达赖活佛转世系统的形成，为促进藏汉关系发展做出了杰出的贡献。
如前所述，万历六年（1578年），索南嘉措应俺答汗之邀首次来青海期间，与俺答汗在大乘法轮洲寺（仰华寺）互赠尊号，俺答汗赠索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。这个尊号中的“达赖喇嘛”便是藏传佛教史上的首称，是“达赖喇嘛”这个称号的开端。1588年明朝中央接受俺答汗早在万历九年（1581年）五月提出的尊号，册封索南嘉措为“朵儿只唱”，“朵儿只唱”就是俺答汗赠予索南嘉措尊号中“瓦齐尔达喇”，即“金刚持”的藏语译音，这是明朝中央通过授封对达赖喇嘛的正式认可。自此，明代官方文件中便开始使用达赖（答赖）的称呼。
明朝中央封索南嘉措为“朵儿只唱”和正式认可达赖称号，后为清朝中央继承发展，形成了由中央政府册封达赖喇嘛的完整制度。
索南嘉措逝世后，格鲁派寺院集团追认根敦珠巴为第一世达赖喇嘛；追认根敦珠巴的门徒哲蚌寺住持根敦嘉措为第二世达赖喇嘛；索南嘉措是根敦嘉措的转世活佛，为第三世达赖喇嘛。万历十七年（1589年），正值索南嘉措逝世一周年，俺答汗的孙子降生，后被认定为三世达赖喇嘛索南嘉措的转世灵童。万历三十年（1602年），三世达赖喇嘛转世灵童云丹嘉措由西藏三大寺迎请人员和蒙古军队护送进入西藏。1616年，明神宗遣专使索南罗追等人进藏册封云丹嘉措为第四世达赖喇嘛。在此，特将历代达赖喇嘛世系列表如下：
二、“班禅额尔德尼”名号的由来
从1618年藏巴汗彭措南杰推翻一贯支持格鲁派的帕竹政权，到1642年蒙古和硕特部首领固始汗率军推翻藏巴汗政权的这20多年动乱期间，扎什伦布寺住持罗桑却吉坚赞为护教安民、稳定藏区、推翻藏巴汗政权做出了卓越贡献，成为一名关键人物。清顺治二年（1645年），固始汗赠予罗桑却吉坚赞“班禅博克多”尊号。“班”是梵文“班智达”，即对宗教学者的简称；“禅”是藏语大的意思。“班禅”就是大学者之意；“博克多”系蒙语，是对睿智英武人物的尊称。固始汗尊罗桑却吉坚赞为“班禅博克多”，是班禅名号的初始，是班禅名号的最早由来。罗桑却吉坚赞便是第四世班禅。以此前推，后人追认凯珠杰格勒贝桑为第一世班禅，索南乔朗为第二世班禅，恩萨巴·罗桑顿珠为第三世班禅。到了清康熙五十二年，清廷封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”，赐金册金印。“额尔德尼”系满语“珍宝”之意。至此，由中央政府册封的班禅活佛转世制度正式形成。此处亦列历代班禅世系表如下：
第一世根敦珠巴后藏协多达错1391—147484
第二世根敦嘉措后藏达那塞米1475—154268
第三世索南嘉措西藏堆龙德泽噶康萨贡1543—158846
第四世云丹嘉措内蒙古土默特部1589—161628
第五世阿旺·罗桑嘉措琼结秦瓦达则1617—168266
第六世仓央嘉措门地沃域松1683—170624
第七世格桑嘉措四川理塘1708—175750
第八世强白嘉措藏堆托嘉拉日岗1758—180447
第九世隆朵嘉措多康丹却科1805—181511
第十世楚臣嘉措四川理塘1816—183722
第十一世克主嘉措多康木雅喀塔1838—185518
第十二世成烈嘉措娘布沃葛章细1856—187520
第十三世土登嘉措达布朗敦1876—193358
第十四世丹增嘉措青海平安1934—
【第五节】藏区与祖国内地的经济、文化交流
明代，西藏的封建庄园经济得到迅速发展。整个藏区的冶铁、锻铁技术、毛纺技术、手工业和农牧业发展很快。随着经济发展，藏区与祖国内地的经济、文化交流也进入了一个新的历史时期。
一、藏区与内地的茶马互市
明代藏区与内地的经济交往最主要的是“茶马互市”或称“茶马贸易”。这是一种用内地所产的茶叶交换藏区马匹的贸易制度。这种贸易始于唐代，明代发展到兴盛时期。
我国是世界上最早种茶、饮茶的国家。当饮茶风俗传入以牧为主的藏区之后，藏区与祖国内地的交流中，便逐渐形成了以马易茶、购买茶叶的交换活动，开创了茶马贸易的先河。到了明代，在“以茶驭番”的思想指导下，明王朝把茶法、马政当作军国要务，建立起了一套征收、加工、储运和以茶易马的制度机制。明代茶马互市的政策，根据不同时期，大致可分为3个阶段。