第一阶段是“马赋差发”的茶马互市阶段。所谓“马赋差发”，就是以赋税的方式在藏区征收马匹。“差发”不同于汉族地区“差役”的是，在藏区所征的马匹，政府以茶交换，而非无偿征收。为确保茶马贸易实行，从洪武五年（1372年）开始，明朝中央便在陕西、甘肃、青海、四川设立茶马司，办理茶马互市事务。据文献记载，明朝先后设置过秦州茶马司（后改为西宁茶马司，迁治所于西宁）、河州茶马司、洮州茶马司、甘肃茶马司、庄浪茶马司、岷州茶马司、永宁茶马司、雅州碉门茶马司。其中西宁、河州、洮州和雅州碉门茶马司为主要茶马贸易机构。明初，每年的易马量较少，一般在数百匹到二三千匹之间，远不及朝廷对马匹的需求。据《明太祖实录》所载，洪武九年（1376年），秦、河二州茶马司易马171匹；洪武十一年（1378年），秦、河二州及庆运、顺龙茶盐马司易马686匹；洪武十二年（1379年），秦、河二州茶马司易马1691匹；洪武十三年（1380年），河州茶马司易马2050匹；洪武十四年（1381年），秦、河二州茶马司易马181匹；洪武十五年（1382年），秦、河、洮三州茶马司及庆远、裕民茶马司易马585匹；洪武十七年（1384年），秦、河二州茶马司易马560匹；洪武十九年（1386年），陕西市马2807匹；洪武二十七年（1394年），秦、河二州茶马司及雅州、碉门茶马司易马240余匹。秦、河、洮三州茶马司的茶叶由汉中和四川供应，“陕西二万六千斤有奇，四川一百万斤”。早在洪武四年（1371年），明朝政府就勘定汉中府等一些地区的茶园株数，规定“每十株官取一分，其民所收茶，官给价买。无主者令守城军士薅培，及时采取，以十分为率，官取八分，军收二分，每五十斤为一包，二包为一引”。
四川的茶叶由四川军民运抵陕西界，交与陕西军夫，再由陕西运往各茶马司。陕茶由产茶大户自行雇人运抵汉中府，由此再运往各茶马司。为严防茶叶走私，控制民间市茶，明初实行了“茶引制”。规定商人买茶百斤需纳钞200文，领取引一道。未领有引者，不得通行。为了满足明廷对马的需求，也为适应藏区对茶叶的需要，洪武十六年（1383年），朱元璋颁旨：“三千户则三户出马一匹，四千户则四户出马一匹，定为土赋，应使其知尊君亲上奉朝廷之礼也。”据此，洪武二十五年（1392年），“尚膳太监而聂、司礼太监度童赉敕谕往河州卫所属番，令其马，以茶给之”，“得马万三百四十余匹”。
由于明朝政府所给予的马赋茶叶数量偏少，如河州茶马司规定：上马每匹给茶40斤，中马30斤，下马20斤，所以茶马互市的数量低而不稳。虽然朝廷严禁茶叶走私，为显示朝廷打击茶叶走私的决心，连驸马都尉欧阳伦也因私易茶马而赐死，但官商合伙走私和民间经营茶叶者依然日益增多。
第二阶段是“金牌信符”的茶马互市阶段。“金牌信符”是明朝在藏区颁发的用来从事茶马互市的凭据。金牌制规定，每3年一次，由朝廷派员，持金牌信符到藏区收纳差发马匹，给予价茶。如有拖欠者，下年催收。如洪武三十年（1397年），曹国公李景隆持符主持茶马互市，用五十余万斤茶叶易马一万三千八百多匹。同时，金牌也规定了藏区各地纳马族的标准要求。“金牌”刻有篆文，上为“皇上圣旨”，左为“令当差发”，右为“不信者斩”。金牌分上下号，“上号藏内府以为契，下号降诸番”，“三岁一遣官令府”。据《明史》卷八十、志第十六《食货》四《茶法》规定：“洮州火把藏、思囊日等族，牌四面，纳马三千五十匹；河州必里卫西番二十九族，牌二十一面，纳马七千七百五匹；西宁曲先、阿端、罕东、安定四卫，巴哇、申中、申藏等族，牌十六面，纳马三千五十匹。”上述各族共纳马约1．38万匹，其通道有二，一出河州，二出碉门。此时的易马茶数亦较之明初大有增加，上等马120斤，中等马70斤，下等马50斤。“金牌制”作为明廷茶马互市政策的重要措施，到了明正统年间已无法继续有效执行，于正统十四年（1449年）正式废止。
第三阶段是“招商中茶”的茶马互市阶段。随着官营茶马贸易的衰落，民间茶马贸易迅速发展。民间茶马贸易司分为商茶和私茶。
商茶是由政府发给引票，按引课税，商人经营。嘉靖元年（1522年）始，由明朝中央政府统一印制引票，按引征税。嘉靖时期，四川黎、雅、碉门是面对藏区的最大茶叶集散地，它几乎覆盖了西藏、青海南部、川西北和甘肃南部的广大藏区。自推行引票制以来，黎、雅、碉门的引额由1万引猛增到3万引，占全川引额的79％，就是说整个四川79％的茶叶销往上述藏族地区。据明代有关史料记载，黎、雅、碉门每年销售的茶叶，包括私茶不少于500万斤。另外，松潘茶市主要供给若尔盖草原、今青海果洛地区和甘南部分地区，年销售茶叶在4000引上下。金牌制终止后，明廷实行“运茶中盐法”“纳马给茶法”“纳粮中茶法”等政策，为商人的边贸活动提供了条