东三省总督锡良也派员与日方分赴沿线各处勘察。结果日本所定新线，与前全异，并拟加宽轨道。6月8日，东三省总督将会勘情形咨报外务部称：日本所勘定新线，与旧道相距，远者数里，近者几丈至十数丈不等，并拟改用宽轨，其意图一为与京义线连接，一为与南满铁路连接，即作为南满铁路支线。这两线一旦连成一气，自仁川而奉天，自奉天北至长春，南至大连旅顺，节节灵活，脉络贯通，对我极为不利，要求清廷从速阻止。并提出八条对策：（一）抱定约内改良二字之义，不得另勘路钱与改易广轨。（二）重为声明此路系单独之路，与南满铁路绝无关涉，以绝日本将来以该路为南满枝路之张本，藉以保全主权。（三）与日本据约而争，令沿路日本兵队一律撒去，再由中国派遣兵队分站驻扎，以资保护。（四）沿线日本所设警察应一律撤去，由中国警署查察沿路情形，派设警察以保主权。（五）与日方明定除铁路必须用之地亩外，不得多购余地以为附属地。（六）安奉铁路沿线车站，应使日方会同中国地方官妥商协定。（七）应在铁路开工之前根据《北京条约》有关条款之规定与日方商定特派人员，以行使中国派员干涉之权。（八）向日方索回被南满公司强占之安东县六道沟之地，划为各国商人公共居住之地，藉以破除日方独霸之狡谋。锡良所拟的这八项对策得到清廷允准。同时，外务部尚书、会办大臣梁敦彦与日使伊集院举行会谈。中方以安奉铁路与南满铁路情形不同，护路兵及巡警事尚未议妥，先不要开工；日方则以上述理由与改良铁路工程无关，要求早日开工。谈判没有进展。6月25日，东三省总督锡良向驻奉日领事小池再次提出《安奉铁路事宜草案》10条，即：安奉铁路依北京协约，为独立之铁路，非他路之支路；改良工事就原路改良，不许改造；各车站经两国派员协定后，设于便利之处；沿路所用地亩除铁路所必须建造物所用之外，不得购买余地；安东六道沟安奉铁路占有之地，中国政府即时收回；开工之先，由两国派员会同购地，按章程公平给价；照北京条约，安奉铁路之日本守备兵即时撤去，中国政府另派兵保护之，铁路沿线，中国有自治之全权，故日本警察须一律撤去，中国政府另派巡警保护，等等。7月13日，日使伊集院就锡良提案照会清外务部，指责该提案颇多过失，并严重警告清廷：如漠视日本政府态度，“则终非敝国所能忍耐”，要求饬令东三省总督从速办理安奉铁路改筑之事。14日，驻奉日领小池张造与清廷奉天巡抚程德全举行会谈，小池提出，对于改良之事，是否以不改轨为宗旨；如清廷派员参加勘查，则此路必须改成宽轨。对于草案10条，日方对1、2两条不认，要求对8、9两条另议，为程德全所拒绝。事后，程致电外务部称：如答应日方要求，则自东京至奉天不过40小时，名为便商，实为运兵，用意险恶，当在鉴中。26日，清廷与日本重开谈判。小池要求将草案第2条先行删去。锡良表示，这样开始谈判难度很大，若将10条并议，何者可允，何者可商，何者必不允，转达政府后自能续议。小池又提出用第2条换取他项利益，锡良坚持将10条逐条答复后再商。会谈不欢而散。30日，小池致锡良说帖，进一步指责清廷提改条件，皆是作难。并声明，清廷若有诚意，应将该条件概行收回，而于改筑之实行，如此，日本再就各条件互行商议。8月6日，北京、天津及东三省等地民众为安奉路交涉问题，开始抵制日货。同日，日本公使伊集院照会清外务部，指责清政府“藉词妨害”，“蒙晦成约”，阻挠改筑路张。同时表示：“帝国政府遗憾之下，不得已顾及世界交通之便利，据条约上之权利，决定不俟贵国之协力，自行改筑安奉之路线。”8月7日，清外务部复照日使伊集院，安奉铁路允改宽轨道，如需更正路线，可照约妥商。9日，清外务部电出使各大臣，将安奉铁路交涉实情布告各国，并要求各国辨明是非曲直。8月19日，清廷东三省总督锡良、奉天巡抚程德全与日本国驻奉总领事小池张造，各奉本国政府之命，在奉天议订《安奉铁路节略》，就安奉铁路一事订定以下各项：（一）筑该铁路轨道应与京奉铁路轨道相等；（二）该铁道线路，两国政府承认大致应以两国委员前已会同查勘测定之线路为准，惟陈相屯至奉天之线路应由两国日后再行协议妥定；（三）本节略彼此签字盖印之日起应即开议购地及其他一切细目；（四）本节略彼此签字盖印之第二日，即开议购地及其他一切细目之第二日起，即将该路工事上紧赶办；（五）中国应令沿路各地方官关于该工事之施行妥实照料。本节略中、日文各二份，彼此签字盖印双方各持中、日文一份为据，以昭信守云。
7月15日。清廷派贝勒载洵、提督萨镇冰充筹办海军大臣。
清帝自为海陆军大元帅。本日，清廷公然决定集军权于皇室。根据《宪法大纲》的规定，皇帝为大清帝国海陆军大元帅。由于皇帝尚未亲政，决定先由摄政王代行海陆军大元帅职权。另设军咨处，统筹管理全国陆海各军事宜，派贝勒毓朗管理，后又添派贝勒载涛协助管理。同时派庆亲王奕的次子、镇国将军载振办理禁卫军。