贡·马卡尔家族史》的计划，以第二帝国为背景，描述一个家族的两个分支在遗传法则支配下的盛衰兴亡史。这套书包括二十卷长篇小说。第一卷《鲁贡家族的家运》出版于1871年，最后一卷《巴斯卡医师》出版于1893年。在这二十多年里，法国社会政治发生了巨大的变化：第二帝国崩溃，巴黎公社革命爆发，第三共和国反动统治加强。在无产阶级和资产阶级激烈斗争的现实面前，左拉虽然也在作品中写到劳资对立和劳动人民的苦难，但他把工人的贫困归咎于遗传、酗酒，从而掩盖了阶级压迫的事实。
《萌芽》（1885年）是左拉的代表作。小说以煤矿工人罢工为背景，描写了矿工的悲惨生活，但是严重地歪曲了他们的罢工斗争。
书巾叙述蒙苏煤矿公司由于经济危机爆发，工人失业的现象日趋严重。一个失业的机器丁人艾蒂安找不到工作。恰好一名推煤车的女工死了，他就顶替了空缺。公司方面为了克扣工资，在挖煤工人和推煤车的工人之间挑起事端，分裂丁人队伍。
随着经济危机的尖锐化，剥削也愈来愈重。一方面降低工资，另一方面又增加罚金。面对资方的这种进攻，在艾蒂安组织之下的罢工开始了，接着发生了群众性的暴动。公司方面始而用饥饿来迫使TA让步，继而出动军警，实行********，最后使用阴谋分化手段，使罢工运动遭到失败。为了面包，工人们不得不重新回到矿井里去工作，其中也包括艾蒂安。可是在复工的第一天，矿井里发生一场惨祸。一个相信无政府主义的工人苏瓦林，因为和艾蒂安争夺领导权，暗中破坏矿井的排水设备，使整个矿井都被大水淹没。当时艾蒂安也在矿井底下，被救出以后，他觉得在这儿再也待不下去，于是离开矿区，到巴黎参加革命去了。
《萌芽》中除艾蒂安以外，还描写了其他工人的贫困生活、不幸遭遇以及他们的反抗和斗争。小说写到矿工的艰苦的劳动过程，反映了资本主义剥削制度下劳动的残酷性。挖煤工人在温度很高的矿井底下闷得透不过气来，脚下满是泥水，必须跪着、爬着或仰卧着干活，时时刻刻有被活活压死的危险。但左拉所塑造的工人形象，不管是其中的主人公还是普通工人群众，都很粗鲁、愚昧、野蛮，行事全凭一种动物式的本能。甚至他们的斗争也带着很大的盲目性，他们只有疯狂破坏一切的本能冲动，是一群为饥饿所激怒起来的乌合之众。罢工斗争的组织者艾蒂安是个人主义英雄，他把自己看成“真理的守护人”。不是群众斗争鼓舞着艾蒂安，而是艾蒂安以救世主的姿态在群众中传播模模糊糊的“真理”。随着他的威信的提高，他的虚荣心和领袖欲也逐渐滋长起来。罢工斗争失败以后，他表现得非常软弱，流露出感伤的心情，自己感到困倦，觉得群众也困倦。他号召工人团结起来安安静静地建立工会，幻想通过工会的合法运动（经济斗争），就可以使政权从资产阶级手中转移到无产阶级手中。艾蒂安不是一个真正的工人阶级的领导者，他充分体现了左拉的小资产阶级改良主义的观点。
《崩溃》（1892年）反映了普法战争、第二帝国的崩溃和巴黎公社革命等历史事件。在这部小说里，左拉指出第二帝国的崩溃是由于政治军事统治集团的腐败无能和自私自利；他一方面谴责法国民族的叛徒，另一方面又揭露普鲁士军国主义。但是在巴黎公社的问题上，左拉暴露了他的严重的阶级局限性，他把公社革命看成民族自相残杀，认为它给法国民族带来了巨大的灾难、
写完《鲁贡·马卡尔家族史》以后，左拉叉着手写另一套长篇小说三大大名城》（1894年-1898年）。1898年，左拉参加了由德莱福斯事件所触发的反政府的民主运动，写了《我控诉！》一文，谴责政府违反法纪，蹂躏人权，引起反动势力对他的迫害，因而出走英国。流亡期间，他着手写《四福音书》《繁殖》），1899年；《劳动》，1901年；《真理》1903年；《正义》歌颂人的生存和繁一殖的本能。这种对天性和本能的歌颂是他的自然主义观点的表现。和雨果一样，左拉也是把知识和教育看作改良社会、造福人类的唯一途径。在《劳动》一书中，他更提倡要建立“劳动、才能与资本和平联合的乌托邦”，宣扬阶级合作，调和阶级矛盾。
莫泊桑