。1934年委任九世班禅为国民政府委员，成为西藏宗教领袖在南京国民政府担任要职的第一人。
1931年9月18日，日本帝国主义侵占我国东北。时在黑龙江呼伦贝尔盟等地弘法的九世班禅呼吁团结，共赴国难，主张抗日。1932年3月16日，九世班禅从内蒙古百灵庙致电南京国民政府军事委员会，声讨日本军国主义的侵略罪行，电称：“近闻暴日不顾公理，蔑视盟约，仗其武力，攻我榆热……现我军民时至忍无可忍，官兵义师前仆后继，为自卫而抵抗，为正义而舍生，救国热忱，中外皆钦。班等宣讲国难中应尽之天职，化彼惶恐观望之心理，实行团结，共赴国难……班禅目击时艰，忧愤不已，虽身属空门，而救国图存之道，何敢后人？除名集当地蒙藏喇嘛千余，自3月1日起在百灵庙虔诵藏经，恣施供养，建立法坛，祈祷和平，并追荐前方阵亡将士，藉佛力之加被，弭战祸于无形。”
忧国忧民之情、抗日救国之志跃然纸上。1933年10月18日，国民政府为表彰九世班禅在蒙古地区宣化卓有成效而通令嘉奖，令称：班禅大师“矢忠党国，愿力恢宏，前膺宣化使命，寒暑遄征，勿辞劳瘁。上以阐扬中央之意志，下以激发蒙族之忠忧，德音广被，轸域胥融……特予崇褒，以彰殊绩”。
1932年，西藏驻京办事处达赖喇嘛代表贡觉仲尼曾表示欢迎九世班禅返藏。
九世班禅任西陲宣化使后，派人经印度进藏，会见十三世达赖喇嘛，作返藏试探和解释说明工作。1933年4月，达赖喇嘛以优礼接见班禅所派人员，表示过去积怨全系下属挑拨，欢迎班禅回藏。1933年12月17日，十三世达赖喇嘛在拉萨圆寂，九世班禅甚感悲伤，先拨供养金10万元，并电请国民政府从优追谥，隆重致祭。次年1月24日，在南京参加了十三世达赖喇嘛追悼活动。西藏及整个藏区僧俗群众纷纷要求九世班禅返藏。5月，扎什伦布全体僧众和属地民众联名呈请国民政府主席，要求班禅返回西藏。同年7月，噶厦决定派降巴曲旺等为代表前往内地迎请班禅回藏。1935年3月19日，九世班禅致函蒙藏委员会委员长黄慕松，提出返藏具体意见。4月20日，九世班禅从宁夏乘飞机抵达兰州。5月11日到达西宁，14日移驻青海塔尔寺。6月18日，行政院发布3461号令，决定拨给九世班禅返藏经费100万元，准带卫队官兵500人，同意由中央派得力大员护送。8月15日，国民政府同意成立护送专使行署。9月10日，派诚允为护送九世班禅回藏专使。9月27日，在英帝国主义者的唆使下，噶厦以“派汉蒙官员随同入藏，实有未便接受之处”等为托词，阻止九世班禅进藏。虽经蒙藏委员会一再致电驳斥说明，噶厦当局仍然固执己见，态度愈加强硬。1936年1月12日，九世班禅致电黄慕松，表示按原计划入藏。1月16日，黄慕松复电，表明“大师回藏，中央仍照成案办理”的态度。6月21日，九世班禅一行在新任护送专使赵守钰的陪同下，离开甘肃拉卜楞寺，向青海出发。12月8日到达青海玉树，行辕设在玉树甲拉颇章宫。到达玉树后，九世班禅即派人与西藏地方代表协商，在英帝国主义的干涉和西藏亲英势力的操作下，噶厦毫无欢迎诚意，且枝节横生，百般阻挠。正值九世班禅受阻玉树时，抗日战争全面爆发。蒋介石政府因有赖美英支持援助，不敢得罪英国。于1937年8月19日，以行政院长之名义发布训令，称“抗战期间，班禅应暂缓入藏”。九世班禅只好接受行政院决定，暂住玉树。11月初，九世班禅身患重病，12月1日，在玉树甲拉颇章宫圆寂，享年54岁。九世班禅圆寂后，国民政府追谥“护国宣化广慧圆觉大师”封号，拨治丧费一万元。12月15日将九世班禅法体移至甘孜。1938年8月8日，国民政府特派专使戴传贤代表国民政府致祭。1940年3月，经蒙藏委员会委员长吴忠信与噶厦交涉同意，同年11月4日，九世班禅灵榇自玉树启程入藏，翌年2月4日抵达扎什伦布寺，建灵塔祀殿安放。
九世班禅一生坚定不移地维护祖国统一和民族团结，反对帝国主义侵略，反对民族分裂，是一位饮誉全国的爱国主义宗教领袖。他足迹遍及全国各地，所到之处，宣教民众，弘扬佛法，宣传藏族文化和藏传佛教文化，是促进民族团结、增进民族文化交流的光荣使者。
二、西藏地方与中央政府的关系全面恢复