。有时我不禁自问，我比一个难民究竟好多少？最可悲的是，我这个难民曾为这个国家竭忠尽智，却得不到一丝好报。”
经他抗议，国会才同意给他一笔补贴，又经过两年多反复辩论，国会才确定补贴金额为3000美元，使他得以勉强维持生计。
潘恩这样的天才不会轻易倒下，命运还会给他机会。
从座上宾到阶下囚
不久，法国爆发了革命。法国革命者也像1776年初的北美革命一样，不知道将要走向哪里，一度陷入迷茫之中。潘恩再次出山，大显身手，写出了重要著作《人权论》。他冲破了当时笼罩于整个西方先进思想界对英国君主立宪政体的迷信，站在比任何同时代人都高的制高点上，扫除了法国革命同志的疑虑，给当时还处于摸索状态的法国革命指明了共和主义的崭新方向。
《人权论》一如当年的《常识》，一经出版便风靡天下。在法国，它成了革命的号角。罗伯斯庇尔在自己的刊物上全文转载《人权论》，并盛赞潘恩是“人类权力最雄辩的辩护者”。紧接着，法国议会授予潘恩荣誉国籍，法国四个郡相继推举潘恩为国民代表。潘恩被认为是“人民之友”，连拿破仑也盛赞他为“一把共和国的火炬，一切传奇中最伟大的人物”。1797年秋天，潘恩出狱后，拿破仑专程来访并告诉潘恩：在他的枕下总有一本潘恩写的《人权论》，每晚睡前他必读。拿破仑专门宴请潘恩，席间他说：“世界上每一座城市都应为潘恩树立起一座金质雕像”。
但在潘恩的祖国英国，却完全是一派相反的气氛。《人权论》及其影响激怒了庇特内阁。他们不允许数百年政治体制和历史传统受到一个来自底层社会的思想家公然挑战，庇特说：“若放纵潘恩的主张，我们必将有一场流血的革命”。1792年6月8日，英国政府指控潘恩犯有煽动叛乱罪。不久，英伦三岛出现官方煽起的反潘恩狂潮，街上开始烧毁潘恩的模拟像，潘恩又一次被民主政治的阴谋击中。
9月13日，潘恩在友人的劝说和帮助下，连夜流亡法国。当时的形势十分危急，如果潘恩晚20分钟通过海关，就可能被警方抓捕，最终落得托马斯·莫尔（英国的空想社会主义者，《乌托邦》的作者，因反对英王亨利八世而被处死）的下场，囚死在伦敦塔中。
初到法国时，潘恩受到了法国人民的热情拥戴。9月13日，当潘恩乘坐的邮船进入法国加莱港口时，军舰上礼炮齐鸣，沿岸爆发一片欢呼声。当他踏上法国土地时，士兵夹道欢迎，淑女上前献词，官员和他拥抱，市民则冒雨迎立在街道两侧，高呼“潘恩万岁！”9月19日，潘恩抵达巴黎。20日晚，进入法国议会。所到之处，那种法国式的亲吻和拥抱总是如潮涌来，把这个年过半百的老人弄得疲惫不堪。10月11日，国民公会选举组成起草新宪法的九人小组，潘恩得票第二，光荣入选。从此，他卷入了法国大革命的风暴中心。
可是后来发生的事情，远为潘恩所始料不及。法国革命阵营各怀心事党同伐异，几乎在任何问题上都针锋相对。法国革命力量迅速分化成两派，一派是吉伦特党，由一些体面的理性的革命家组成，颇富教养，政治主张相对来讲更为温和稳健；一派是雅各宾党，是一些狂热的充满激情的革命家，把革命当成以暴力手段改天换地的舞台，政治立场更加激进。最后，吉伦特党最终全军覆没，雅各宾党领袖罗伯斯庇尔独揽大权，革命彻底变成一场血腥运动。
潘恩是位人道主义者，在政治理想上较为激进，在********中却较为温和。他的感情与无休止的暴力格格不入。在是否处死国王的争论中，他站在吉伦特党一边，反对处死国王。但这个选择却让他第二次面临生命威胁，而且比从前那次危机更加严峻，那次他侥幸脱身，这次却锒铛入狱。
雅各宾党人的字典中没有宽容二字，罗伯斯庇尔翻脸远比翻书来得更快。恐怖统治时代的雅各宾党人，骨子里就像宗教法庭时代的天主教徒一样虔诚，他们残暴的激情也同样惊人。法国大革命的血腥指导思想，认为群众对“压迫者”和“革命的敌人”实行政治上的极刑是神圣的权利。那时在这一派人中流传的口号是：“要么是我的兄弟，要么就去死”。
当罗伯斯庇尔发现这个先前坚定的革命战友，竟然是一个拖泥带水“首鼠两端”的“保皇派”时，便毫不留情地挥出了革命的铁拳。1793年12月28日，潘恩被捕入狱。在雅各宾专政的恐怖时期，被捕入狱，就意味着脑袋已经寄存在断头台边的篓子里。
可笑的是，就在潘恩被雅各宾人打入死牢的时候，英国也在对潘恩进行缺席审判。在法国，潘恩被当作雅各宾党人的冤家吉伦特党来处理；而在英国，潘恩又被当作一个雅各宾党人遭到起诉。真可谓四面楚歌，里外不是人。