噶玛拔希去世后，于后藏贡塘（今西藏吉隆）出生的攘迥多吉（1284—1339年）被认作他的转世，为黑帽系第三世活佛。攘迥多吉在其前世的弟子邬坚巴等人指导下，悉心修学佛法经论，18岁受比丘戒后，成为很有影响的人物。至元十八年（1281年），萨迦派和止贡噶举派由于止贡寺法座继承人的人选问题发生纠纷。至元二十二年（1285年），止贡噶举派引来西蒙古军队攻打萨迦寺。至元二十八年，忽必烈派其孙铁木儿不花领兵入藏支持萨迦派，击败西蒙古军队，焚毁了止贡寺。
藏史称这一事件为“止贡林洛”。经过这次战乱，止贡、帕竹噶举派势力削弱，噶玛噶举派成为噶举派中更有势力者，加之攘迥多吉在西藏佛学界的声望，遂引起元王朝的重视。至顺三年（1332年），元文宗图贴睦尔派丞相衮布仓携诏书、金印和礼品入藏迎请攘迥多吉和萨迦·贡噶坚赞进京，并命宣政院下令乌斯藏各地高僧和首领协助金字使臣完成迎请噶玛上师的使命。攘迥多吉欣然从命，于翌年八月赶到京兆府（西安）。皇太子阿剌忒纳奉他为上师，并为之建寺。九月，抵大都（北京），受到新即位的元宁宗懿璘质班和大臣们的供养。他曾给元宁宗和宁宗皇后进行密宗灌顶。年底，宁宗夭亡，攘迥多吉出面调停皇室中的权力之争。元统元年（1333年）元顺宗妥灌性帖睦尔即位后，授给他“圆通诸法性空噶玛巴”的封号，赐国师玉印和金字圆符，并给其亲传弟子丁增桑布和格迥钦波授“司徒”名号。同时重赏楚布寺和工布等地其他寺院，资助重印《大藏经》，并命在楚布寺兴建元文宗的影堂。翌年，攘迥多吉一行经五台山、宁夏等地返藏。后至元二年（1336）八月，攘迥多吉再次奉元顺帝之召进京，于第二年四月抵大都。直到至元五年（1339年）六月病逝于大都，在京活动生活两年多。期间，他与元顺帝君臣关系友好，为之灌顶传法；曾阻止了禁佛的议论，争取到资金修缮了原有佛殿；在大都、临洮等地兴建了一些噶举派寺院，进一步扩大了该派影响；经过他的努力，元朝向止贡、帕竹噶举派的法位继承人赐予玉印，充分表现了他和噶举派对元朝王室的影响力。攘迥多吉的弟子扎巴僧格（1283—1349年）曾得到元朝帝室成员赐给的一顶红色僧帽，从而形成噶玛噶举派的红帽系。攘迥多吉去世后，遗体在大都火化，妥灌性帖睦尔亲自供养其舍利，后运回楚布寺建塔保存，并塑等身金像纪念。应该说，他是噶玛噶举派中在内地活动时间最长、最有影响的高僧，对于加强藏区与祖国内地的联系起过重要作用。
继攘迥多吉之后，黑帽系第四世活佛乳必多吉（1340—1383年）也与元朝有过密切联系。乳必多吉是西藏昌都地区的阿拉邦嘎地方人，1357年受近圆戒后住持楚布寺寺务。是年，元顺帝妥灌性帖睦尔派专使入藏，请他去大都。第二年，他同元朝使臣一起取道青海去大都。在青海，他曾传教于西纳寺、夏宗寺等寺院，向时年3岁的宗喀巴授戒赐名。后从青海转往甘肃临洮，在那里滞留半月之久。再从临洮由元廷派来的骑士、车辆接迎，经宁夏等地至大都皇宫。蔡巴·贡噶多吉的《红史》说他共经过了47个驿站，沿途调解了许多纠纷，“他在两年里，曾写了一百二十七封调解信，平息了所有的大小纠纷”。由于他的调解，使地方得到安宁，受到人们的拥护，“各地纷纷送来礼品，其中有马七百多匹，金子二千多两，砖茶五百块及银子、虎豹皮、犏牛皮、黄牛皮、绸缎等”。乳必多吉于1360年到大都后，曾向元顺帝父子传授金刚瑜伽母加持引导法、那若六法、大手印法、三身解脱法等，也为其他大臣、僧俗民众随愿讲授显密佛法。《红史》详细记载说，乳必多吉在元廷受到很高礼遇，获得大批赐物，“皇帝赐给法王持律兴教大元国师之水晶印，并派第本官却坚赞到西藏宣布大赦罪犯之水晶诏书”，皇帝还明确允许僧人“不必对皇帝跪拜”，命令“修缮各地毁坏之寺院”，“还将皇太子的印盒和大红毛毯都赐给法王”。
1361年农历五月七日，他到晋州住夏避暑，皇帝“赐给他一百匹骡马、五十匹乘骑及夏天所需物品，同时还派遣三名官员侍奉”。乳必多吉先后在祖国内地活动3年，然后于1362年返藏，途经甘肃、青海，再经朵康南部的巴塘、工布、杂日等地，共历10年，最后于1383年圆寂于工布肖卡，遗体火化后骨灰舍利请回楚布寺供放。
除噶玛噶举派外，蔡巴、帕竹、达垅、主巴等噶举派系也都与元朝有过联系。
蔡巴是元朝在卫藏划分的十三万户之一。早在至元五年（1268年），该家族的桑结额朱被元朝封为万户长。桑结额朱之子仁钦坚赞继任万户长后，曾亲往大都向忽必烈朝贡。忽必烈扩大蔡巴万户的封地，将拉萨河流域、堆垅、塔布以及山南的琼结等地都划归蔡巴万户管辖，赐给仁钦坚赞金印和诰命。
蔡巴万户实行典型的政教合一体制，万户直接控制教派，它的强大势力使蔡巴噶举派也成为受到元朝特别看重优待的教派。仁钦坚赞有三子，长子尼玛喜饶出家，作为八思巴的侍从到过