康熙五十九年（1720年）三月，在允补题大军出征前，康熙帝正式下诏册封格桑嘉措为弘法觉众第六世达赖喇嘛（后默认为七世达赖）。四月二十四日，在塔尔寺举行了隆重的册封仪式，授予新的达赖喇嘛以金印、金册。康熙五十九年（1720年）五月八日，七世达赖喇嘛格桑嘉措在清朝大军的保护下踏上了进藏之路。抚远大将军允补题每三天与达赖喇嘛见面一次。行进到黄河源头的鄂陵湖时，罗卜藏丹津、喀尔喀顿珠王以及康熙派出的一些专门侍候达赖喇嘛的官员汇合一起。到扎陵湖畔时，西藏东部工布地区的第巴阿尔布巴前来拜见，在噶玛滩谒见了达赖喇嘛。大军行至金沙江畔，允补题设宴送别达赖喇嘛，自己返回西宁指挥整个平准大军。此时，二世土观罗桑却吉嘉措和甘珠尔大喇嘛等也赶到金沙江畔，陪同达赖进藏。另外负有向五世班禅传达康熙帝要他担任达赖喇嘛经师谕旨使命的官员也随同赴藏。
期间，原拉藏汗属下官员康济鼐和颇罗鼐举兵策应朝廷大军，从阿里向后藏进发，占领昂仁宗以西地区，切断了准噶尔军与其本部的联系。阿尔布巴等从拉萨以东的工布地区组织民众袭击准军。1720年春夏，噶尔弼从甘孜进发，一路上地方土司头人踊跃支前，八月初攻取墨竹工卡，八月下旬进入拉萨。北路清军在延信的率领下顺利推进，先后三次大败准军，所到之处受到藏族群众的热烈欢迎。八月底进驻那曲。延信将大军驻于那曲，自己率轻骑护送七世达赖喇嘛进入拉萨。十月十六日，达赖喇嘛由朝廷大军护送，在藏蒙要员和僧俗群众的簇拥下进入拉萨。
随后，在布达拉宫措钦宁巴大殿（布达拉宫东大殿）举行了隆重的坐床仪式，康熙帝专为坐床仪式赐银一万两，以为费资，并应藏蒙上层联名奏请“赐御制碑文，镌勒招地，以垂永久”。
这座由康熙亲自撰文的历史丰碑，至今屹立在布达拉宫之前。
清军入藏后，组成了以平逆将军延信为首的临时执政机构。临时政府的主要任务是：清除准噶尔在西藏的势力，恢复西藏各地正常的社会秩序和生产、生活秩序；废除第巴职务，建立僧俗贵族联合掌权的噶伦制。这是清朝中央政府统辖西藏政策的一个历史性转变。
康熙六十年（1721年），清廷对西藏的政策实施重大改革。康熙帝下诏封康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐为噶伦。1723年清廷增任颇罗鼐为噶伦，决定由众噶伦共同处理西藏事务。因康济鼐在平准战争中带兵切断了准噶尔军与新疆本部的联系，众噶伦中功劳最大，所以任命其为首席噶伦。
为防范准噶尔，确保西藏安宁，清朝政府决定在拉萨驻军3000人，由喀尔喀蒙古王公策旺诺尔布统领。这也是清廷在西藏驻军的开始。
【第四节】改革西藏行政体制，确立政教合一制度
一、平定罗卜藏丹津叛乱
雍正元年（1723年），青海罗卜藏丹津叛乱。清廷派松潘总兵周瑛率部分军队进藏，协助康济鼐防止罗卜藏丹津叛军西进。青海与西藏休戚相关，青海乱，西藏就难以稳定。所以清廷下决心集中力量很快平息了罗卜藏丹津叛乱。为清王朝对西藏实施更加直接的统治奠定了基础。
罗卜藏丹津系青海和硕特蒙古部首领达什巴图尔之子。康熙五十三年（1714年）达什巴图尔去世，罗卜藏丹津继任青海和硕特蒙古部首领。1716年，经康熙帝允准，罗卜藏丹津和察罕丹津将仓央嘉措转世灵童格桑嘉措迎请至青海塔尔寺，其真实目的在于以此来否定拉藏汗所立的益西嘉措的“灵童”身份，通过控制达赖喇嘛，取代拉藏汗在西藏的统治，进而控制整个藏区。康熙五十八年（1719年）末，清廷决定以格桑嘉措取代一直不被西藏三大寺和青海广大蒙藏僧俗认可的益西嘉措。康熙五十九年（1720年）三月，康熙帝正式颁诏册封格桑嘉措为第六世达赖喇嘛（即后被默认的七世达赖）。1720年5月，七世达赖喇嘛从青海塔尔寺启程，被护送进藏。罗卜藏丹津和察罕丹津等也率军同行。罗卜藏丹津本想自己因保护达赖有功于朝廷和西藏，应得到朝廷对待固始汗那样的册封，成为其蓄谋已久的青藏高原统治者。但清军入藏，七世达赖坐床后，清朝政府废除了第巴制度，建立了僧俗贵族联合掌权的噶伦制，这使“希冀藏王，已非一日”的罗卜藏丹津大失所望。不仅如此，在隆重的七世达赖喇嘛坐床仪式上，朝廷汉官和部分西藏僧俗贵族的座位被安置在前排，罗卜藏丹津被安置在后排，招待礼遇也“甚为冷落”。1723年雍正继位后，对协同清军入藏的青海诸台吉论功行赏，察罕丹津由郡王升为亲王，与罗卜藏丹津同爵，对罗卜藏丹津则只赏不封。于是罗卜藏丹津对清廷由失望转为愤懑，由愤懑走向敌对。
雍正元年（1723年），罗卜藏丹津乘雍正帝刚刚继位，驻守青藏地区的清军大量内撤之机，公开举兵反清。同年十月，清廷令川陕总督年羹尧整备西宁、松潘、甘州等地清军，开始进剿罗卜藏丹津叛军。十一月，年羹尧统领岳钟琪等分四路围剿。到雍正元年年底，清军平定了今青海贵