另外，敕建藏传佛教寺院，也是明王朝实施“因其俗尚，用僧徒导化”政策的一个重要方面。据《明实录》《西宁志》《西宁府新志》所载，明朝在永乐十年（1412年）到正统七年（1442年）的短短30年中，仅河湟地区赐名或敕建的主要寺院就有10座以上，如弘通寺、永兴寺、弘觉寺、宁番寺、瞿昙寺、华藏寺、大乘寺、崇法寺、觉化寺、弘化寺、隆务寺等。其中，最有代表性的当数乐都瞿昙寺。该寺始建于洪武四年（1371年），洪武二十六年（1393年），创建该寺的僧人三剌向明廷贡马，招抚罕东等部，得到朝廷信任，朝廷赐名瞿昙寺。永乐五年（1407年），三剌侄徒班丹藏卜进京贡马，明成祖派孟太监携巨资扩建瞿昙寺。据记载，明代曾有7个皇帝先后为瞿昙寺下过敕谕、诰命二道，封大国师、国师、都纲各一，颁给大金印一枚、镀金银印一枚、象牙图案二方、钢印一枚。
此外，弘化寺、灵藏寺、隆务寺等寺院僧人都受封过“国师”、“大国师”等封号。
明代在藏区多封众建、尚用僧徒的目的当然在于维护世俗的统治，以有利于明朝中央加强对藏区的统辖，客观上加强了内地与藏区的联系交流，缓和协调了藏传佛教教派之间的矛盾。正如明太祖朱元璋所说，“朕嘉其识天命，不劳师旅，共效职方之贡，已授国师及故国公等为指挥同知等官，皆给诰命。自今为官者务遵朝廷法，抚安一方；僧务敦化导之诚，率民为善，共享太平，永绥福祉，岂不休哉”。
二、藏区地方与明王朝的贡赐关系
藏区地方僧俗首领向明廷纳贡和朝廷对朝贡者的回赐这种贡赐关系始于明初、终于明末，是藏区与中央王朝之间关系密切的重要表现，亦属藏区同内地经济、文化交流的重要形式。
明代，藏区地方僧俗首领的朝贡主要有两大类：一是土特产，氆氇、足力麻、铁里麻、硼砂、左髻、毛缨、酥油、明之甲等；一类是宗教品，画佛、铜佛、铜塔等。明朝前期一般以马入贡为主。朝廷回赐一般分正赏和贡品价赏。正赏数额在明朝前期没有明确规定，像法王、王、大国师等亲自进京朝贡，赏赐是非常丰厚的。明成化之后，朝廷规定了藏区一般僧俗首领进贡的正赏数额。贡品价赏就是贡品的酬值。朝廷对主要贡品都有定价。回赐物主要有金、银、钞、绸缎、茶叶、绢布、袈裟等。从1436年起，银成为国家货币。藏区贡使大多从内地购买回更多的茶叶、瓷器、药材和修建寺院所用的金箔、颜料、乐器等。《明史纪事本末》记载，不少贡使返回时，“金帛器服络绎载道”。可见，贡赐关系同时是一种经济、文化的交流。
明王朝对朝贡和回赐的原则是“厚往薄来”、“宁厚毋薄”，体现着怀柔抚慰的用意。回赐物品的价值一般远大于朝贡物品的价值，通常是3倍，甚至对在朝贡途中的损失也酌情给予补偿。如途中因故死了的贡马，每匹贡马补绢3匹；途中因故死了的骆驼，每峰补3表里、绢4匹。
明时藏区地方的朝贡主要有如下几种：年例朝贡，通常称为例贡。这种朝贡是藏区地方政教首领及其他僧俗势力按照朝廷规定，定期向朝廷进贡的一种必须履行的义务；请职朝贡，有请封朝贡、请袭朝贡、请替朝贡3种，主要是藏区地方僧俗官员向朝廷祈请任职、承袭、替代为目的的朝贡；贺谢朝贡，是遇有朝廷各类庆典的庆贺朝贡和因朝廷褒扬、赏赐或加封后的谢恩性朝贡。此外，还有大量不属上述3种情况的临时朝贡。明代的朝贡并非一切人都可随意进京朝贡，而是有条件、持凭据的。朝贡的主要凭证是朝廷颁赐的印信、诰敕等。地方政教官员和僧俗首领遣使进京朝贡，须持加盖敕封印信的文书。一般法王、王以下者朝贡，须以朝廷所赐的敕谕为凭。明朝中央为接待藏区贡使，专门设立了会同馆，还设四夷馆，负责文字翻译等工作。
明初，朱元璋把朝贡更重要的是看作政治上的臣属关系，规定3年一贡。他说：“古者中国诸侯与天子，比年一小聘，3年一大聘。九州之外，番邦远国，则每世一朝。”
可见3年一贡是参照诸侯于天子3年一大聘而来的，取意政治上的君臣关系。因此，成化年间之前，朝廷采取多贡者不限，有3年一贡的，也有2年一贡的，还有一年一贡或一年两贡的。
由于明廷对藏区朝贡者赏赐格外优厚，进贡者往往名利双收。在“厚往薄来”政策的驱动下，朝贡者人数急剧增加。以阐化王领地的僧人朝贡人数为例，宣德正统年间（1426—1449年）不过三四十人；景泰年间（1450—1456年）人数增加了10倍；天顺年间（1457—1464年），每年达到3000人之多，是宣德正统年间的100倍。贡使人数猛增，使朝廷应接不暇，迫使朝廷整肃朝贡。除重申3年一贡的旧制外，规定一方面准许频繁的贡赐，以满足藏区和朝廷的需要；另一方面限制贡使人数，大族四五人，小族一二人，国师以下不得径自遣人入朝。在明廷对甘肃总兵官宁远、伯任礼的敕命中说：“近者西宁等处番僧喇嘛来朝贡者甚众，沿途军马供给烦劳……今至者惟远方化