户时，因所处之地农牧兼举，地方富庶，止贡派已发展成为一个很有实力的万户，后因多次与萨迦派发生纷争而使其实力受挫。14世纪中叶，止贡又与帕竹发生对抗，被帕竹打败，实力进一步削弱。明王朝建立后，止贡派多次遣使朝贡。洪武十八年（1385年），明朝恢复必力工瓦万户府，止贡派势力遂得以逐渐恢复，永乐帝封止贡噶举派首领为阐教王，说明明朝实行政教合一的政策不同于元朝独尊一派的政策，而是尊崇各派。这对稳定宗教，稳定地区，进而稳定政局起到了积极作用。
永乐十一年（1413年），永乐帝封南渴烈思巴为辅教王。南渴烈思巴是萨迦4个喇让中都却喇让的僧人，系八思巴第五代侄孙。南渴烈思巴被封为辅教王，对本已日益衰落的萨迦派势力是个有力的支持。
为了加强对藏区的统辖，明朝中央政府设置僧司，主官称正、副印，下设左右善世、阐教、讲经、觉义等。地方各府设僧纲司，州设僧正司，县设僧会司，专门掌管宗教事宜。要求“俱选精通经典，戒行端洁者为之”。
运用制度机制推行“因其俗尚，用僧徒化导”的怀柔政策。
三大法王中，得以首封的是噶玛噶举派黑帽系五世活佛却贝桑波，为“大宝法王”。噶玛噶举教派是藏传佛教的一个重要派别，13世纪中叶，其实力已接近萨迦派。因元朝独尊萨迦，噶玛噶举派的发展受到一定限制。噶玛噶举派虽有实力，但没能形成一地一域的地方政权，而是以活佛转世的方式传承发展成为比较庞大的寺院势力。其领袖人物经常游历各地，收徒传法，不断增强势力，增加影响。明朝建立以后，早在洪武八年（1375年），明太祖就特赐噶玛噶举派黑帽系四世活佛乳必多吉以诏书，命各地方官员对噶玛噶举派主寺楚布寺给予保护。永乐帝继位不久，便派遣司礼监少监侯显和僧人智光赴西藏召请却贝桑波活佛。却贝桑波接诏即行，率领几十名僧徒，同侯显等人一同入朝觐见。永乐五年（1407年）初，却贝桑波一行抵达南京。朝廷在灵谷寺内特地“建造了营盘式住地，以利藏人居住习俗，使却贝桑波住地如同在他的西藏住地孜拉冈一样”。
永乐帝还多次赏赐给却贝桑波大量的金银、法器、茶叶、绸缎等，并赐他一套仪仗，称他为“尚师”。同年三月，却贝桑波奉命在灵谷寺大修法事，祈祷明太祖朱元璋夫妇。法事毕，永乐帝即“封尚师哈立麻为万行具足十方最胜圆觉妙智慧善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马”。
次年，却贝桑波辞归返藏，朝廷派侯显护送。从此，却贝桑波便称“得银协巴”（即“如来大宝法王”中“如来”的藏译）。
永乐八年（1410年）九月，明朝中央遣宦官关僧奉诏赴西藏，召请萨迦派领袖昆泽西巴。昆泽西巴就是贡噶扎西，系元代帝师衮噶坚赞之孙，届时已年届花甲。
当时他不顾年迈，应召赴京。永乐十一年（1413年）三月抵达南京，晋谒永乐皇帝，受到隆重接待。同年六月，永乐皇帝“命尚师昆泽西巴为万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国宣教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛领天下释教。赐诰、印并袈裟、幡幢、鞍马、伞盖、法器等物”。
次年初，昆泽西巴辞别西归，朝廷赐仪仗、鞍马、金银、器皿、法器等，并赐藏文版《甘珠尔》等，命朝中官员护送。
永乐十二年（1414年），格鲁派创始人宗喀巴应永乐皇帝召请，派弟子释迦也失进京朝觐。次年（永乐十三年）五月，永乐皇帝封释迦也失为“妙觉圆通慧慈普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命”。
宣德九年（1434年）七月，明宣宗封释迦也失为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普应辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。
（关于格鲁派与明王朝的关系，后文将专题叙述）
除册封法王外，明王朝对藏区进京晋谒或遣使入贡的大小教派僧人，均按其势力大小、宗教造诣深浅、影响如何等实际情况给予册封。以河湟地区为例：永乐十年（1412年），封班丹藏卜为“灌顶净觉弘济大国师”；永乐十六年（1418年），封西宁等地进京朝觐的禅师端岳藏卜为“弘智净觉国师”；封马儿藏为“广济妙净国师”；封思我失星吉为“普济净慈国师”，并皆赐印、诰。
明宣宗时，封宛卜格刺思监藏为“净慈普应大国师”；封仑奔宛卜查失儿监藏为“弘慈广智大国师”；封吒思巴领占为“普觉净修大国师”；封达巴尔坚参为“妙慈通慧大国师”，皆列四品，赐诰命、银印。