郭莽扎仓，出任过该扎仓的堪布，所以康藏地区的藏族群众习惯把扎西旗寺，称为”安多扎西郭莽”（意为安多地区的吉祥多门院）。拉卡楞寺先后建立了闻思学院、续部下学院、时轮学院、医药学院、喜金刚学院、续部上学院六大扎仓，为安多地区规模最大的藏传佛教寺院。
格鲁派在安多的著名寺院还有青海互助的佑宁寺（即郭隆强巴林）、大通的广惠寺（即甘丹当却林）、同仁的隆务寺、化隆的夏琼寺和甘肃卓尼的禅定寺等。
四、格鲁派寺院教育
宗喀巴师徒们所创建的格鲁派，教法体系鲜明，戒律严格，随着寺院规模和数量的不断扩大，逐渐形成一套完备的寺院教育体系，培养出了无数位藏传佛教高僧大德，在近世的藏传佛教发展中起着举足轻重的作用。
1．扎仓的设立
扎仓，意译为”僧院”，是寺院中最主要的学经单位，相当于大学里的学院。一般大的寺院有好几个扎仓，小寺院只有一个扎仓。扎仓组织实施僧人的学习、学位考辩、班级升降等事务。格鲁派的第一座寺院——甘丹寺中扎仓的设立，是在克珠杰担任甘丹赤巴期间，当时任命了四位讲法导师，分四扎仓开展学经活动，后来四个合并成为绛孜和夏孜两大扎仓。在扎仓之下又根据僧人的来源地设有康村和密村两级组织。如甘丹寺的绛孜扎仓就有十二个康村，其中四个康村下又设有十七个密村。每个康村和密村都有自己的集会房屋，此房屋称作”吉康”或”杜康”，内存有属于本康村或本密村的僧人名册，吉康旁设有僧人暂时存放食物的”绒康”和库房，周围则为僧人的僧舍。凡康村、密村集会均在吉康举行。
扎仓一般主要由堪布负责，在堪布之下设有格贵（掌堂师）、翁则（领经师）等职，来协助管理寺院的各项事务。扎仓中各职位的产生办法及要求不一，如以色拉寺为例，色拉寺中杰巴扎仓的堪布必须由卸任的夏季格贵充任，而夏季格贵又必须由学问好的格西担当；麦巴扎仓的堪布只能由取得名次的拉然巴格西充任；俄巴扎仓的堪布则由修完”金科”（金刚坛城）经，又当过俄巴扎仓格贵的、学问最好者担任；堪布任期为七年。⑨
宗喀巴强调学僧先显后密的学经程序，不但把显宗引入了正常的、有序的教育轨道，而且也为密宗的规范化教育奠定了基础，在宗喀巴去世不久便陆续建立了格鲁派专门修习密宗的场所——上、下密院（举堆扎仓和举麦扎仓）。上下密院的僧人来源有两种：一种是在拉萨三大寺学完显宗经典并在拉萨大昭寺正月举行的大祈愿法会取得格西学位者；一种是直接来学习密教经典者。对前者习惯上称为”佐仁巴”（意为修习圆满次第者），对后者称为”吉仁巴”（意为修习生起次第者）。藏传佛教密宗修习的内容主要注重于无上瑜伽密中的五部金刚大法，即《大威德金刚》、《胜乐金刚》、《时轮金刚》、《密集金刚》、《喜金刚》，在多数密院中又多以五部金刚大法中的《密集》、《胜乐》、《大威德》为主，比如拉萨上下密院的僧侣主修《密集》、《胜乐》、《大威德》三部密法，学僧在导师的指导下按部就班地学习背诵经典，掌握经典要义，然后再根据个人的根器与爱好专修某一种密法。
时轮金刚为密宗五大金刚之一，在著名的格鲁派六大寺院中只有拉卜楞寺和塔儿寺设有专门的时轮扎仓，其他寺院虽未建立时轮扎仓，但并不乏修习时轮者。”时轮”的内涵极为丰富，时轮既是本尊佛名，又指时轮历算和相关的时轮密法。因此，时轮学院中又讲习天文历算学。
密宗重视气脉理论的研习，与医学有着密切的关系，因之密宗学院也重视医理的传承研究，甚至建立了密宗与医学结合修习的扎仓。如拉卜楞寺曼巴扎仓和塔儿寺曼巴扎仓的建立，使藏医学在寺庙教育中占有了一定的地位，并且建立了一整套学修制度和教学体系。1763年，第二世嘉木样在拉卜楞寺创建了时轮学院，除让该学院的绝大多数僧人主修天文历算外，还抽少数僧人组成一个班，专修藏医学和密宗。后来僧人逐渐增多，于1782年仿照拉萨药王山医学院的规章、修习仪轨筹建了专习医学的曼巴扎仓，1784．年建成，取名”曼巴扎仓索日显陪林”（意为医药学院医方明利他洲）。该院设初、中、高三个学级，并兼设门诊部和制药厂。⑩除了僧人必须学习的宗教典籍外，主要学习玉妥·云丹贡布著的《四部医典》，及《晶珠本草》、《月王药诊》等著作。
2．五部大论
格鲁派显密并重，尤其注重显密宗大论的学习，认为只有学通这些大论，才能对整个佛学体系有所把握。显宗扎仓的课程分为五大部分，即因明学、般若学、中观学、俱舍学和戒律学。虽然在格鲁教派的众多寺院中都以五部大论为主要学习内容，但在班级、学制、学习课程的设置上都存在着一定的差别。
（1）因明部，因明，即佛教逻辑学和认识论。主修印度法称（公元七世纪人）的《释量论》，该书为法称因明七论之一，共分四品，即为自比量品、成量品、现量品、为他比量品，是对陈那（公元五六世纪的人）所著