大都，得到元世祖忽必烈的封赐。次子迦德贝继任万户长后，曾为万户事务七次到祖国内地，受到元朝皇帝的器重。他从内地请了许多工匠到西藏修整寺院，还把内地的刻版印刷技术带回西藏。迦德贝之孙蔡巴·贡噶多吉（1309—1364年），即著名的《红史》作者，从15岁起至43岁担任蔡巴万户长，在位28年。泰定二年（1325年），他17岁前往大都，朝贡元泰定帝也孙铁木尔，得赐白银一大升、黄金饰品、绸缎及银印一颗，并受赐告知蔡巴僧俗官民的诰文。贡噶多吉曾校勘大藏经《甘珠尔》，用金银书写《甘珠尔》260部经典，史称“蔡巴《甘珠尔》”。所著《红史》成书于1363年，叙述吐蕃王朝至元代的藏族历史，介绍汉、蒙、西夏的帝王系统以及印度古代王统世系，特别是对蔡巴寺的历任住持和历辈蔡巴万户的生平事迹记载尤为详尽，对民族文化的继承和交流有过重要贡献。东噶·洛桑赤列先生的《东噶藏学大辞典》称，蔡巴万户长系吐蕃时期松赞干布的重臣禄东赞的后裔。早在南宋淳熙十四年（1187年），该家族的聂尼达玛循奴即成为蔡巴头人，至桑结额朱已历4代。贡噶多吉的曾祖坚赞仁钦（一些资料作仁钦坚赞，也作仁钦嘉），受封元朝官衔，调往朝廷供职，曾被元世祖忽必烈派遣修缮上下吉雪、堆垅、扎多、穹波、嘉曼、艾达年松等处佛殿，忽必烈为之颁发过敕书。仁钦嘉的长子尼玛喜绕出任第六任蔡巴万户长，次子迦德贝继任第七任蔡巴万户长，共任43年，任期最长。
他为蔡巴寺的事宜曾先后7次去内地朝觐元朝皇帝，请来汉族能工巧匠，完成蔡巴寺大殿及其顶部金瓶等的建造工程。
贡噶多吉之子格雷桑布曾受元朝“司徒”的封号。
帕竹万户也是卫藏十三万户中很有实力的万户，该万户长由著名的朗氏家族世袭，最先由帕竹噶举派主寺丹萨梯寺（在今桑日县境内）的京俄举荐，由元朝总制院任命。帕竹万户长多吉贝曾3次到元朝，元朝给他划定以乃东、泽当为中心的万户辖区。据《西藏王臣记》等记载，由于西藏地方上层与元朝的密切交往关系，蒙古族服饰在西藏上层中成为一种时尚，八思巴、恰那多吉兄弟曾穿戴蒙古族衣着，帕竹万户的万户长也常“身穿蒙古服饰，足登蒙古靴”。14世纪中叶，帕竹万户绛曲坚赞（1302—1364年）先后击败雅桑、止贡和萨迦地方势力，建立帕竹地方政权，曾采取减免租息、制定地方法规等政策，下令在各地种植树木，关心民众疾苦和社会公益事业，赢得民众拥护。为使其政权更加巩固，他改革管理体制，将“本钦”易名“第悉”（地方行政长官），设立宗本流官制度，防止各万户各自为政、野心膨胀，并主动接受元中央王朝管辖，争得支持。至正十三年（1353年），绛曲坚赞派扎洛瓦·喜饶扎西携带四爪齐全的狮子皮等贡品入朝，元帝封绛曲坚赞为“大司徒”，赐给他世代执掌西藏地方政权的诏册和印信。
至正二十一年（1361年），绛曲坚赞还带病陪同元朝来藏的宣旨钦差，前往后藏地区，敦请帝师孛南洛追赴京，表示了对元中央政府的衷心拥护。
达垅也是卫藏十三万户之一。达垅噶举派由达垅塘巴·扎希贝（1142—1210年）在藏北建于1180年的达垅寺发展形成。达垅寺的第三任堪布桑结雅均喜饶喇嘛曾与八思巴关系亲密，其侄芒噶拉古如在八思巴支持下继任达垅寺堪布，曾接受过忽必烈赏赐的黄金。
此外，噶举派其他派系的一些上师也与元朝有过联系，有的甚至去京师为皇帝传法。如主巴噶举派的邬坚巴·仁钦贝曾于至元二十九年（1292年）受元世祖忽必烈召请，以63岁高龄到大都，为忽必烈做时轮金刚曼陀罗灌顶。
二、与宁玛、觉囊等派的关系
东噶·洛桑赤列的《论西藏政教合一制度》中说，八思巴被封为帝师后，忽必烈打算下令在全国藏区禁止信奉除萨迦派教法以外的其他各派教法。八思巴就此向忽必烈谏言：“西藏各教派虽然教法有所不同，但除本教之外，全部属于佛教一门，并无差别。倘若不许各派自愿奉行其教法，不仅有损汗王陛下的国政及声威，对我们萨迦派亦无助益。所以，请准许各教派有按其自愿奉行教法的权利。”
从忽必烈开始到历代元朝帝王，在对待藏传佛教各教派的态度上，基本上采纳了八思巴的建议，采取基本平等相待的政策，除帝师由萨迦派高僧担任外，其他方面对各派并不排斥，防止了过分的重此轻彼，对一些有影响的他派高僧同样给予高度重视，进行封授赐赏。这种平等的宗教政策对于密切与各派及其所代表的政治势力和信仰群体的关系，稳定整个藏区社会，起到了积极作用。
宁玛派僧人与元朝接触的也不少。其中，释迦沃是该派续部修法的重要传人，他出生于西藏邬巴垅地方的苏尔家族，精通宁玛派密法，曾派弟子梅梨往见忽必烈，应请向忽必烈传授杀戮、驱逐、勾召之法。为此，忽必烈向释迦沃和其兄释迦军颁金字诏书，赐白银一升，供他们生活、念经。忽必烈听说后藏有座名叫多杰蔡登的山岩，内有长寿