君集就这样不费吹灰之力就平定了高昌。高昌立国134年，最终亡在了侯君集手中。
战事之初，还出现了一段有趣的小插曲。麴文泰听到城中有民谣唱道：“高昌兵马如霜雪，汉家兵马如日月。日月照霜雪，回首自消灭。”认为这是动摇军心，灭自己的威风，长敌人的志气，遍搜城中，想找到始作俑者，却无果而终。可见高昌百姓对大唐军事力量的敬畏。
侯君集立下这等大功，按说应该踌躇满志地回朝领赏去了，可是，此人却有一项癖好，当然也就成了他的命门所在，那就是贪财。贪财是中国历史上当官的共性，倒也不是什么大不了的事情，偏偏侯君集是一位带兵的大将，前线的第一把手，他要指望着手下的兵丁们为他卖命，为他“一将功成万骨枯”呢。结果攻破高昌城之后，侯君集犯了贪财的瘾，不仅把没有罪的人发配，旨在夺取对方的财物，而且私藏这些财物，藏在自己的小金库里，不向国库缴纳。上梁不正下梁歪，手下的军官和兵丁们一看主帅起了模范带头作用，谁不爱财啊，于是人人争相向主帅学习，竟至于在高昌城内大肆盗窃！这就无视朝廷的王法了。侯君集唯恐自己的行为暴露，也不敢对手下恶劣的盗窃行径制裁。
班师还朝之后，高昌城内的罪恶终究没有逃过监察部门的眼睛，侯君集作为首犯，被打人大牢，等待进一步的审判。幸好，这时有一位中书侍郎上疏，力陈功臣大将不可轻加屈辱，唐太宗于是顺水推舟，将侯君集无罪开释，但是也没有因为这场大功封赏。侯君集心中快怏不乐，埋下了以后故事的伏笔。
贞观十七年（643年）是决定侯君集命运的一年。这一年刚开年，侯君集的怨气就淋漓尽致地表现出来了。事情起因于太子詹事张亮出朝担任洛州都督，作为早年同在李世民幕府的老朋友，侯君集故意激怒张亮说：“咦，你怎么被排挤走了？”张亮大怒，气愤地回答道：“我就是被您老排挤走的，却向谁诉冤去！”侯君集闹了个大红脸，脸红脖子粗地说：“我平了高昌国，回来还触怒了天子，怎么还能排挤您呢！”越想越生气，越说越生气，捋胳膊卷袖子地赌咒发誓：“活得这么窝窝囊囊，哪里还像个男人，哥们儿，干脆反了吧！”没想到张亮这个老朋友扭头就把这番话跟唐太宗李世民原原本本地说了。李世民对张亮说：“你和侯君集都是朕的功臣，这话是你俩私下里单独说的，又没有第三者在场作证，如果审问他，他肯定抵赖，到时怎么办？算了算了，这事权当没有发生过吧。”于是息事宁人。不仅如此，在这一年的二月，唐太宗让御用画家阎立本在凌烟阁为二十四位打天下的功臣画像，御用书法家褚遂良题字，仍然把侯君集画了上去，排名第十七，张亮排名第十六。这就是著名的凌烟阁功臣，成为后世臣子们念念不忘、艳羡不已的排行榜。
有趣的是，不光是张亮一个人密告侯君集谋反，李靖和江夏王李道宗也都预言过侯君集必反，从而使侯君集事件成为一桩事先张扬的谋反事件。
唐太宗曾经命李靖向侯君集传授兵法，侯君集神秘地跑来向唐太宗告状说：“李靖总有一天会造反！”唐太宗问为什么，侯君集回答道：“李靖传授给我的兵法都是粗浅的入门知识，他藏私把精华都藏起来了，这不就是想造反吗？”唐太宗转头去问李靖，李靖回答道：“这是侯君集自己想谋反！如今天下安定，我传授给他的兵法已经足以制约四夷，他干吗还不知足，非要穷尽我的兵法？这不就是想造反吗？”
李靖还有特异功能。有一段时间，李靖和侯君集同在尚书省做官，李靖是右仆射，侯君集是兵部尚书。有一次两个人一块儿回尚书省，侯君集骑着马，过了大门好几步才发现已经进门了，李靖后来就偷偷跟别人说：“侯君集天天心不在焉的，难道他怀有异志吗？”
江夏王李道宗也曾经告诉唐太宗：“侯君集志大才疏，又自负微功，不甘心居于李靖和房玄龄之下，虽然做了吏部尚书，他的胃口可大着呢，远远没有餍足。臣察其言观其行，日后必定会作乱。”唐太宗安慰他说：“君集的本事我还不明白？不是我吝啬官位，大唐帝国的官场精髓是论资排辈，他还没有轮到呢，急什么？不过你也别瞎猜，你们都是跟随朕打天下的功臣，这对他不公平。”
决定性的时刻终于来临了，事情的起因是侯君集卷入了皇位争夺战。太子李承乾虽然早已被立为太子，但是出于自身的修养和旁人的觊觎，地位并不稳固，于是暗中建立了一个阴谋小团体，打算在合适的时候起兵谋反。侯君集时任吏部尚书，他的女婿贺兰楚石在太子的东宫中担任千牛卫的官职，李承乾得知侯君集时有怨言，就通过贺兰楚石结交上了侯君集。两人一拍即合，侯君集举起双手向太子表忠心：“这双好手当为殿下用之。”但是密谋者的心理承受能力毕竟脆弱，侯君集就常常在夜间惊醒，出一身冷汗。妻子看在眼里，劝他道：“你是国家的重臣，是不是做了什么亏心事？如果真的做了，我劝你赶快去自首，或许还能保住项上人头和咱们的家产。”侯君集哪里肯从？
结果，******还没有来得及发兵起事就泄密了，李承乾