不惊不惧，将霹雳引向期克手印上，十二道霹雳在头顶旋转飞舞，最终变得无声无息，化为十二块焦炭。十一位女神被莲花生的法力所降伏，而为首的女神岗噶玛息色仓皇逃跑，隐入神湖之中。莲花生追至湖边，舀了一把湖水，将意念加于手掌中的水，刹那间手中的水冒出蒸气，而湖水同样也冒出蒸气，当手中的水沸腾时，湖水也沸腾翻滚。湖中的女神被烫得皮肉分离，无法忍受，从水中跳了出来。莲花生用金刚杵打瞎女神的一只眼睛，女神无路可逃，只得求饶。十二女神，藏语称为”丹玛”，译为”地母”，分别是：遐迩名扬地母、贡岩孚佑地母、普贤地母、魔后地母为四魔女神；独眼地母、贤德地母、刚烈尊胜地母、白衣龙后地母为四夜叉女神；孚佑藏土地母、济世地母、丽质冰心地母、翠聪绿炬地母为四女医神。自从被莲花生降伏后，她们成为佛教的护法，并作为一个群体，出现于佛教的祭祀文献中。
吐蕃的大神念青唐古拉山神也被莲花生降伏，只是具体的情节有不同的记述。《宁玛派教法源流》中说莲花生故意激怒山神，山神于是在山顶变化出乌云，闪电雷鸣，大降冰雹，北风呼啸，天地白茫茫的，令人难以承受。莲花生大师入定三昼夜，不为所动，使山神变化出的一切幻景，化为乌有，不得不低头服输。《莲花遗教》则说唐古拉山神企图捉弄莲花生，变化出一条大白蛇，脑袋伸到吐谷浑地方，尾巴放在康地，莲花生用木棍插蛇腰，揭穿了山神的把戏。山神逃回雪山，莲花生入定，积雪融化，山洪暴发，岩石轰塌，眼看山神的家园就要被毁掉，只好归顺莲花生大师。
其他如吐蕃王族的保护神雅拉香波等大大小小的吐蕃神灵，都被莲花生降伏，甚至认为莲花生运用他的神通，加持过上部阿里，中部卫藏，下部多康，及锡金、不丹等地，他的神迹遍布各地。
莲花生大战吐蕃鬼神的故事，反映了佛教与高原固有宗教之间的斗争，以及佛教对固有宗教的包容和改造。高原固有的神灵被宣布为佛教的护法神，而没有绝对的排斥和否定。这一方面因为佛教是多神教，承认鬼神的存在，吐蕃的鬼神被委为护法神，与佛教的教义理论并不矛盾。另一方面，在客观上为佛教的传播创造了有利条件，将吐蕃的鬼神包容到佛教里，对佛苯之间的矛盾斗争能起到调和作用。
莲花生降妖伏魔的影响或实际意义，在藏族社会不断得到延伸，将那些山神、湖神、土地神等作为佛教的护法神，进行崇拜和祭祀。而宁玛派的著名祭祀仪轨文献《烟祭赆食仪轨》，据称是莲花生所作，由著名的掘藏大师告吉丹赤坚从伏藏中掘出。该仪轨属于佛教密宗，充满佛教的精神，如皈依三宝、发菩提心、意念观修、念诵密咒、供奉食子等，通过对传统祭祀仪轨的改造，把本土的鬼神完全纳入到了佛教的体系。《烟祭赆食仪轨》从基本的观念而言，它包容了世间的一切鬼神；从具体的神灵而言，则涵盖了藏族地区较为著名的神灵。后世学者所著祭祀仪轨，如五世达赖喇嘛的《吉祥右旋》等无不仿照《烟祭赆食仪轨》，只是文字更加简洁明了。通常在祭祀文献中，均要提醒神灵不要忘记在莲花生大师前所立的誓言。
藏传佛教中普遍认为，莲花生大师降伏了藏区的神灵，也改造了神灵们的精神世界，去掉了它的横行暴虐、祸害人间的恶性。山神的心灵得到净化，使易暴易怒的山神们成为信守佛法、努力求道、护佑人间的善神，甚至成为随时听从上师召唤，为上师服务的仆从了。
莲花生大师是第一位将高原的鬼神纳入到佛教中，也是第一位向这些神灵传法的布道者。就佛教的观念而言，这些鬼神也处在三界六道的轮回中，不明生命的真相，是值得同情、慈悲的对象。自莲花生大师起，藏传佛教的许多大师均有向鬼神说教的故事，赫赫者如米拉日巴、热译师等。对土著神灵的改造，从前弘期一直延续到后弘期，最终使大多数鬼神止恶行善，改掉了用血肉祭祀的习惯。可以说净化神的精神，同时也就净化了人类本身。
三、吐蕃第一座大寺——桑耶寺
莲花生调和佛苯的一系列举措，使反佛风潮有所平息，赤松德赞再次请回寂护大师，商讨在吐蕃弘扬佛教之事。随之建造了桑耶寺，这是吐蕃历史上第一座真正的佛教寺院。
桑耶寺位于西藏山南地区扎囊县境雅鲁藏布江北岸，可乘船渡江前往，或从泽当乘车过雅鲁藏布江大桥，逆江而上，可以抵达桑耶寺。