朕闻兼善独善，开宗之义不同；世出世间，设教之途亦异。然而明心见性，淑世觉民，其归一也。兹尔罗布藏札卜素达赖喇嘛，襟怀贞朗，德量渊泓；定慧皆修，色空俱泯，以能宣扬释教，诲导愚蒙，因而化被西方，名驰东土。我皇考太宗文皇帝闻而欣尚，特遣使迎聘。尔早识天心，许以辰年来见。朕荷皇天眷命，抚有天下，果如期应聘而至。仪范可亲，语默有度，臻般若圆通之境，扩慈悲摄受至门，诚觉路梯航，禅林山斗，朕甚嘉焉。兹以金册印封尔为西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。应劫现身，兴隆佛法，利济群生，不亦休哉。
代噶册封，标志达赖喇嘛的封号及其在西藏的宗教领袖地位正式被清朝中央政府确定，其后的历世达赖喇嘛都须经中央政府册封。
5月下旬，五世达赖喇嘛离代噶，在返藏途中，特上表奏谢顺治皇帝册封，并进贡马匹、琥珀等物品。其奏文是：
恭奏一统天下文殊菩萨圣主陛下：
窃蒙圣上赐金册、金印、尊贵之封号之鸿恩，实不胜欢忭。所奏往归土伯特一事，已蒙恩允，拟于六月初一日启程。圣谕曰：嗣后宜当弘扬释教，逸乐众生，礼治部众，善为调用，以良策辅佐帝业。小僧等恭祝圣上年富力强。随疏恭进哈达一方、佛一尊、瑚珀三十个、氆氇一袋、马一百匹。
五月二十五日奏顺治皇帝在册封五世达赖喇嘛的同时，遣大臣携带金册、金印赴西藏，册封当时掌管西藏军政大权的和硕特蒙古汗王固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，颁赐满汉蒙3种文字的金册、金印。其册文如下：
王经伦大业，务安劝庶邦，使德教加于四海。庶邦君长，能度势审时，归诚向化，朝廷必加旌异，以示怀柔。尔厄鲁特部固始汗，遵德乐善，秉义行仁，惠泽克敷，被于一境，殚乃精诚，倾心归顺，朕甚嘉焉。兹以金册印封尔为‘遵行文义敏慧固始汗’，尔尚益矢忠诚，广宣声教，作朕屏辅，辑乃封圻。如此，则带砺山河，永膺嘉祗。钦此。
1654年8月，固始汗上疏谢封，文曰：
宏福天命万民主宰皇帝陛下明鉴：
弘扬佛法、普济众生、护法荡魔之法师谨奏，恭请圣安。
皇上胜过缔造物之如意宝，布仁慈于四海之滨；扬善抑恶，以足众生之望。蒙天恩赏赐金册、金印，封为遵行文义敏慧固始汗，谨望阕跪接祗领，叩谢天恩。并献珊瑚念珠一、蓝宝石念珠一、瑚珀念珠一、毛青梭布五十、良马二十。
五世达赖喇嘛朝觐顺治皇帝，清廷册封五世达赖喇嘛和固始汗，是清王朝中央政权早期对西藏乃至整个藏区施政的重要举措，由此明确了清朝中央政府与西藏地方政教势力的领属关系。
【第三节】清廷册封“班禅额尔德尼”，西藏实行噶伦制
一、桑结嘉措与拉藏汗之争
顺治十二年（1655年），固始汗病逝，和硕特部蒙古贵族在西藏的势力急剧下降，格鲁派寺院集团权力日盛。五世达赖喇嘛以其在藏蒙地区的崇高声望和清廷的支持信任，实际上掌握了西藏地方的政教大权。康熙十八年（1679年），五世达赖喇嘛任命他亲手培养起来的桑结嘉措（1653—1705年）为第巴后，与和硕特汗王的矛盾日益尖锐和激化。
康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛在拉萨圆寂，终年66岁。他自受封之后，凭其崇高威望和至高无上的宗教领袖地位，积极配合清朝政府为维护藏蒙地区的社会稳定发挥了其他力量所不能替代的积极作用，深得藏蒙地区民众的信赖和爱戴，亦深得清朝中央政府的信任。正如祈韵士在《皇朝藩部要略》第十七卷中所写，“达赖喇嘛存日，六十年来，塞外不生一事”。五世达赖喇嘛圆寂后，为了稳定局势、避免格鲁派寺院集团势力受损，也为了维护和巩固桑结嘉措自己的权势地位，桑结嘉措封闭消息，秘不发丧，对外宣布五世达赖喇嘛“入定”，除自己外不见任何人，一切事务委托他办理。诸事仍以五世达赖喇嘛名义发号施令，向朝廷奏报情况也以五世达赖喇嘛名义进行。同时，他还暗中与准噶尔的噶尔丹相通，借噶尔丹的力量打击、削弱固始汗继承者的力量，巩固其独揽西藏政教大权的地位。
准噶尔部是漠西厄鲁特蒙古四大部之一。1671年，噶尔丹夺取汗位后即行其扩张政策。1688年起，噶尔丹乘喀尔喀蒙古各部内讧，带兵东侵，占领了漠北。喀尔喀各部请求清廷保护。康熙皇帝赦谕五世达赖喇嘛派员调解。桑结嘉措便以五世达赖喇嘛名义派济隆出使，表面上遵谕劝噶尔丹罢战，暗地里怂恿其南下入侵漠南蒙古。由于漠南蒙区已属清朝政府统下，噶尔丹南侵便成以清廷为敌。康熙皇帝遂派大军征剿噶尔丹。在清军与噶尔丹军战斗之机，桑结嘉措借五世达赖喇嘛之名命青海厄鲁特蒙古部暗中给噶尔丹通风报信，并令青海和硕特部屯兵松潘、河州、西宁等地，意在必要时支援噶尔丹。清军击败噶尔丹后，桑结嘉措为了保全自己，于康熙三十二年（1693年），借五世达赖喇嘛之名上书康熙帝请封。因当时朝廷尚