式册封益西嘉措为六世达赖喇嘛，并赐封印。但益西嘉措仍未能得到西藏、青海僧俗界的公认。几乎与此同时，由于仓央嘉措在进京途中病逝于青海境内后，三大寺上层便在暗中寻访其转世灵童。最后认定1708年出生于四川理塘的一个幼童为仓央嘉措的转世灵童，并立即得到了青海蒙古各台吉的响应。在这种情势下，康熙皇帝于1713年2月24日（康熙五十二年正月三十日）颁诏册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”；赐满、汉、藏3种文字的金册一份、金印一颗。其诏书为：
奉天承运皇帝敕曰：
朕抚临寰宇，慈爱众生。凡恪守戒律循规，为人安静、勤奋修道者，将颁赐封号，以示朕嘉奖之至意。尔班禅历辈遵奉教法，为人安静，熟谙经典，勤修贡职，初终不倦，致使佛教得以弘扬，甚属可嘉。尔出于心悦至诚，遣使前来请安进贡。故朕特赐尔赦谕，颁金册、金印，封赐班禅额尔德尼名号。札（扎）什伦布寺所属名寺、庄园为尔静养之地，他人不可借口滋事。尔应勤奋净修佛法，悉心教诲僧侣，修成正果。特谕。
从此班禅的宗教领袖地位得到清朝中央政府的进一步确认，历代班禅皆受中央政府册封遂成定制。
三、“平准安藏”，噶伦执政
1708年，当乃穹护法神宣布六世达赖喇嘛的转世灵童在理塘降生之后，三大寺上层和青海蒙古部众台吉一致拥护。拉藏汗看到问题的严重，先派戴本诺布俄柱等去理塘调查此事。戴本诺布俄柱等见到灵童并询问了许多情况。1714年，拉藏汗又令格敦等去理塘，在他们到达前，灵童父亲索南达结已将灵童转移到德格寺保护起来。1716年，康熙下令将理塘灵童格桑嘉措送到北京，后又同意送到青海塔尔寺居住，由清朝政府保护。围绕灵童一事，青海蒙古各部持不同意见者之间发生了激烈的冲突。察罕丹津和罗卜藏丹津计划先攻取与他们不同心的贝勒阿剌布坦鄂木齐等，然后护送灵童格桑嘉措进藏。面对这种形势，清朝政府对青海蒙古左右翼的首领进行了调整，罗卜藏丹津、察罕丹津、达颜管理右翼事务，额尔得尼尔厄尔克托克托那、阿剌布坦鄂木布管理左翼事务。此外又派公策旺诺尔布、侍卫布达理前往青海，召集诸蒙古首领会盟，令其和好。
1717年，准噶尔部首领策旺阿剌布坦派出两支部队，一支由其堂兄策零敦多布率军6000人进袭西藏，一支由300多人组成，前往青海塔尔寺，以劫持灵童格桑嘉措为目的。此次行动旨在击败拉藏汗，占领拉萨，废除益西嘉措，拥立格桑嘉措，进而统治西藏。但东进青海的小部队还未到达目的地就被清军消灭。策零敦多布率军6000，从和田出发，昼伏夜行，直插藏北。1717年8月抵藏北纳克产地方，随后横穿腾格里海地区至达木（当雄）。9月，准噶尔兵与拉藏汗的部队在达木多次交战。11月，拉藏汗兵败撤回拉萨，同时驰书奏报朝廷，请求朝廷派兵救援。
11月底，策零敦多布率军攻入拉萨，拉藏汗战死，拉藏汗拥立的六世达赖益西嘉措被囚禁于药王山。至此，和硕特蒙古汗王在西藏的统治结束。
策零敦多布部占领拉萨后，大肆抢掠，数百所寺院被洗劫，激起了西藏僧俗各界的强烈不满和反对。康熙五十七年（1718年）五月，清朝中央政府派侍卫色楞和总督额伦特率军从青海入藏。六月渡过木鲁乌苏河（即通天河）。九月，两军在喀喇乌苏河（那曲）北岸准备抢占狼拉岭。准噶尔军扼守喀喇乌苏河，前后夹击，致使清军粮草断绝，结果全军覆没，色楞、额伦特殉职。
康熙五十八年（1719年）一月，康熙帝命其第十四子允补题为抚远大将军，统领大军，征讨准噶尔军。以平逆将军延信率陕、甘官兵从西宁起兵进藏；由征西将军噶尔弼率四川、云南、湖北、浙江等地官兵从打箭炉（康定）进军西藏；派傅尔丹、富宁安分别由巴里坤、阿尔泰出兵抵乌鲁木齐一线，防止准噶尔增兵西藏。同时遣使宣谕青海诸蒙古首领和住在塔尔寺的灵童格桑嘉措，由清军护送进藏。