动了第二次侵藏战争，迫使西藏地方政府签订了《拉萨条约》。在这种形势下，朝廷任命凤全为驻藏帮办大臣。凤全赴察木多（昌都）和川边藏区推行以屯田、移民、限制喇嘛教势力为主要内容的改革。下令每寺僧人不得超过300名，凡超过的人数，即令各回本地，另建小寺，以分散寺院的力量。规定13岁以下的喇嘛一律还俗。同时禁止20年内进行剃度，不准接受新僧。虽然这种办法的主要目的在于抑制英国殖民势力东侵，但严重脱离实际，违反民族习俗，不可避免地激起包括达赖在内的僧俗民众的反对，终于1905年3月凤全被当地头人、喇嘛所杀。同年夏天，清廷命四川提督马维骐和建昌道赵尔丰率军赴川边藏区，6月18日川军攻克巴塘，将巴塘正副土司处死。接着理塘所属稻坝（稻城）、贡噶岑和乡城等地的土司和寺院群起反抗。赵尔丰率军于1906年6月攻克稻坝、贡噶岑，9月将理塘土司改流。12月兵进乡城，前后历时6个多月时间，“歼灭巨寇，底定全边”。巴塘、理塘改流以后，清廷提出对整个川边藏区实行改土归流，仿宁夏、青海之例，设置川滇边务大臣，驻扎巴塘，“以为西藏声援，整理地方为后盾”。
清光绪三十二年（1906年）七月，清廷任命赵尔丰为川滇边务大臣。赵尔丰就任后，建议进一步经营川边，推行改土归流政策。他认为，当时西藏和川边藏区的形势是“自门户开放以来，强邻环伺，皆以辟殖民地为务，中国遂日受侵夺矣。所有从前属地而未经编籍者，外人即指为彼之新觅殖民地，强为占据。以现在局势而论，尺寸之土皆当早经营，不可再落人之后。惟边地从未设官，久失纪理……人所共知，今日之藏实为印度屏藩，英人视之有如卧榻之侧，岂肯令俄人占据”。目的在于保卫四川，应援西藏，抵抗帝国主义势力入侵。光绪三十二年（1906年）九月，赵尔丰从乡城回到成都，向清廷奏陈，提出在川边藏区屯垦、练兵、设官、兴学、通商、开矿六事，得到清廷的同意，并拨银一百万两作为开办经费，确定巴塘为川滇边务大臣治所。光绪三十三年（1907年）正月，清廷派赵尔丰护理四川总督兼边务大臣。为了支持赵尔丰，清廷特将其兄赵尔巽由东北调任四川总督。
赵尔丰改土归流，推行新政的主要内容如下。
政治制度改革。他颁布的改革章程规定，“永远废除土司之职，改土归流”。土司属下“所设马本、协廒、更占、百色、古噪等名目，一概裁撤不用”，代之以流官新职，宣布“无论汉人、蛮人，皆为大皇上百姓”。管理地方百姓、钱粮诉讼一应事务的权力，统归流官，无论何人，都不得干预其事。改流设置的组织机构，以“地足以养民，民足以养官”为原则，将原土司辖区划分为县，县设委员一人；县以下分设若干保、村，保设保正，村设村长，保正、村长由百姓公举。
这是赵尔丰新政的最主要措施，核心内容是“收回政权”。这也是康区建省的重大步骤。
喇嘛寺庙改革。宣布“此次定章之后，其已出家者，固不必强行还俗，惟已余额者，不得再行添招。必俟不足三百喇嘛之后，方准招收徒弟，小寺一律照办”。规定“出家为僧，必须本人情愿。以后不能见人家多子，便勒令充当喇嘛”。现在寺院中，“其喇嘛有愿还俗者，听其自便，不准强迫阻拦”。指出，寺院的田地、牛场“不粮不赋称为‘佛田’，种田佃户称为‘差民’，大寺数百户，小寺数家，供应喇嘛为奴。遇事不归地方管理，均由寺中自由处治，轻者鞭笞，重者格杀，已失佛门之真，乃系藏中旧习”。规定，改土归流后，“凡寺中地土、牛场及喇嘛名额，造具清册，请地方官立案，照章上粮纳税”。对于呼图克图管理的地区，裁撤其管理地方钱粮、诉讼事务的僧官。规定大喇嘛只管教务，一切地方行政事务，统由流官管理，实行政教分离。
经济制度改革。改土归流前，川边藏区经济制度是封建农奴制，土地归土司领有，农奴以领种农奴主分给的份地维生。改革章程规定，土地“皆为大皇上地土”，耕种土地的百姓为“佃户”。要求“种地者纳粮，饲养牲畜者纳税”，并制定了征收粮税的细则。鉴于川边藏区高利贷过重，规定革除喇嘛头人将青稞强放百姓、收利不收本、百姓苦累难言的高利贷，并拟定了清理、偿还高利贷的具体办法。这些措施，多少触及了封建农奴制生产关系的根基。
发展经济、文化、教育。赵尔丰决定，改设土塘驿站，架设电线，以迅速传递文报；修筑大道，改善交通，以畅军运；垦荒种地，兴修水利，引进籽种，改进农耕技术，发展农业生产；建皮革厂，进行皮革加工；开采金矿、铜矿；铸造藏元，组建边茶公司。在文化教育方面，设立关外学务局，培训师资，普遍设立官方语言学堂；凡人口较多的县，增设初等、高等小学堂；在巴塘等地，设官办药局，开展种牛痘、治病工作。主张改革习俗，规定藏族“凡有男女婚姻，必须凭媒作合”；“兄弟一家，每人各聚一妇”，并要领取“婚书”；还要求藏族百姓“人人皆须剃发梳辫”；改革丧葬习俗，等等。
1911年（