各宣慰使司都元帅府设有元帅、同知、副使、经历（内政官）、镇抚（地方守卫官）、捕盗司官等官职，并有一定数量的蒙古驻军。在其辖区内，军民通摄，不仅管理民政，同时兼管军务。宣慰使司都元帅府名义上是在萨迦政权之下，但实际上萨迦政权是一个具有象征意义的全藏政权，由于地理分割、交通条件限制等原因，对卫藏地区以外的藏区所行使的行政管理权是十分有限和松散的，真正实权在宣慰使司都元帅府，直属于宣政院。在吐蕃等处、等路两个宣慰使司都元帅府的辖区内，紧临内地的一些地方设“流官”，分别由陕西、四川两个行省任命或罢免；对藏族聚居区，元朝设有宣慰使、安抚使、招讨使、万户、千户等官职，负责管理当地的军政事务。万户以上官员，均由宣政院或帝师提名，由皇帝委任。各级官员僧俗并用，成为后来西藏政教合一地方封建政权沿用的定制，形成一种特定的组织形式。
元朝在藏区的基层行政单位是“万户府”、“千户所”、“百户”、“达果”（达果直译是“马头”，辖50户）。这是元朝在藏区全面清查户口和土地面积基础上，对原地方割据势力及其内部结构的一种改编，即承认它们继续拥有对所辖地域和其属民的领有权，冠以“万户”等新的名号，封其首领以“万户长”、“千户长”、“百户长”等职衔。当时，由元朝中央授权萨迦本钦释迦桑布任命的13个万户，前藏地区6个，即雅桑、帕竹、达垅、蔡巴、止贡、嘉玛；后藏地区6个，即拉堆绛、拉堆洛、萨迦、香、曲弥、夏鲁；卫藏之间一个万户，即羊卓万户。十三万户中，以萨迦万户为首，管理十三万户的萨迦本钦，必须由萨迦帝师推荐，由中央任命。每个万户必须缴纳规定的贡物。
上述十三万户，主要在卫藏地区，在吐蕃等处、等路宣慰使司下也有万户设置，但缺乏全面记载。据《安多政教史》，今青海湟中县西纳川的西纳家族在元代显赫一时，该家族迁自康区的包波岗地方（今四川甘孜一带），家族中的西纳格西学经于西藏萨迦寺，学成后投拜成吉思汗，得到赏识留用；出生于该家族的西纳则觉被拖雷收养为义子；还有西纳堪布在忽必烈属下供职，曾奉命陪护八思巴回藏受戒，为八思巴与忽必烈亲密关系的建立多有贡献，受到忽必烈的赞誉和赏赐。这些都说明西纳家族与蒙古王室建立了密切关系，特别是促使王室与西藏萨迦派上层的进一步结合，将萨班和阔端两人开创的西藏地方与中央在政治、经济、文化、思想上的联系推向新的高度。此后，忽必烈将青海宗喀地方赐给西纳家族作为管辖地，其范围包括今湟中、平安、贵德等县，并与八思巴各赐珍珠诏书一份，委任西纳堪布为宣政院使，具有很高的政治和宗教地位。除西纳堪布受封外，该家族的“西纳则觉受封为大丞相；罗哲贝桑受封为总统，并赐有大司空的金印；贝觉桑布被封为（宣政院的）同知；米钦那摩太被封为掌管皇帝灵庙御像之官员”。后来，又赐给管辖青海宗喀河湟地区的“西纳贝本三道虎头牌，封为宗喀地方的万户。蒙古王室的后代还与西纳家族的后代互相通婚”。
此外，在青海今黄南地区设有必里万户府等，“藏区中大一些的部落，如青海果洛、玉树等处都自称得到过元、明时万户封职”。
元朝还设立过其他管理藏区的官职。忽必烈称帝后，将藏族地区和西夏故地封赐给其第七子奥鲁赤，封号“西平王”。奥鲁赤之子八的麻的加袭西平王后，又分出一块封地给其兄弟铁木儿不花为“镇西武靖王”，这一系统长期为藏族地区的领主。
综上所述，元朝管理藏族地区的行政机构体系，形成皇帝—总制院（宣政院）—萨迦政权—宣慰使司都元帅府—万户长—千户长—百户长—达果等8个层级。
这样，从形式到实质，把藏区原来的各割据势力及其属民完全纳入元朝在藏区建立的行政体系架构之中，将他们变为元朝的“臣民”，标志着各地方势力拥有的地域大小或属民的多少，由元朝政府及其所属的萨迦政权认可和决定，其管事人员被改编为元朝政府的一级行政官员，须经官府认可和任命。从而，任何未经官方认可而获取土地、民户及官衔爵位，均为非法和无效。在实际运作中，尽管维持了各地方首领原有的社会地位，千户长、百户长及其以下头目的操控权实际掌握在万户长们的手中，但主要首领的任命须经政府这一法律程序，体现了元朝对藏区的主权和控制，实践中承认和保留他们既有利益的做法，维持了人们之间原有的利益格局，避免了不必要的社会震荡。
三、清查户口、土地，制定贡赋制度
蒙古汗国对藏区基本情况的考察始于多达那波率兵入藏，当时他初步考察了宗教信仰状况和资源情况。南宋宝佑社元年（1253年），蒙哥即汗位。次年，蒙哥派使臣入藏，时居凉州的八思巴派两位僧人和其他随员，共同考察卫藏地区的人口资源状况，在此基础上初步搞清了各教派的分布及其势力范围。南宋景定元年（1260年），忽必烈即帝位当年，派遣以答失蛮（达门）为首的官员到西藏，清查西藏和沿途各地户口，设置驿站，规定贡赋的