公元1719年（康熙五十八年） 康熙帝命其第十四子允补题为抚远大将军，统领大军征讨准噶尔军。延信率陕西、甘肃官兵从西宁起兵进藏，噶尔弼率四川、云南、湖北、浙江等地官兵从打箭炉（康定）进军西藏，傅尔丹、富宁安分别从巴里坤、阿尔泰出兵至乌鲁木齐，防御准噶尔增兵西藏。
公元1721年（康熙六十年） 清朝中央政府对西藏政策实施重大改革，实行噶伦制，由众噶伦共同处理西藏事务。并决定中央政府在西藏驻军。
公元1723年（清世宗雍正元年） 罗卜藏丹津乘雍正帝刚继位，驻守青藏地区的清军大量内撤之机，举兵反清，发动了叛乱。同年十月，清政府令川陕总督年羹尧整备西宁、松潘、甘州等地清军，进剿罗卜藏丹津叛乱。
公元1724年（雍正二年）初 清军与罗卜藏丹津叛军在今青海互助郭隆寺（佑宁寺）开展激烈战斗，叛军死伤6000多人。后清军分三路追剿至今青海海西州境内，罗卜藏丹津逃往新疆准噶尔，余部非俘即歼。
公元1727年（雍正五年） 因噶伦内部不和，出现了两大贵族集团争夺西藏地方最高权力的斗争，清朝政府派内阁学士僧格、副都统玛喇两位钦差进藏。藏学界多数学者认为，这是清朝政府实行驻藏大臣制的开始。
公元1727年（雍正五年）8月5日，僧格、玛喇两位钦差尚在赴藏途中，阿尔布巴等人便在拉萨大昭寺噶伦议事处谋杀了首席噶伦康济鼐，并派人追杀颇罗鼐。卫藏战争爆发。清朝政府遂紧急决定周瑛、周开捷等率陕西、青海、四川、云南等处官兵15400人进藏平乱。1728年（雍正六年）7月，卫藏战争结束。
公元1729年（雍正七年） 清朝命颇罗鼐总管全藏事务，任命色朱布特布腾和策凌旺扎尔为噶伦，实行两噶伦对颇罗鼐负责的体制。同时，对西藏边界区划进行了调整。
公元1750年（清高宗乾隆十五年） 平定珠尔墨特那木扎勒之乱。
公元1751年（乾隆十六年） 经乾隆皇帝御批，在西藏实行《西藏善后章程十三条》。这是改革西藏地方政治体制的一个重要文件，标志着政教合一制度在西藏正式确立。
公元1780年（乾隆四十五年）7月22日，六世班禅在承德避暑山庄澹泊敬诚殿觐见乾隆皇帝。同年11月2日，在北京西黄寺圆寂。
公元1788年（乾隆五十三年）7月，廓尔喀悍然发动侵藏战争，很快占领了边境地区的济咙、聂拉木、宗喀等地。噶厦未报经朝廷同意，与廓尔喀私下议和，许诺三年内给廓尔喀白银300品（一品折合白银33两）。廓尔喀拿到第一年的银两后退兵。
公元1791年（乾隆五十六年）7月，廓尔喀再次举兵犯藏，侵占聂拉木，扣押前来交涉的噶伦、代本，攻占济咙、抢劫扎什伦布寺。清政府遂派福康安、海兰察率兵17000多进藏反击廓尔喀入侵。1792年追歼廓军逼近阳布（今加德满都），廓尔喀首领乞降求和，送回被扣押的噶伦、代本，缴出“贿和”契约，退还被抢的财物。
驱逐廓尔喀入侵西藏的战争以胜利告终。
是年，经乾隆帝允准，西藏地方政府铸造出了称为“久松西阿”的银币，这是西藏铸造的最早银币。
公元1792年（乾隆五十七年） 为实行经乾隆皇帝钦定的达赖、班禅等大活佛转世灵童通过“金瓶掣签”认定的制度，清朝政府一并制造了两个金瓶，其中一个置于北京雍和宫，供蒙古藏传佛教活佛转世灵童认定使用，另一个于1792年9月，由乾隆帝御前侍卫惠伦等人护送往拉萨，供西藏、青海、西康等地认定活佛转世灵童使用。11月20日，金瓶到达拉萨，西藏僧俗上层隆重迎接，金瓶到达大昭寺时，八世达赖喇嘛亲自率众僧诵经。自此，“金瓶掣签”成为认定达赖、班禅转世灵童不容更改的历史定制。
是年，福康安等人奏报“酌定藏内铸造银钱章程”，经军机处复议报乾隆帝批准，西藏设铸钱局，铸造正面有汉文“乾隆宝藏”，背面铸藏文“乾隆宝藏”的银币，每枚钱币用纯银1钱5分，另铸1钱和5分的小额币。
是年，清政府对西藏财税制度进行改革，免除西藏地方每年向中央政府所纳的赋税，对西藏财政实行优惠政策。
公元1793年（乾隆五十八年） 《藏内善后章程二十九条》正式颁行。因该章程的每一条款都是奏请清廷批准的，故亦称《钦定西藏章程》。该章程是一个比较系统完善的西藏事务管理法规，是清朝中央政府统辖西藏百余年经验教训的总结，标志着清朝在西藏地方的施政发展到了比较完备的阶段。
公元1890年（清德宗光绪十六年） 西藏人民第一次抗英斗争失败，驻藏大臣升泰赴印度，与印督兰士顿签订了《藏印条约》，将哲孟雄（锡金旧称）拱手让给了英帝国主义。
公元1903年（光绪二十九年） 英殖民主义者发动第二次侵藏战争。次年4月西藏人民进行了有名的江孜保卫战，1000多名藏