王凤心里惭愧，声称病重，意欲乘机引退。杜钦又引用古人之事劝说，使王凤起来办公。
汉成帝让尚书弹劾京兆尹王章，王章就死在狱中。王章死后，众人都为他感到冤枉，并在朝廷上议论纷纷。杜钦就进言王凤，建议对众人说明王章所犯的实际罪行，以表明他并非言事获罪，王凤欣然采纳。
杜钦就是这样“补过将美”的。其后，杜钦优游不仕，以寿终，他的儿子及昆弟支属官至俸禄二千石的有十多个人。