政权性质的机关，受国务院领导；其主要任务是依照宪法规定及《十七条协议》和西藏的具体情况，筹备在西藏实施区域自治。1956年4月，西藏自治区筹备委员会在拉萨成立，第十四世达赖喇嘛担任筹委会主任委员，第十世班禅额尔德尼担任第一副主任委员，阿沛·阿旺晋美任秘书长。1959年3月10日，西藏上层集团中一些人面对人民日益高涨的民主改革的要求，为维护封建农奴制度“永远不变”，在帝国主义势力的支持下发动了全面武装叛乱，企图把西藏从祖国大家庭中分裂出去。同年3月28日，国务院宣布解散原西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，第十世班禅额尔德尼代理筹备委员会主任委员。中央人民政府和西藏自治区筹备委员会领导西藏人民迅速平息叛乱，实行了民主改革。
民主改革后，西藏人民与全国各族人民一样享有了平等的政治权利。1961年，西藏各地开始实行西藏历史上前所未有的普选，选举产生了县、乡两级人民代表大会和人民政府。鉴于正式成立西藏自治区的条件已经具备，1965年7月24日，自治区筹备委员会向国务院提出《关于正式成立西藏自治区的请示报告》。同年8月25日，第三届全国人民代表大会常务委员会第十五次会议批准国务院提请审议的议案，批准成立西藏自治区。
1965年9月1日，西藏自治区第一届人民代表大会第一次会议在拉萨隆重召开。出席大会的代表301名，其中藏族代表226名，门巴族、珞巴族、回族等少数民族代表16人。代表构成充分体现了以藏族人民为主体，代表了西藏最广大人民群众。中共中央、国务院特派中央代表团赴拉萨出席大会，热烈祝贺西藏历史上第一次人民代表大会召开，祝贺西藏自治区成立。大会选举产生了自治区人民委员会，阿沛·阿旺晋美当选为自治区人民委员会主席，周仁山、帕巴拉·格列朗杰、郭锡兰、协绕顿珠、朗顿·贡噶旺秋、崔科·顿珠次仁、生钦·洛桑坚赞当选为副主席，达瓦、仁钦索朗、扎西平措等27人当选为委员。9日，西藏自治区第一届人民代表大会第一次会议通过各项决议后胜利闭幕。当天下午，拉萨市各界3万多人举行盛大集会，热烈庆祝西藏自治区正式成立，庆祝西藏历史翻开了崭新的一页。
西藏自治区的成立，是中国共产党民族政策的伟大胜利，标志着西藏建立了人民民主政权，开始全面实行民族区域自治制度，西藏人民从此享有了自主管理本地区事务的权利，与全国人民一道走上了社会主义的发展道路。
二、民族区域自治制度的完善和发展
《中华人民共和国宪法》规定，凡年满18岁的中国公民，不分民族、种族、性别、职业、家庭出身、宗教信仰、教育程度和居住期限，都有选举权和被选举权。西藏自治区成立以来，西藏人民积极行使宪法和法律赋予的选举权和被选举权，参加选举全国和自治区各级人民代表大会的代表，由人民代表选举各级人大常委会组成人员、人民政府领导和法院、检察院领导，通过人大代表参与管理国家和地方事务。40年来，西藏各族人民充分行使民族区域自治权利，不断完善民族区域自治制度，取得了巨大的成就。2002年，在西藏的自治区、地（市）、县、乡（镇）四级换届选举中，全区93．09％的选民参加了县级直接选举，有些地方的选民参选率达到100％。在选举产生的人大代表中，藏族和其他少数民族代表所占的比例，在自治区和地（市）两级达80％以上，在县、乡（镇）两级达90％以上。
少数民族干部的成长状况，是体现民族区域自治的重要方面。西藏自治区成立以来，藏族和其他少数民族干部是自治区干部队伍的主体，充分行使当家做主的权利。先后六任（含现任在内）自治区人民代表大会常务委员会主任和七任（含现任在内）自治区人民政府主席均由藏族公民担任。1959年中国人民政治协商会议西藏委员会成立以来，先后五任自治区政协主席均由藏族公民担任。据统计，2004年藏族和其他少数民族公民在自治区人大常委会主任、副主任中占87．5％；
在自治区人大常委会委员中占69．23％；在自治区主席、副主席中占57％；在自治区政协常委和委员中分别占90．42％和89．4％。藏族和其他少数民族公民占自治区、地（市）、县三级国家机关组成人员的77．97％，分别占三级人民法院和人民检察院干部总数的69．82％和82．25％。