中囚犯放出来，又派人去召集驻扎在长水及宣曲的胡人骑兵，不料被侍郎马通截住．马通把骑兵带到长安，又召集水师中划船的水手，供皇帝调用。太子手下的人用红色符节为标志，而朝廷临时征集的士卒则在红色符号上另加黄旄标志以相区别。
太子刘据想调动长安城的北军，他驾车来到北军，召见护北军使者任安，出示了符节，命令任安发兵。任安敬礼接受符节，转向回去后却闭门不出。太子只好离开北军，把城中四市的百姓轰出来壮大队伍，集中了几万乌合之众，开到长乐富西边，同丞相带领的兵卒遭遇。双方大战了五日，死伤有几万人，大街上血流成河。城中百姓都说“太子造反”了，因此跟从他的人越来越少，而跟随丞相的兵众却越来越多。
太子刘据兵败后，直奔长安城南覆盎城门，想逃出城外。丞相属官田仁负责守卫城门，士卒来报告：“太子要出城门。”田仁想到太子和皇帝到底是亲骨肉，不想眼看他走投无路，就让士卒把紧闭的城门开了一条缝，太子赶快逃了出去。丞相刘屈麓得知此事大怒，要杀田仁。御史大夫暴胜之对丞相说：“田仁是二千石官员，不能由你一句话就定罪杀头，要先报告皇帝。”武帝闻知后大发雷霆，让属吏带话严词谴责暴胜之：“田仁胆敢把造反的人放跑了，丞相要将他斩首，正合法律；你作为御史大夫，为何擅自阻止他！”暴胜之见皇帝问罪，害怕至极自杀了。武帝又命令宗正刘长拿着符策前去收缴卫皇后的印绶，卫皇后当即自杀。武帝又对任安问罪，说他在紧急时刻不攻打太子，反而紧闭城门不出，是脚踩两只船，想坐观成败后投机，也犯了死罪，同田仁一起处以腰斩。武帝认为马通临机应变，集合军队同太子对抗，封他为重合侯。凡是太子的宾客进过宫门的，全都处死；跟随太子发动兵变的，灭全族；被太子胁迫加入造反队伍的，一律充军敦煌。因太子已逃出城外，武帝命令长安各城门严密把守，实行戒严。
此时武帝盛怒未减，群臣人人恐惧。“壶关三老”令狐茂来到建章官向武帝上书，说：“江充是奸诈小人，是他陷害太子，人人皆知。太子在危急之中见不到皇帝，无法辩明，因愤恨惶急杀了江充，又因害怕而出逃，太子盗用皇父的军队是他错了，但我看他没有邪心。现在的情况是人人不敢对陛下说出这番真话。我看陛下不要再追究，请解除戒严，别让太子长期逃亡在外了。”武帝看了这位老者劝告的奏章，心中醒悟过来，却又一下子难以改口，没能立即宣布赦免太子。
且说太子逃亡，向东到了湖县，藏匿在一个小巷的穷人家中。这家人很贫苦，对待太子却很好，靠卖鞋供他吃饭。太子原来有个熟人住在湖县，听说此人很有钱，便派人去找他。这下太子的踪迹便暴露了，立即有官兵前来围捕。太子明白这下再也跑不掉，进屋上吊死了。这家主人跟官兵搏斗被杀，太子的两个儿子也遇害。武帝得知事情经过，心中为太子的冤死而伤心，但事已至此，无可挽回，只好将当时为太子解下尸体的县令封为邗侯，表示对太子的怜悯之情。
长安的这场兵战，以死亡数万人，逼死皇后、太子而结束了。但是太子死后，武帝越想越恨江充，要追究他的同党，斩尽杀绝。谁知截住太子兵符的马通和他的哥哥马罗，正是江充的同党，到了这时更怕查究出来。马罗当时任侍中仆射，是宫中侍候皇帝日常起居的一个小官，只不过资格老一点罢了，他可以出入皇宫，便与兄弟二人阴谋作乱。负责宫中守卫的金日是武帝的近臣，连日观察到马罗神色可疑，就暗中提防他。有一天，武帝到林光宫小住，金日随同前往，当时因为有点小病，武帝就在殿中休息。马罗兄弟以为时机来到，假称皇帝命令，半夜出官，集合了一队士卒。天蒙蒙亮，武帝还未睡醒，马罗已经进宫。金日碑正闹肚子，在厕所里，突然他心里一阵紧跳，预感皇上要出事了，便从厕所出来，坐在窗下观察动静。正好马罗袖里藏着匕首，从东厢房进入，突然见金日碑坐在那里，大惊失色。他想快步跑进武帝卧室，不料慌张中撞到一件大乐器上，跌倒在地上。金日碑赶忙冲过去一把抱住他，大喊：“马罗造反了！”武帝闻声惊醒，出来看发生什么事。这时武帝的卫士要拿剑刺马罗，武帝怕伤了金日，忙叫卫士停手。金日碑从地上爬起来，抱起马罗一下子将他扔到殿下，卫士将他五花大绑押走了。武帝派人穷追马罗兄弟及同伙，统统治罪。这是巫蛊之祸的余波，武帝差一点丧了命。
还有一件事件发生在昭帝继位第五年，当时有个外地人姓成，住在湖县，以占卜为业。有个以前当过卫太子属官的人跟他学占卜，对他说：“您长得像卫太子。”姓成的一听，觉得可借此撞骗一番。因为当时传说卫太子还流落民间，并没有死。有一天，这个姓成的坐着牛车来长安城北阙，上书自称卫太子回来了！此事立即轰动宫内外。朝廷命令所有公卿将军两千人前去分辨究竟，长安吏民围观者数万人。右将军带兵守卫皇宫，以防发生大乱。丞相和御史呆立街头，不知如何处置。当时的京兆尹隽不疑是个颇有主见的官员，他稍后一步赶到，立即命令手下人将此人绑起来。有人劝阻隽不疑说，