一、建立萨迦政权，管理全藏事务
西藏纳入元王朝管理初期，各教派和地方势力投靠蒙古各王子，一度处于分治局面，如蒙哥汗管理止贡派，忽必烈管领蔡巴噶举派，王子旭烈兀管理帕竹派，王子阿里不哥管理达陇地噶举派。1251年，拖雷之子蒙哥即汗位，把汉藏广大地区划给他的弟弟忽必烈统管。1260年，忽必烈登上汗位后，仿照中原传统治国模式建立元朝政权。在治藏策略方面，忽必烈承袭阔端的做法，并因与八思巴建立的特殊关系，将西藏萨迦昆氏家族和藏传佛教萨迦派抬高到所有其他家族及教派之上，正式确定其为元朝中央政府在西藏的法定代理人，建立萨迦地方政权，代表中央王朝，以管理众多原来互不统属的地方割据势力，从而形成中央政府、西藏萨迦政权和各地家族或教派势力的三级行政管理结构体系。继而“因其俗而柔其人，乃郡县吐蕃之地，设官分职，而领之于帝师”，将藏区整合为一个统一体进行控制。为了让各地方势力臣服萨迦政权，元朝统治者多次采取军事措施，以武力威慑，维护萨迦政权的权威和行政运行。1265年，八思巴和恰那多吉从大都（今北京）返藏初创萨迦政权时，忽必烈派长子真金率军护送直抵萨迦；1268年，忽必烈准备攻打南宋，率军前往大理，途经川西北地区时，派兵平息了卫藏地区不服萨迦统治的地方势力制造的动乱；1276年，八思巴第二次返藏料理藏区事务时，忽必烈又派皇子铁木儿不花率军护送进藏；1280年八思巴在西藏暴卒后，元廷于次年派宣政院院使、安多藏族人桑哥率军入藏，拘杀了与八思巴不睦的萨迦本钦贡噶桑波（元廷怀疑他毒杀了八思巴），并自此开始在西藏长期屯驻军队；1291年，当止贡派引来西蒙古旭烈兀（一说海都）的军队企图推翻萨迦政权时，忽必烈又派皇子铁木儿不花率军击败西蒙古和止贡派的联军，彻底平息了史称“止贡林洛”（止贡寺之乱）的反叛事件。如此等等，在元朝中央政府政治、军事上的强力支持下，萨迦派才独占鳌头，使萨迦政权在地方势力林立的西藏维持了近百年的行政管理。
二、设府置官，调整区划
元朝除了通过政治、军事手段支持萨迦派，削弱其他教派和地方势力，维护萨迦地方政权的行政管理外，还从中央到地方设置相应的行政管理机构，并调整行政区划，完善行政管理体系，强化对整个藏区的控制能力。1264年，元廷从上都（今内蒙古自治区多伦）迁址大都后，设置“释教总制院”，专管全国佛教和藏区事务，内设院使、同知、副使、参议等官职，八思巴首领“总制院事”。1288年，元廷将总制院升级，更名为“宣政院”，成为与中央最高权力机构中书省、枢密院、御史台平行的行政机构。宣政院具有双重职能，即管理全国佛教事务，又直接管辖藏区的军政、民政、财政，代表中央管理西蕃宣慰司的军民、财谷，因其位置重要，用人奏事可直通皇帝，不必经中书省。同时，将整个藏族地区按照传统的3个大的地理范围，划分为3个行政区划单位，设置3个“宣慰使司都元帅府”，简称“宣慰司”，分别进行管理，这就是：
（一）吐蕃等处宣慰使司都元帅府。管辖范围相当于安多（即朵思麻，或译朵麦）地区，包括今甘肃南部、青海大部以及四川西北部阿坝藏族自治州等藏族地区，下辖机构有脱思麻路军民万户府、西夏中兴河州等处军民总管府、洮州元帅府、十八族元帅府、积石州元帅府、礼店文州蒙古汉军西蕃军民元帅府、吐蕃等处招讨使司、松潘宕叠威茂州等处军民安抚使司等。
（二）吐蕃等路宣慰使司都元帅府。管辖范围相当于康巴（即朵甘思，或译多康）地区，包括今四川省甘孜州和阿坝州的部分地区、西藏昌都地区、云南迪庆和青海玉树地区。下辖机构有朵甘思田地里管民都元帅府、剌马儿刚等处招讨使司、奔不田地里招讨使、奔不儿亦思刚百姓、碉门鱼通黎雅长河西宁远等处军民安抚司、六番招讨使司、天全招讨使司、长河西里管军招讨使司、朵甘思招讨使司。
（三）乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府。管辖范围即卫藏和阿里地区，包括今除昌都以外的西藏自治区全境以及拉达克、不丹、列城等地区。下属机构有乌思藏宣慰司下辖的萨迦本钦、分管一方的万户长以及宣慰司内部的各级官员等职官系统，另有乌思藏管蒙古军都元帅府、担里管军招讨使司、乌思藏等处转运使司等。