查、喇嘛的封赐、驻军的戍守征讨等，宣政院均予参决。按元朝政府规定，“选任吐蕃地方的文武官员和宣政院本部门的官员，中书省可与宣政院同奏。若遇吐蕃之地‘有大征伐’军务者，宣政院又可‘会枢密院议之’”。
宣政院的用人原则是“僧俗并用”，院使多由中书省长官或帝师担任，正使以下，经帝师推荐，以僧为副使，“帅臣以下亦必僧俗并用”。这种治藏机构，极具特色，为后来中央王朝对西藏的施政提供了借鉴。
（三）功德使司
也称都功德使司，这是元朝依照唐朝建立的一个僧务机构。唐朝始创于天宝末期，下辖左右街僧录司，管理天下僧尼事务。元朝于至元十七年（1280年）三月设立，“掌奏帝师所统僧人并吐蕃军民等事”。主要官员称功德使，秩从三品，多由宣政院使或帝师兼领。至元元年总制院设立后，元朝一度在朵甘思、朵思麻等吐蕃地区用兵，总制院管理藏区政教事务所涉及的范围和规模不断扩大，尤其俗世行政事务增加，行政职能不断突出，管理佛教的功能相对减弱。针对这种情况，元朝设功德使司，代理帝师处理宗教事务，为皇帝决策服务。因此，功德使司设立后，其主要职能一是组织建寺祀佛，处理修设佛事方面的事务，主管法会、醮祠、经书印刷等；二是奏请释囚，功德使以佛事向皇帝奏请释放囚犯，加强佛教的影响力。
功德使司下有功德司。大德以来，元朝在各路相继设立的功德司多达五百多所，管理祀祭祝嫠里、念佛诵经活动。后因整个形势的变化，为减少机构重叠和经费开支，于天历二年（1329年）罢功德使司归宣政院，由宣政院主领醮祠佛事等事务。功德使司废除后，元朝曾于至顺二年（1331年）二月，在各路设立广教总管府，作为功德使司被罢后的替代性机构，以掌管僧尼之政，或政教通管，以僧务为主，凡十六所，秩正三品，府设达鲁花赤、总管、同知府事、判官各一员，由宣政院选派官员，总管由僧人出任。功德使司存在了近半个世纪，为巩固元朝统治、协助对藏族地区施政方面起过一定作用。
（四）地方僧署
元朝在各地设立的地方性僧务机构有僧录司、僧正司、都纲司等。这些机构的设置因袭了全国的制度，与元朝的路、府、州、县的行政体制基本相适应，即路设僧录司，州设僧正司，府设都纲司。僧录司有僧录、僧判，僧正司有僧正，都纲司有正副都纲，均由僧人担任。这些僧官“主掌教门，护持佛法”，管理一般的宗教事务，兼管诉讼审决，维持地方秩序。后因僧侣“设官统治，权抗有司，扰乱政事”，于元仁宗时，诏罢僧道衙门，不再设立僧录等机构。到明代，朱元璋效法金、元之制，于洪武七年（1374年）设都纲之职，为统制天下佛刹的佛教总长。洪武十五年（1382年），设置僧录司，将都纲降为府一级的僧司长官，各府卫设僧纲司，有正副都纲各一员，都纲从九品，掌管本府僧务。如今青海省乐都县瞿昙寺的开创僧三罗喇嘛桑杰扎西，因招抚罕东诸卫之功，于明洪武二十二年（1389年）被朱元璋召至京城，尊为上师，封为西宁僧纲司都纲，成为西宁卫的宗教首领。
二、著名藏族僧职人员
元朝为加强对藏族地区的统治，曾起用不少藏族名僧，这些人任职京师，为促进祖国内地与藏区的联系，促进汉藏文化交流起过重要作用。