不知五世达赖喇嘛已经圆寂，考虑到这是五世达赖喇嘛的请封上书，康熙帝便赐桑结嘉措王爵、金印，封其为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪”，意思是专管达赖喇嘛宗教事务的法王。可见朝廷仍支持和硕特汗王主管西藏行政事务。
康熙三十五年（1696年），康熙帝亲率大军征讨噶尔丹，清军在昭莫多彻底击败噶尔丹军，噶尔丹在次年势穷病卒。康熙皇帝从俘虏口供中得知五世达赖喇嘛早已圆寂，是第巴桑结嘉措长期匿丧不报，并暗通噶尔丹等事。康熙帝闻之大为震怒，命大喇嘛晋巴扎木素、德木齐索诺木藏布、主事保柱等奉旨入藏严斥桑结嘉措，令其奏明五世达赖喇嘛圆寂始末；尊奉班禅呼图克图主持喇嘛教，并允其进京；执济隆呼图克图畀清；解青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女，谕旨严斥警告桑结嘉措“不然，数者或缺其一，朕必问尔诡诈欺达赖喇嘛、班禅胡土克图，助噶尔丹之罪，发云南、四川、陕西等处大兵，如破噶尔丹之例，或朕亲行讨尔，或遣诸王大臣讨尔。尔向对朕使言四厄鲁特为尔护法之主、尔其召四厄鲁特助尔，朕将观其如何助尔也。尔其速办此事，及正月星速来奏，否则后悔无及矣。为此特遣使臣往谕，半发伴敕礼币六端”。
桑结嘉措接到谕旨后惶恐不安，即派尼麻唐呼图克图为首的使团持其奏书赴京奏报五世达赖喇嘛圆寂始末和匿丧缘由，并奏报1683年已于门地沃域松地方寻认到五世达赖喇嘛转世灵童仓央嘉措，请求准许仓央嘉措正式“坐床”。
康熙四十年（1701年），达赖汗去世，其子拉藏鲁贝继位。不久，拉藏鲁贝被其兄拉藏汗毒死，拉藏汗便成为和硕特蒙古在西藏的汗王。拉藏汗决心恢复固始汗在位时所拥有的一切权力，桑结嘉措虽已失去朝廷的信任，但决不愿将权力拱手交给拉藏汗。康熙四十二年（1703年），在拉萨传召法会上，双方发生冲突，经三大寺代表和嘉木样协巴等劝阻协调，事态得以缓和。康熙四十三年（1704年），桑结嘉措收买了拉藏汗的内侍，指示其在拉藏汗食物中投毒而被拉藏汗发觉。因此，拉藏汗与桑结嘉措间的矛盾斗争更加激化。1705年拉萨祈愿大法会期间，双方爆发了军事冲突。为避免流血事件，在五世达赖喇嘛灵塔前，由六世达赖喇嘛、三大寺代表、五世班禅代表和嘉木样协巴等调解达成协议：桑结嘉措退位，离开拉萨到贡噶生活；拉藏汗保持汗王头衔，但也要离开拉萨返回青海。拉藏汗离开拉萨经羊八井到那曲后，便不再前行，然后兵分三路向拉萨进发。桑结嘉措也在拉萨聚集力量严阵以待。同年6月，双方在拉萨激战，结果桑结嘉措一败涂地。7月，桑结嘉措被拉藏汗王妃追兵捕获并杀死。康熙四十六年（1707年）初，拉藏汗遣使赴京向康熙皇帝汇报了西藏事变的经过，并奏报仓央嘉措生活放荡、不守教规，是“假达赖”，请求朝廷“废黜”后另寻立五世达赖喇嘛的真正转世。康熙皇帝即派护军统领席柱、学士舒兰为使进藏，封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，赐金印，以稳定西藏局势。同时，康熙皇帝召执仓央嘉措赴京。拉藏汗遵旨派人偕同朝廷遣使押送仓央嘉措进京，“行至西宁口外病故”。
二、清廷册封“班禅额尔德尼”
由于桑结嘉措对五世达赖喇嘛圆寂隐匿不报、暗中私通怂恿噶尔丹作乱以及桑结嘉措与拉藏汗的争权斗争危及清朝政府对西藏、青海甚至新疆的统治。康熙皇帝早在1695年（康熙三十四年）就决定召五世班禅罗桑益西（1663—1737年）入京朝觐，遣内齐陀音呼图克图和监察御史钟申保等奉旨往召，意在提高班禅的宗教地位和社会威望，让他管理黄教事务以遏制第巴专权。因五世班禅以未出痘为由，未能应召入京。1707年，废黜了仓央嘉措之后，拉藏汗便立益西嘉措为六世达赖喇嘛，并亲自到扎什伦布寺请求班禅为益西嘉措剃度、取法名、授沙弥戒。但是，拉藏汗拥立的六世达赖喇嘛益西嘉措既得不到三大寺为代表的格鲁派上层的认可，也得不到青海蒙古王公的拥护。青海诸台吉纷纷上书朝廷，奏呈益西嘉措是假达赖。清朝中央政府深知达赖喇嘛废立的重要，康熙帝遂派内阁学士拉都浑率青海众台吉的代表前往西藏查验。拉都浑等人在西藏同拉藏汗、五世班禅进行了会晤，详细了解了有关拉藏汗拥立益西嘉措之事，并听取了多方面的意见。回京后如实奏报。康熙帝听了众大臣的讨论，出自对青海、西藏社会安定的考虑，认可了益西嘉措为六世达赖喇嘛。康熙四十八年（1709年）三月，鉴于西藏、青海形势日趋不稳，“青海众台吉与拉藏不睦，西藏事务不便令拉藏独理”。于是派侍郎赫寿领“管理西藏事务”衔进藏，协同拉藏汗办理西藏事务。章嘉呼图克图和哲布尊丹巴呼图克图也派代表陪同赫寿进藏。赫寿在藏两年间，除协管西藏事务外，组织测绘人员奉旨绘制了西藏地方地图。赫寿进藏是清朝中央政府直接派员驻藏管理西藏事务的开端。赫寿本人也是绘制西藏地图的创始人。
赫寿入藏第二年，会同拉藏汗、五世班禅和部分寺院上层上奏朝廷，为益西嘉措为六世达赖喇嘛请封。康熙帝降旨正