被废为庶人，其他人等免官的免官、伏诛的伏诛。有讽刺意味的是，侯君集暴露身份却是由于自己女婿贺兰楚石的告密。唐太宗亲审侯君集，对侯君集说：“我不想让刀笔吏在你的身后评价中羞辱你，因此才亲自审你，你就招了吧。”侯君集嘴硬，就是不承认自己参与了太子谋反事件。唐太宗长叹一声，把贺兰楚石召来。他一五一十，前因后果，像说书一样重新讲了一遍，又拿出侯君集和李承乾的来往书信，侯君集这才理屈词穷，低头认罪。唐太宗装模作样地询问大臣：“君集有功于国家，我想饶了他的死罪，大家以为如何？”群臣力谏大逆不道之罪不可饶恕，唐太宗顺水推舟，对侯君集说：“永别了朋友！唉，以后当我想你的时候，只能爬上凌烟阁去看你的画像了！”说完流下了猫哭老鼠的泪水。
临刑前侯君集还表演了一把英雄气概。侯君集颜色不变，做出一副视死如归的样子，对监刑将军说：“我哪里是真的想谋反啊，只不过人生蹉跎才走到了这一步。麻烦你转告皇上，念在我是他的老臣，又为大唐占领了两个国家份上，请保全我的一个儿子，在我死后，还能有人给我上上坟。”临终遗言如此凄凉，唐太宗于是免了侯君集妻子和儿子的死罪，改为流放岭南，让他们在那个令人闻之色变的瘴疠之地给侯君集上坟去了。
侯君集谋反事件最后的尾声是，李世民和李道宗击掌相庆，说：“果如卿言！”
【点评】
唐朝是一个很奇怪的朝代，在这个号称“盛唐”的朝代里，政变、谋反事件层出不穷，李世民本人就是通过血腥的“玄武门之变”才上的台。因此我很怀疑侯君集谋反事件其实是唐太宗进行政治清洗的借口，比如那个密告侯君集谋反的张亮，在侯君集死后三年，也是以同样的“谋反”罪名被杀。虽然凌烟阁二十四功臣中病故的居多，但是也不乏因“谋反”身死的：长孙无忌，张亮，侯君集。李靖也屡次被诬谋反，只好主动退休，闭门不出；李孝恭和尉迟敬德都是早早就主动退出了权力中心。
侯君集是一个莽汉，行伍起家，不学无术，很晚才开始读书学习。传说他每天不吃饭，专门养了两个美人，以人乳为食。这样一个莽汉，如果对朝廷有怨气，真敢凭着血气之勇拍案而起造反。但是莽汉成大事不足，看看侯君集在李承乾集团里的表现就知道了，而且最后居然被自己的女婿出卖！“有勇无谋”这句话，说的不正是侯君集吗？因此，侯君集的罪名不应该叫“谋反”，因为他无“谋”，只能叫“造反”。