十三世达赖喇嘛于1904年7月28日英军攻入拉萨前出走。此后，驻藏大臣有泰奏荐清廷让九世班禅来拉萨主持教务，办理交涉事宜。清廷革除了十三世达赖喇嘛名号，并著班禅额尔德尼摄政。九世班禅为避免产生隔阂，从西藏内部团结的大局出发，不为权力所动，婉言谢绝。1905年10月，英军首领到日喀则，以与英国皇太子会晤为由，强迫九世班禅到印度。九世班禅提出必须经驻藏大臣奏明朝廷，方能起程，否则难以从命。赴印期间，朝廷“已电达驻印钦使及印督等，班禅来印赴会则可，若迫令干预藏事，即令班禅亲自画押，盖用印信，均作为废纸”。九世班禅在印度40多天，不论与英王储会晤，还是与印督会见，不卑不亢，坚持原则，虽处境艰险，但始终坚持爱国立场，对藏事一言不提，致使英人无机可乘。
1912年10月，袁世凯发布命令恢复十三世达赖喇嘛名号。同年年底，十三世达赖喇嘛返回拉萨时，九世班禅亲自赶到江孜迎接。但在英帝国主义的唆使和亲英势力的诱迫下，十三世达赖喇嘛却走了一段亲英分离的错误道路。1913年4月，北京政府加封九世班禅“致忠阐化”名号。1914年达赖喇嘛在日喀则设立基宗，向班禅辖区派粮、派款。1912年噶厦成立军粮局，让扎什伦布寺负担全藏军粮的1\/4，并要扎什伦布寺庄园牧场承担前抗英军费的25％。因班禅辖区无力承担，遭到九世班禅的抵制。1923年11月，扎什伦布寺派往拉萨协商军费的4名代表中3名被投入监狱，1名回到扎什伦布寺。九世班禅感到情势严峻，于1923年月15日出走，开始了长达14年的内地宣教弘法生涯。
九世班禅离开扎什伦布寺后，走藏北羌塘，越唐古拉山，进入青海境内，然后经青海海西，抵河西走廊安西。从安西电告时任甘肃督军的陆洪涛，陆洪涛报告北京政府大总统曹锟，曹辊电召九世班禅进京。1924年5月9日，九世班禅抵达兰州，受到甘肃军政官员和各界群众数千人的隆重欢迎。1925年2月抵达北京，受到段祺瑞政府及北京数万市民的欢迎，驻锡中南海瀛台行辕。1925年8月1日，北京政府封九世班禅“宣诚济世”名号，并颁金册、金印。从此，九世班禅先后在北京、内蒙古、山西、江苏、上海、浙江、辽宁、陕西、甘肃、青海等地宣教弘法，为反对帝国主义侵略、维护祖国统一、促进民族团结而不懈努力，足迹几乎遍及全国。
1925年8月，段祺瑞政府批准设立班禅驻北京办事处。此后又陆续设立班禅驻青海、四川、奉天（沈阳）、绥远（呼和浩特）和印度办事处。1928年3月，九世班禅赴南京祝贺国民政府成立。1929年2月20日，南京国民政府批准成立班禅驻南京办事处，索本堪布罗桑坚赞任办事处处长。九世班禅发表宣言，强调“西藏欲舍中国而谋自主，实不可能。中国失去西藏，亦犹车之失辅。故中藏关系，合则两利，分则俱伤”，阐述了西藏与祖国内地的唇齿关系，表明了他维护国家统一的严正立场，抨击了分离势力。1931年5月，九世班禅从沈阳抵达南京参加国民会议。
5月10日在新亚细亚学会第三次会员大会上发表了题为《西藏是中国领土》的演讲，他说：“西藏为中国的领土一层，想诸位对于西藏历史都有深刻研究与认识，毋庸多赘。兹举其荦荦大者：如元代曾尊封西藏之贵族卓根却吉帕巴（即八思巴）为国师，并以西藏之土地嘱其管理。至明代实为西藏之大施主。达赖第五世、班禅第六世，曾相继至中原朝觐大皇帝。清时准噶尔人之侵略西藏，清帝派兵援助削平之后，即派驻藏大臣于拉萨，并派相当兵力保护达赖、班禅，捍卫国土。以上所举，可资证明西藏为中国领土。”
用历史事实证明西藏是中国的领土，并希望恢复西藏地方与中央政府的统属关系。6月24日，南京国民政府授予九世班禅“护国宣化广慧大师”名号，蒋介石向九世班禅颁授了玉册、玉印。9月18日，国民政府参谋本部在南京召开了由川、滇、青、甘、陕五省军事代表参加的“西防会议”。九世班禅向会议提出了解决西藏问题的十二条办法，主要内容有：西藏绝对服从中央；所有西藏与外国人缔结的条约，凡未经中央承认者，一律无效；西藏外交应由中央主持；进攻西康之藏军应立即撤退；达赖扣押的后藏人员，应立即释放；请中央派大员赴前后藏主持一切；请中央划清西康与前后藏的地界，并立界址，以资遵守；达赖主持前藏，班禅主持后藏，政教分清，彼此互不侵犯；班禅在返藏前，应将青海、锡盟拨归班禅，以作教徒居住之所；在班禅返藏以前，请中央按照前议，每月拨给10万元费用；请中央准其编练卫队两团，并供给枪械、饷项；请中央拨发无线电5架，及长途汽车20辆，以便灵通消息，改进蒙藏交通。上述言论，反映了九世班禅倾心向内，坚持西藏是中国领土，反对帝国主义侵略，维护国家主权和领土完整的坚定立场，对推动西藏地方与中央政府关系的恢复和发展起到了重要的作用。
1932年4月14日，南京国民政府委任九世班禅为“西陲宣化使”