但处死潘恩，还有一个法理上的麻烦，就是潘恩的国籍。潘恩这个世界公民、国际主义者，当时拥有三个国籍：英国是他的原籍，法国曾授予他荣誉国籍，而他在美国还有一个国籍。如果确认他的英国籍，他可能被当成侨敌处死；如果确认他的法国籍，他可以被当成政敌处死。而只要能证明潘恩的美国籍，他就能死里逃生。
潘恩作为美国革命的思想之父，为美国革命献出了全部才智，全部热情。他要求美国人凭恃一个正直人的起码良心站出来，以举手之劳救他一命。相比于他为美国所做的贡献来说，这点回报真是太微不足道了。但当潘恩请他的美国朋友帮忙，出示他美国国籍的证据时，不仅他当年的政敌拍手叫好，幸灾乐祸，连他的朋友也见死不救。其中最让潘恩寒心的是，他当年跟随着一道南征北战出生入死的战友华盛顿，也视若无睹。那时华盛顿为了避免与英国的战争以挽救初创的美国，正暗中与英国商谈杰伊条约，不想因为潘恩在此关键时刻开罪英国。于是华盛顿袖手旁观，故作沉默。这时的潘思真成了“法外之人”：美国曾授予他国籍，拒绝证明；英国取消了他的国籍，却巴不得他是个英国人而被处死；法国仅授予过荣誉国籍，却正好借此罗织罪名。他参加过或鼓动过三个国家的革命，却被三个国家同时抛弃。
潘恩就这样被革命背叛了，确切地说是被三个革命发祥地抛弃了。虽然他对革命依然无怨无悔，甚至对雅各宾人也不以为意，但他终生没有原谅华盛顿。华盛顿死后，有人要为他塑像，潘恩给负责塑像的艺术家写信，信中说：
“把最冷最硬的石头采出矿坑，无须加工——他就是华盛顿。你若雕琢，可留下粗陋的刀痕，在他心窝镌刻——忘恩负义。”
胸口被捅了一刀的潘恩，就这样又被革命战友投入监狱。当三个国家的革命者同时抛弃潘恩的时候，潘恩没有怨天尤人地指责革命，反而重新埋头开始发动他一个人的革命——这是任何狂热的革命者都难以想象的。他把反思的目光转向了更深入的领域，开始着手写作《理性时代》一书。那是一本关于宗教问题的著作，里面的一些激进观点过于超前，以至于让潘恩后来的余生吃尽苦头。在这条孤独的革命之路上，他没有战友、没有同志，更没有鲜花和掌声，相反却引来无穷的挖苦和讥笑——当时的美国公使莫里斯在给国务卿杰斐逊的信中这样揶揄潘恩：
“他在狱中以著书反对耶稣自娱。我倾向于认为，他在狱中如果安分守己，或许能有幸被人遗忘。他若引人过多注意，那把早就悬在他头上的利斧就会落下来了。”
在狱中，他历尽磨难，九死一生。由于革命风潮中意外的奇缘，他才逃脱了断头台。在美国总统莫里斯的继任者门罗的四处奔走营救下，潘恩才被释放出来。而那个时候，曾经嫌杀人的斧头不够锋利的罗伯斯庇尔也已经上了断头台。
他成了祖国的弃儿
1801年，杰弗逊就任美国总统。杰弗逊是潘恩的好友，与他的政治主张也较为接近。潘恩觉得自己也许还可以在杰弗逊的帮助下有所作为，于是动了迁居美国的年头。次年9月，杰弗逊总统邀请他前往美国。
阔别多年，九死一生，在经历了欧洲大陆革命的辉煌与失败之后，潘恩又一次踏上了美洲大陆，踏上了这块他曾经为之忘我战斗的精神故乡。但从他登陆那天起，他就发现回来得不是时候。他正碰在美国革命后宗教复兴的势头上，他那本《理性时代》给他带来了严重后果。美国人集体反对他的到来，说他是个“无神论者”，人们恳求他不要再扰乱人心。邀请他回国的杰弗逊此时正为竞选总统而苦苦挣扎，为了避嫌也不得不开始回避潘恩，甚至拒绝他在政府中担任公职的请求。
潘恩的第二场美国梦被打得粉碎。他又一次成了政治利益的牺牲品。一个社会自发地群起反对他。从前都只是政客造谣中伤潘恩，只有这一次，政客顺应了民意，要将潘恩置于死地。
转眼之间，潘恩成了过街老鼠，在美国便陷入众叛亲离的境地。
人们恨不得立马把这位“瘟神”从美国土地上赶走。邻居们围攻他，他下榻的旅馆一入夜就遭到四周嘘声。他遭到各种骚扰，甚至连马车夫也拒载他，他不得不徒步行走，可来往的车辆又故意溅他一身臭泥。人们拼命想从他的私生活中抓到把柄，他们不相信这个鳏夫能耐住长夜寂寞，于是造谣说他和女房东有染。在他临死前几年，某地方官取消了他的选举权，理由是他是个外国人。这其实就意味着他有生之年第三次被剥夺了国籍。
朱学勤教授在《两个世界的英雄——托马斯·潘恩》一文中详尽描述了潘恩的遭遇。在生命的最后日子里，孤独的潘恩成了千夫所指。教士们以潘恩的遭遇作样本，来警告那些信徒对教会要俯首听命。孩子淘气的时候，家长也用潘恩来吓唬小孩使之就范，一句“撒旦和潘恩来了”这样的恫吓，比一顿臭揍还要有效。1804年的圣诞夜，有人为了给被潘恩羞辱的耶稣出气，向潘恩开枪射击，枪口距离潘恩不足十英尺。临死之前，潘恩的头发像鸟的羽毛一样蓬乱，却没