会后公开在街头张贴西藏是“独立国家”的布告，还派人到印度领事馆，乞求印度“保护”。当天晚上，三大寺部分喇嘛和各地的叛乱分子向拉萨市区集结，噶厦政府给叛乱分子发放枪支弹药。3月11日开始，叛乱头目下令西藏各地组建叛乱武装，强迫僧俗群众参加叛乱组织，指挥叛乱分子破坏公路、桥梁、输电线路，焚烧中央驻藏机关房屋，威胁藏族干部、教员，勒令他们向“西藏独立国”自首悔过。叛乱分子烧杀抢掠，气焰十分猖獗。3月16日、17日，叛乱头目以所谓“西藏独立国人民会议”名义，连续通过印度驻拉萨总领事馆的电台，给逃亡在噶伦堡的原孜本夏格巴发电，声称从藏历二月初一（公历3月10日）起，西藏已宣布成为独立国家，要夏格巴对外进行宣布，并向印度政府、佛教协会、联合国报告，请求到拉萨观察。3月17日夜间，噶伦索康、柳霞、夏苏等叛乱头目挟持达赖渡拉萨河逃往叛乱武装的“根据地”山南，后又逃往印度。3月19日，集结在拉萨的叛乱分子达7000余人，他们占据布达拉宫、药王山、罗布林卡及市内各主要据点，对西藏军区、西藏工委和中央驻西藏代表驻地从西、北、东三面形成包围，情势十分严重。
西藏工委和西藏军区严格遵守中央指示，保持最大克制，坚持不打第一枪，并多次要求噶厦政府出面平息叛乱。对此，叛乱分子视为“中央不敢平叛”，因而更加变本加厉。3月20日凌晨，叛乱分子向在拉萨河南岸执行任务的人民解放军开枪，接着向市内和郊区各机关、部队、企事业单位发起全面武装进攻。在这种形势下，中央人民政府做出平叛决定，命令驻藏人民解放军坚决平息叛乱。驻藏部队奉命平叛，认真执行军事打击、政治争取、发动群众相结合的方针，首先迅速平息了拉萨叛乱。到1960年，基本平息了西藏全区的叛乱，大部分叛乱分子被俘、投降或投诚。
西藏人民渴望和平，维护统一。在历时两年多的平叛斗争中，有15800多民工随军支前，出动牲畜10．44万头匹，有力地保障了平叛斗争。平叛斗争的胜利，是西藏人民维护祖国统一、争取自身解放斗争的胜利。
平叛斗争的胜利，彻底结束了噶厦政府对西藏人民的统治。1959年3月28日，国务院发布命令，宣布解散噶厦政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，由班禅额尔德尼·确吉坚赞代理筹备委员会主任委员，帕巴拉·格列朗杰、阿沛·阿旺晋美任副主任委员，崔科·顿珠次仁等16人为委员，撤销叛乱头目索康·旺钦格勒等18人的一切职务。4月8日，西藏自治区筹备委员会召开第一次全体会议，会议一致通过了《关于贯彻执行国务院3月28日命令的决定》。西藏自治区筹备委员会正式行使西藏地方政权职能，标志着西藏和平解放以来两种政权共存的特殊局面结束。
三、实行民主改革，解放百万农奴
西藏的民主改革是结合平叛斗争进行的。民主改革的主要任务是废除封建农奴制度，在西藏建立人民民主政权。民主改革前，西藏仍处于比欧洲中世纪还要黑暗、落后的政教合一的封建农奴制社会。占人口不到5％的僧俗农奴主控制着占人口95％以上的农奴和奴隶的人身自由和绝大多数生产资料，农奴和奴隶不得不终身依附于官家、贵族、寺院三大领主，除了上交沉重的地租，还承担着几十种杂税和差役。三大领主通过等级森严的《十三法典》、《十六法典》和断手、剁足、剜目、割耳、抽筋、割舌、投水、推崖等极为野蛮的刑罚，对农奴和奴隶进行残酷的经济剥削、政治压迫和精神控制，广大农奴和奴隶连生存权都得不到保障，根本没有政治权利可言。在这种腐朽制度的统治下，西藏经济、社会、文化长期停滞，人均寿命只有35．5岁，文盲、半文盲高达90％以上。平叛斗争胜利后，百万农奴翻身解放的要求空前强烈。废除封建农奴制，已成西藏历史发展的必然趋势。鉴于此，中央人民政府审时度势，决定改变原来“六年不改”的方针，及时实行民主改革，推翻政教合一的封建农奴制度，废除封建等级制度、人身依附关系和各种野蛮刑罚，使百万农奴获得翻身解放，成为国家和西藏地方的主人，为实行民族区域自治制度扫清了社会制度障碍。
西藏民主改革的基本方针是：边平边改，先叛先改，后叛后改，未叛地区暂时缓改；充分依靠和发动群众，团结一切可以团结的力量，打击叛乱的和最反动的封建农奴主及其代理人。主要任务是：推翻封建农奴主阶级在西藏的统治，变封建农奴主所有制为农牧民个体所有制，变封建农奴制的西藏为人民当家做主的西藏。
农区民主改革分两步进行：第一步，对叛乱领主及其代理人的土地，1959年实行“谁种谁收”，接着进行“三反两减”，即反对叛乱、反对乌拉差役、反对奴役，减租、减息，废除差役制度，解放家奴，将朗生对农奴主的人身依附关系改为雇工关系，减轻人民群众的各种负担。第二步，以废除封建农奴主土地所有制为主要内容，没收参加叛乱的奴隶主及其代理人的土地、农具等生产资料，分配给农奴和朗