萨迦派从十一世纪创派以来，一直流传到现在。十三世纪中叶到十四世纪中叶，近一百年时间中，萨迦派在蒙古汗国和元朝的扶持下，在西藏建立了地方政权，开政教合一之先河。萨迦派因此在藏族史上占有重要地位。
萨迦派是一个家族性的教派，其领袖人物一直都出自于昆氏家族，家族与教派是同命运、共进退。《萨迦世系史》讲昆氏起源于天，是光明天神的后代。其先祖雅邦杰时，抢占了妖魔的妻子，后生下一子，起名昆坝吉（意译为”仇中生”），他的后裔以昆（仇恨）为姓氏。藏传佛教界中认为昆氏家族深受菩萨的眷顾，出现过多位菩萨的化身。赤松德赞时期，第一批出家的”七试人”中有昆氏的先辈昆·鲁易旺波松。
一、萨迦五祖
昆·官却杰布（1034—1102年），幼时从父兄学习家传的宁玛派教法。后遵兄命放弃旧译密法，拜后弘期著名译师卓弥·释迦益西等人学习新译密法，获得了道果法的传承，该法后来成为萨迦派的核心教法。1073年他在后藏仲曲河谷的奔波日山前建萨迦寺，萨迦即为”灰白色的地”之意，因寺院所在的山坡是灰白色的。萨迦派就是围绕着萨迦寺发展起来的，萨迦寺一直是该派的主寺。但此时的萨迦寺是一座小庙，还谈不上是一个教派的中心。到昆·官却杰布的子孙时代才发展成一个教派。
萨迦第一祖贡噶宁布（1092—1158年），其父昆·官却杰布去世时，他才11岁，萨迦寺请拔日译师仁钦扎任住持。贡噶宁布拜拔日译师、南喀乌巴、昆·吉秋瓦扎拉跋、喇嘛梅、喇嘛尚敦等人学习大乘显宗佛学和当时在西藏流传的新旧密法。他在密宗的学习和修炼方面造诣不凡，对道果法进行了系统整理。”上师贡噶宁布考虑到因缘之关系，故为喇嘛阿森念诵一遍，并为其著有《道果概述》一书。此后，根据每位求教者之情况，渐次为他们著有喀厅玛、秀切玛、洛迦玛等十一种注疏；根据格西涅之情况，为其著有言简意赅之善本，至今还在使用此善本。”①另著《喜金刚本续二品释难》等。贡噶宁布建立起了萨迦派传承的教法体系，长期主持萨迦寺，使萨迦寺逐渐有了名气，他被人美称为萨钦（萨迦大师）。
二祖索南孜摩（1142—1182），他是萨钦的次子，萨钦的长子逝于印度摩揭陀。据《萨迦世系史》说索南孜摩三岁能讲法，从父亲学习各种密法，十七岁时他已精通十四种密典。之后，赴当时的佛教文化中心桑浦寺深造，拜寺院住持著名学者恰巴却吉僧格学习般若、因明，成为其最杰出的弟子，显密兼通，被美称为大班智达。著有《续部总建立论》、《入菩萨行论释》等著作，共计三函，收在《萨迦五祖全集》中。
三祖扎巴坚赞（1147—1216年），他是萨钦的第三子，自幼聪慧而好学。8岁至12岁之间，在父尊座前闻法。十三岁时代兄长任萨迦寺住持。先后在索南孜摩等人座前学习《喜金刚根本续》等无上瑜伽部密典，又博览显密经论，正如他所说：”我非听闻广博者，乃是阅读广博者，佛藏之经籍没有没看过的。”②也在修行方面亦十分勤勉，常修行至半夜，黎明时分即穿衣而起。扎巴坚赞自十三岁至七十岁间，担任萨迦寺住持达五十七年，期间他兢兢业业，广施法雨，使萨迦派出现蒸蒸日上的局面。他的弟子觉本成了西夏皇帝的应供上师，西夏皇帝也给萨迦寺送来了华盖等厚礼，萨迦派得以在西夏传播。扎巴坚赞在萨迦寺建造乌孜宁玛大佛殿，给昆·官却杰布和萨钦的灵塔镀金，用金汁书写《甘珠尔》。扎巴坚赞手中所有资财用于建造佛像、佛塔，书写佛经，救助穷人。”他临终时，除一个坐垫和一身衣服外，身无一粒金子和资具，清白一身，实为少有。”③扎巴坚赞也善于著作，著有《道果传承启请文》、《喜金刚续二品注疏》等，共计四函。
第四祖萨迦班智达·贡噶坚赞（1182—1251年），他的父亲是萨钦的第四子贝钦沃波。萨班二十岁前师从扎巴坚赞、库敦等人，学习了祖传诸法和”慈氏五论”等。二十二岁起向1204年入藏的克什米尔大班智达释迦室利（系那烂陀寺的最后一任座主）师徒学习声明、量学、律学、俱舍及其他显宗经典，二十五岁时从释迦室利受比丘戒。又从尼泊尔班智达桑普扎学习梵文声明学三派、《诗镜》、声律学、词藻学、工巧明等学科。贡噶坚赞师从当时世界一流的佛教学者，如饥似渴地学习了大乘佛教的主要理论和各种文化知识，最终精通”十明”之学，世人称其为萨迦班智达（通达十明的大学者）。《萨迦世系史》还说萨班通达噶当派、大圆满、大手印、希解派等教法，萨班的博学和佛学方面的深厚造诣，在当时已达到了罕有的高度，是西藏佛学史上的一座高峰。萨班大转法轮，解答人们的疑难。前来辩论的印度外道大师措切噶瓦，在辩才无碍的萨班面前，辞穷理屈，无言以对，最后皈依佛教。萨班著书立说，其著作大都不因循守旧，具有开拓创新精神，他所著的《量理宝藏》及自注，深入钻研印度因明学著作，汲取精华，成为藏传因明学的开创之作。《格言宝藏》（又称《萨迦格言》）词句优美、精