藏传佛教中除了宁玛、噶举、格鲁等大教派外，还有一些规模较小的教派。这些小教派在藏传佛教史上具有一定的影响，这些教派中也出过不少古今闻名的佛教大师。其中有些教派，一直传承到当代，仍保持着自身教法的特色。一些教派虽然消失了，但其教法为其他教派继承而得以延续。
一、觉囊派
觉囊派的历史十分悠久，起源于藏传佛教后弘期的开始阶段，即公元十一世纪。域摩·弥觉多杰，生活于公元十一世纪，他是觉囊派的始祖，他创立了”中观他空见”，即认为世间一切事物都具有永恒不变的真实体性，是绝对存在的，只是人们由于认识上的错误，以本体为空，故事物的性空只能是”他空”，而不是”自空”。要认识这种事物本体的真实性，必须修学时轮金刚密法，通过长期的修炼，才能破除错误的认识。他将中观他空见与时轮金刚的修炼方法给合起来，创立了他空见理论和修炼体系，为觉囊派的形成奠定了基础。
作为一个教派，觉囊派形成于弥觉多杰的五传弟子衮邦·突结尊追（1243—1313年）时期，他曾在萨迦等寺院学习，后获得卓译师所传时轮密法灌顶、注释续、时轮六支瑜伽的修炼法门等，并经实修而获得成就。《觉囊派教法史》中讲他运气时，力大无比，甚至十人合力也不能按住他的一只手，而同屋之人，有的不堪其冷，有的不堪其热，整个屋室随其所运之气而颤动。①后受邀赴拉孜东北处的觉摩囊修行地，在这里扩建觉囊寺，这一教派因此而得名觉囊。他在寺院里主要讲授时轮密法，将一直口耳相传的收摄、禅定、运气、持气、随念、三摩地等时轮金刚的六支加行修炼方法首先用文字记录下来，取名《续部要义本释》，使六支加行在藏传佛教中得以传播，并成为觉囊派主要的密宗修炼法门。
觉囊派的兴盛是在笃补巴·喜饶坚赞（1290—1361）时期，他出生于西藏阿里笃补地方的班仓家族。十一岁出家。十六岁时拜在阿里传教的萨迦派高僧吉敦·加央扎巴为师，系统学习了《现观庄严论》、《入菩萨行论》等显宗经文和多种密法。二十二岁受比丘戒。三十岁时他前往觉囊寺，向当时的座主克尊·永丹嘉措全面学习了时轮密法，并如法修持，获得证悟。三十五岁时，他升任觉囊派座主，直至七十岁去世，共主持寺务达三十五年。任职期间，日夜勤劳，讲法、著述不止，将觉囊派的他空见理论进一步系统化，建立了他空见理论体系。为此著有《山法了义海论》、《山法海论科判》、《第四结集》等佛学著作，广引《华严经》等佛教大乘经论，阐发他空见教义，使他空见理论趋于完善，首次有了以经论为依据的解说，不啻是此派理论的真正创始人。《山法了义海论》等为觉囊派僧人必修的著作，觉囊寺以讲授他空见和时轮密法而名噪一时。笃补巴弟子众多，使觉囊派教法得到弘传。各派人物纷纷赴觉囊寺拜觉囊派高僧为师学习，如宗喀巴曾师从笃补巴的弟子乔列南杰学习时轮金刚密法，从聂琬巴·贡噶贝学习《现观庄严论》。觉囊派在笃补巴师徒时期经过一段兴旺后，至公元十五世纪初叶，由于缺乏有力的地方势力的支持，本派无大的影响人物出现，加之”他空见”遭到其他教派的非议，觉囊派渐趋消沉。
公元十六世纪末叶，觉囊派出现了一位著名的佛教大师——多罗那它（1575—1635），使觉囊派又一度中兴。多罗那它出生于前藏地区，四岁时被认定为觉囊派座主贡噶卓却的再次转世，迎人觉囊寺坐床。八岁时举行出家仪式，起名贡噶宁布扎西坚赞。他先后拜师系统学习了觉囊派的他空见理论、时轮密法，萨迦祖师的著作及道果法，噶举派的大手印法，噶当派的经论等，以及梵文、语言文学等藏传佛教文化知识，其学问渊博而精深，是当时西藏佛教界公认的著名学者。二十一岁时，他根据梦中的提示，给自己起名”多罗那它”（梵语，意译为”解脱怙主”），自此多罗那它成为他最通用的名字。1599年，多罗那它担任觉囊寺座主。多罗那它声望日著，与后藏的藏巴汗政权之间关系密切，多罗那它曾言他与藏巴汗之间是同心同德，获得了藏巴汗政权的支持，给觉囊寺划拨了庄园、属民，使觉囊派寺院经济势力大增。1615年，在藏巴汗政权的支持下，多罗那它在觉囊寺附近主持兴建了达丹丹曲林寺，修建了二十多座殿堂，僧舍百余间。并请来尼泊尔工匠，制作了许多精美的佛像，其中无量光佛金像约一层楼高，凡所建像、塔无不造型庄严，工艺精湛。还耗金千余两，用金汁抄写了全部的《甘珠尔》和《丹珠尔》。寺院建成后，僧人剧增，最盛时达二千五百人，成为整个觉囊派的主寺。
多罗那它著作宏富，共有三百八十一种论著，包括经论注释、密法修炼法门、历史、人物传、寺院志、语言学等多种，其中《印度佛教史》受到学界的重视，是研究印度佛教史的重要参考资料。
多罗那它时期觉囊派有振兴的气象，但多罗那它去世后，觉囊派兴盛的局面未能维持多久。原因是西藏的政局发生了变化，藏巴汗政权被格鲁派取而代之，觉囊派失去了一个强有力的靠山，再加之格鲁派