明代，是我国藏族地区和中央政府、祖国内地的政治联系、经济交往和文化交流全面快速发展的时期。明王朝上承元代中央政府对藏族地区的直接统辖，下启清代中央政府对藏族地区的一系列行政管辖体制，对藏族地区的社会进程产生过深远影响。明朝主要是通过军政兼摄的都司卫所对藏区进行管理，包括设置乌斯藏、朵甘行都指挥使司及各宣慰司、招讨司、长官司，扶植佛教，册封各级僧人，确立朝贡制度和差发赋役，开展茶马贸易等，确保藏区在行政管理上与明朝中央对整个边疆的管理体制相统一，同时又带有明显的藏区地方特点。
【第一节】明朝治理藏区的行政设置
一、明初对整个藏区统辖权的确立
1368年春，朱元璋在南京称帝，建立明朝。明朝建立之初，明廷就将甘、青、川藏族地区和西藏的统辖问题提上重要议事日程，采取一面和平招抚，一面武力征讨的两手措施，努力使自己的统治向藏区扩展。洪武二年（1369年），明朝首次派遣官员“持诏谕吐蕃”，宣示中央政权更替，大明皇帝成为“天下主”，要求藏区各级僧俗首领归顺新朝。诏谕说：“昔我帝王之治中国，以至德要道民用和睦推及四夷，莫不安靖……比岁以来，胡君失政，四方云扰，群雄纷争，生灵涂炭，朕乃令将率师悉平海内，君民推戴为天下主，国号大明，建元洪武。式我前王之道，用唐黎庶。惟尔吐番邦居西土，今中国一统，恐尚未闻，故兹诏示，使者至吐番（即吐蕃。明代文献称西藏为吐蕃、土蕃、西番等，名称不一）。”
与此同时，明发动大规模的军事征伐行动向西北挺进。洪武三年（1370年）六月，明军攻克河州。河州是西北藏区的重要门户，是元朝吐蕃等处宣慰使司都元帅府府治所在地。明军攻克河州后，当地蒙藏官员和藏族上层慑于军事压力，很快响应“诏谕”，纷纷归附明朝。1370年7月，元朝吐蕃等处宣慰使何锁南普上缴元朝所授的金银牌印而归降明朝。何锁南普此举，有力推动了整个藏区各地的政治宗教势力归附明朝的进程。洪武四年（1371年），明朝设河州卫，下辖积石州千户、贵德州千户，分别管理今青海省循化地区和贵德、尖扎、同仁等地。洪武六年（1373年），设西宁卫，下辖西宁、碾伯、镇海、北川、南川、古鄯等6所千户。1371年，明军进入四川，元朝在阶州、文州、茂州、威州、松潘等地的蒙藏官员相继归降明朝。与此同时，明王朝对乌思藏地区则着力招抚。一面启用降明的元朝陕西行省员外郎许允德持谕由吐蕃十八族及大石门、铁域等地入朵甘、乌思藏进行诏谕活动；一面派僧人克新和通事舍人巩哥索南，分两批先后“往西域诏谕吐番”。
在西藏，明王朝根据实际情况，采取比较主动的政治措施，首先在洪武五年（1372年）按元朝封授的“灌顶国师”旧号，派专使进藏重新册封西藏帕竹政教势力的代表人物释迦坚赞，并赐玉印。表明明王朝上承元制，对帕竹政权在西藏的统治予以认可。洪武六年（1373年），帕竹政权遣使到南京朝贡，据《明太祖实录》载，洪武六年正月，“乌思藏帕木竹巴灌顶国师章阳沙加监藏遣酋长锁南藏卜以佛像、佛书、舍利来贡”。
这是西藏地方势力对明王朝的敕封做出的积极政治反映。1372年到1373年，明王朝主动首封释迦坚赞和帕竹朝贡使者，标志着明朝和帕竹地方政权建立了中央和地方的传统统属关系。
帕木竹巴（简称帕竹）是帕竹噶举派的创始人，法名多吉杰波。他在世时，政治上并无很大影响。13世纪初，出身豪门朗氏家族的僧人扎巴迥乃成为帕竹教派主寺丹萨梯寺的座主。从此，朗氏家族便握有帕竹教权和当地的政务大权。1268年，元朝在乌思藏建立万户级行政机构，帕竹便成为十三万户之一。扎巴仁钦任丹萨梯寺座主后，经元廷允准，亲自兼任万户长，称作喇本。第二任喇本绛曲坚赞因采取轻徭薄赋，优先发展生产的政策，深得辖区民众拥戴。就在帕竹势力稳定发展之时，萨迦政权内部分裂，日渐衰落。帕竹乘势逐渐兼并了雅桑、蔡巴、止贡等万户，于1351年打败了萨迦本钦，接管了西藏地方政权。绛曲坚赞自任第司，从此开始了帕竹政权对西藏的统治。元顺帝时，封绛曲坚赞为“大司徒”，并颁发印信，令其子孙世袭。1364年绛曲坚赞逝世，其侄释迦坚赞继任帕竹第司，元顺帝赐“灌顶国师”。4年后，元朝被明朝取代，释迦坚赞主动与明王朝中央建立了直接的政治联系，归附明朝。
二、明朝在藏区设官封授、任命官员、设置行政和军事机构
明朝首封帕竹释迦坚赞后，元朝在藏区委任的地方官吏相继接受明朝的招抚，纷纷得到明王朝的敕封，归附明朝统辖。洪武六年（1373年）初，萨迦本钦喃迦巴藏卜遣使进京朝贡。同年，喃迦巴藏卜亲自赴南京觐见明太祖。虽然此时萨迦派已失去对西藏地方的实际控制能力，但元代授封的“帝师”影响还广泛存在。喃迦巴藏卜以帝师身份入朝归附入贡，明太祖十分重视，除对喃迦巴藏卜予以重赏外，还封其为“炽盛佛宝国