佛教再度在西藏复兴，大昭寺的香火重燃。藏传佛教史上许多位著名的佛教大师或前来礼拜，或维修保护，为大昭寺倾注了心血。格鲁派的祖师宗喀巴大师对大昭寺非常重视，他当时准备在第六饶迥的土牛年（公元1409年），在大昭寺发起祈愿大法会。为此他吩咐帕竹地方政权的首领阐化王扎巴坚赞等人资助修缮大昭寺，获得了大量的财物，包括颜料、油漆、金箔等物。”于是于土鼠年（戊子）秋季，通知大昭寺方面，应召集众多的佛像塑工。由于大昭寺的绘画和塑造的佛像，中间失修，为时甚久，所有佛像，大都尘垢染污，难辨色身。因此先以红花香水，善为洗净。总之，用无罪过纯洁的诸物，全都作了清洁后，再以上好诸色颜料，修得所有褪失诸色彩像，并以金箔等作敷饰，使成为与崭新绘塑者无有差异。此外，还召集许多许多工艺师，将供来的绸缎诸物，缝制出许多佛像身上的衣袋和幢幡等物。”⑦在当时的藏传佛教界，宗喀巴大师已成为一代宗师和领袖人物，在他的号召下，破败不堪的大昭寺得到了修缮。接着宗喀巴大师在大昭寺发起祈愿大法会，更使大昭寺受到万众瞩目，并再次唤醒了大昭寺神圣地位的历史记忆。”那时，宗喀巴大师年居五十三岁，于土牛年（己丑）正月初一日起直至十五日之间，作大神变节正式供养大会。仿照往昔印度圣地的施主波斯匿王等，在这一节日，也是从初一日起，每日另有一施主作财物的承事供养。”⑧”大师在大昭寺中释迦牟尼佛像上，供献以纯金制造的五佛冠，浮雕有五佛的身像，冠沿的飘带也用纯金制造。并以许多世间罕见、价值昂贵的碧玉宝石，以及珍珠和上品璁玉（即绿松耳石）等珍宝嵌饰佛冠，成为妙好庄严，极为美满。又在小昭寺中不动金刚和十一面观音像前，各供以纯银制造、有美妙浮雕的佛冠。在释迦牟尼佛像前，供献合量的大银钵，在钵口上面，安置适合钵口的银曼遮等供物。又在大昭寺及小昭寺内两尊释迦牟尼像和十一面观音等像上，在神变节期间，每日不断地在面容上供涂金，初八和十五，则全身供涂金……”⑨大法会期间，每日集会以佛教仪轨供养十方诸佛菩萨，”并纯为利益教法和众生，而猛勇地发心——愿大宝佛教长久住世而不陨灭；愿一切众生皆得利益与安乐，长久而不断。这样的清净宏愿，每日都作如是祈愿”④。自宗喀巴大师举行了这次盛大的法会以后，在大昭寺举行祝愿大法会成为定制，并一直延续不断，后来又加入了拉仁巴格西学位考试等内容。并且大昭寺不属于某一特定的教派，而是所有教派的寺院。历史上，大昭寺的僧人由哲蚌寺、楚布寺等寺院轮流派驻。
大昭寺在1961年被列为国家重点文物保护单位，2001年大昭寺申报为世界文化遗产。
注 释：
①《贤者喜宴》、《西藏王臣记》、《西藏王统记》、《汉藏史集》、《宗教源流镜史》等藏文史书对”年波桑哇”均有记载。其中《汉藏史集》（四川民族出版社，1998年藏文版）第136页载：”在铜盒子中，有百拜忏悔经、一肘高的金塔、宝箧经、旃檀嘛尼陀罗尼、牟陀罗印等物。”各书记载大致相同。
②巴卧祖拉臣哇：《贤者喜宴》（藏文），民族出版社，1986年，第168页。
③参见周伟洲《吐谷浑史》（宁夏人民出版社，1985年）第130—13l页。
④黄布凡、马德：《敦煌藏文吐蕃史文献译注》，甘肃教育出版社，2000年，第244页。
⑤阿底峡尊者发掘：《西藏的观世音》（即《柱间史》），卢亚军译注，甘肃人民出版社，2001年，第212页。
⑥《觉卧仁波且之祈愿辞·满足愿望》，藏文木刻本。
⑦⑧⑨⑩法王周加巷著，郭和卿译：《至尊宗喀巴大师传》，青海人民出版社，1988年，第264页、265页，266—267页。